PDB-7vsf: crystal structure of BRD2-BD1 in complex with purine derivative

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vsf

タイトル

crystal structure of BRD2-BD1 in complex with purine derivative

要素

Bromodomain-containing protein 2

キーワード

TRANSCRIPTION/INHIBITOR / BET family / BET inhibitor / Bromodomain Inhibitor / BRD2-BD1 inhibitor / TRANSCRIPTION-INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Padmanabhan, B. / Arole, A. / Deshmukh, P. / Ashok, S. / Mathur, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Structural and biochemical insights into purine-based drug molecules in hBRD2 delineate a unique binding mode opening new vistas in the design of inhibitors of the BET family.
著者: Arole, A.H. / Deshmukh, P. / Sridhar, A. / Mathur, S. / Mahalingaswamy, M. / Subramanya, H. / Dalavaikodihalli Nanjaiah, N. / Padmanabhan, B.

履歴

登録	2021年10月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vsf.cif.gz	152.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vsf.ent.gz	119.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vsf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vsf_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vsf_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	7vsf_validation.xml.gz	15.4 KB	表示
CIF形式データ	7vsf_validation.cif.gz	20.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/7vsf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/7vsf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vrhC 7vriC 7vrkC 7vrmC 7vroC 7vrqC 7vrzC 7vs0C 7vs1C 6jkeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 2

B: Bromodomain-containing protein 2

C: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

45.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bromodomain-containing protein 2

B: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
30.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

C: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.947, 55.550, 67.281
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.52, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 分子量: 14885.340 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物	ChemComp-7UM / 3-methyl-7-propyl-purine-2,6-dione / 3-メチル-7-プロピルキサンチン分子量: 208.217 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₂N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.85 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG MME 5000, 0.1M MES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54056 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54056 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 14540 / % possible obs: 99.81 % / 冗長度: 4.9 % / CC_1/2: 0.98 / R_merge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 0.9 % / R_merge(I) obs: 0.899 / Num. unique obs: 1615 / CC_1/2: 0.53 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18_3855: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6JKE

6jke

解像度: 2.5→23.57 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2553	779	5.36 %
R_work	0.2011	-	-
obs	0.2041	14540	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→23.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2658	0	65	76	2799

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2808
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.982	3818
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.61	395
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	402
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	519

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.66	0.3792	120	0.3091	2256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.86	0.3758	139	0.2688	2292	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-3.15	0.3333	110	0.2556	2288	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.6	0.3091	143	0.2241	2259	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6-4.53	0.193	147	0.1607	2301	X-RAY DIFFRACTION	100
4.53-23.57	0.2024	120	0.1636	2365	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7671	-0.2033	0.2294	0.1618	0.1103	0.2656	0.7845	-0.3239	-0.8653	0.6462	0.65	0.8877	-0.5415	-0.6505	0.0193	0.3741	0.1247	0.2914	0.5888	0.2021	0.4896	8.7786	-3.4505	10.2167
2	1.0462	0.8177	-0.0705	0.6649	0.2789	0.4493	0.1175	1.0334	-0.4652	-0.0391	-0.4336	0.2821	0.024	-0.4324	-0.0022	0.4956	0.0951	-0.0398	0.4818	-0.0408	0.4703	15.4905	-0.923	-9.4011
3	0.2728	-0.5397	0.2168	0.4277	-0.4226	0.5449	-0.2806	0.0885	-0.7544	-0.0713	-0.0437	0.5538	0.2616	-0.4437	-0.0009	0.3675	-0.036	0.0403	0.3607	0.0037	0.5978	14.8334	-9.9919	-3.1633
4	0.2576	0.2182	0.0736	0.1851	0.0705	0.0697	-0.5287	-0.8971	-1.4309	0.1993	0.3819	-0.0127	0.0871	-0.7851	-0.0086	0.4898	0.0164	0.2051	0.6939	0.2373	1.1899	8.9745	-15.1968	8.5945
5	2.8449	-1.7001	0.8046	2.9156	0.604	1.1985	0.0733	-0.0421	-0.2	-0.0806	0.1449	0.1914	-0.1063	-0.2801	-0.0007	0.3042	-0.0243	0.029	0.3158	-0.007	0.3981	22.819	-5.1626	-0.932
6	1.717	-1.1968	0.0497	1.3706	0.431	0.595	-0.3919	-0.3706	0.087	0.3474	0.2078	0.1991	-0.5065	0.0082	-0.0065	0.4008	0.0517	0.04	0.3476	-0.0003	0.421	19.4578	2.0027	6.4423
7	2.6264	-0.3864	1.8335	2.6035	-0.3608	1.2502	-0.087	-0.22	0.1543	0.3753	0.0589	-0.3984	0.008	0.0673	0.0001	0.4439	0.036	-0.0534	0.3731	0.0061	0.3468	37.0775	-5.144	13.979
8	1.0656	-0.5276	0.5435	1.9057	-0.0568	0.6602	-0.4475	-0.2606	0.5623	0.5782	-0.0105	-0.8013	-0.5925	0.1203	-0.0018	0.4662	-0.0193	-0.1206	0.3981	0.001	0.5155	38.7501	3.6095	7.0818
9	0.0707	-0.002	-0.0747	0.0489	-0.0197	0.0415	0.449	-0.7034	0.3147	0.7811	-0.2095	0.0736	-0.7519	0.6551	0	1.0821	0.1193	-0.1231	0.6137	-0.1118	0.5831	32.2749	8.1851	21.1464
10	2.1626	0.0451	1.3428	2.3151	-1.6222	1.89	-0.0051	-0.2946	0.2003	0.4361	0.3174	-0.4664	-0.1343	0.2184	-0	0.4534	0.0278	0.0008	0.2449	-0.0006	0.3434	31.776	-1.5503	4.5796
11	1.8047	-0.1609	1.6213	0.8482	0.1387	1.2788	-0.3085	-0.7065	-0.5586	0.0469	0.0245	0.2788	-0.1118	-0.0445	-0.0004	0.3724	0.0251	0.0647	0.3688	0.0441	0.4002	27.4727	-8.9489	11.0464
12	0.4916	0.5496	-0.1587	0.8046	-0.2723	1.7819	0.0091	0.2598	0.3554	-0.4953	-0.0435	-0.0983	-0.3055	0.1909	0.0002	0.4869	0.0407	-0.0236	0.5452	0.0436	0.4451	2.7428	14.4753	20.8418
13	0.2196	-0.3177	0.3309	0.2989	-0.3166	0.2704	-0.3126	1.0373	-0.5045	-0.4863	-0.1607	-1.2103	0.4937	-0.5538	-0.0103	0.7554	0.0217	0.0925	0.6142	-0.1746	0.4732	-2.9073	-3.8811	15.766
14	2.8482	0.7358	0.8053	1.3549	-0.2382	2.9904	-0.0879	-0.1612	-0.0211	-0.4829	0.1512	0.3601	-0.0197	-0.1033	0.0002	0.391	0.0192	-0.0172	0.4322	-0.0017	0.3554	-6.469	5.7321	23.7323
15	2.0223	0.8096	-0.0088	0.5486	-0.5522	2.5638	-0.0756	0.1006	0.2353	0.2851	0.0159	-0.5289	-0.0118	0.4761	-0.0001	0.3714	0.0158	-0.0373	0.5458	0.0307	0.4546	4.1084	11.1145	29.6882

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 75 through 91 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 92 through 112 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 113 through 131 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 132 through 138 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 139 through 160 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 161 through 182 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 76 through 110 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 111 through 130 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 131 through 137 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 138 through 160 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 161 through 182 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 76 through 99 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 100 through 110 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 111 through 160 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 161 through 182 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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