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- PDB-7vrh: crystal structure of BRD2-BD1 in complex with guanosine analog -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vrh
タイトルcrystal structure of BRD2-BD1 in complex with guanosine analog
要素Bromodomain-containing protein 2
キーワードTRANSCRIPTION/INHIBITOR / BET family / BET inhibitor / Bromodomain Inhibitor / BRD2-BD1 inhibitor / TRANSCRIPTION-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / : / histone reader activity / neural tube closure / nucleosome assembly / spermatogenesis ...acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / : / histone reader activity / neural tube closure / nucleosome assembly / spermatogenesis / histone binding / nuclear speck / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site ...Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
9-HYROXYETHOXYMETHYLGUANINE / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / Bromodomain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Padmanabhan, B. / Arole, A. / Deshmukh, P. / Ashok, S. / Mathur, S.
資金援助1件
組織認可番号
Not funded
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / : 2023
タイトル: Structural and biochemical insights into purine-based drug molecules in hBRD2 delineate a unique binding mode opening new vistas in the design of inhibitors of the BET family.
著者: Arole, A.H. / Deshmukh, P. / Sridhar, A. / Mathur, S. / Mahalingaswamy, M. / Subramanya, H. / Dalavaikodihalli Nanjaiah, N. / Padmanabhan, B.
履歴
登録2021年10月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年8月16日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 2
B: Bromodomain-containing protein 2
C: Bromodomain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1167
ポリマ-43,4163
非ポリマー7014
2,882160
1
A: Bromodomain-containing protein 2
B: Bromodomain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5485
ポリマ-28,9442
非ポリマー6053
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area11790 Å2
手法PISA
2
C: Bromodomain-containing protein 2
ヘテロ分子

C: Bromodomain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1364
ポリマ-28,9442
非ポリマー1922
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_558-x,y,-z+31
Buried area2480 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area11480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.083, 55.473, 67.792
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.15, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein


分子量: 14471.866 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物 ChemComp-AC2 / 9-HYROXYETHOXYMETHYLGUANINE / アシクロビル


分子量: 225.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C8H11N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗ウイルス剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C4H10O2S2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.64 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG MME 5000, 0.8M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5406 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 20793 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 18.51
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 884 / CC1/2: 0.78 / % possible all: 81.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18_3855: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6jke
解像度: 2.2→28.39 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2409 1039 5 %
Rwork0.1927 --
obs0.1951 20793 96.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→28.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2747 0 21 160 2928
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082860
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.943871
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.906398
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05405
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006512
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.320.39441180.35962476X-RAY DIFFRACTION86
2.32-2.460.25981540.23832757X-RAY DIFFRACTION96
2.46-2.650.28151570.20952870X-RAY DIFFRACTION99
2.65-2.920.28351430.21772878X-RAY DIFFRACTION99
2.92-3.340.2571570.20472885X-RAY DIFFRACTION99
3.34-4.20.21271550.16372923X-RAY DIFFRACTION100
4.21-28.390.20161550.15882965X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.34680.01640.08150.2106-0.04760.08450.0561-0.5972-0.84960.18080.09371.2224-0.144-0.02280.00640.45290.12960.12140.64030.21980.66583.54785.436681.9125
20.3745-0.33430.05220.29190.17810.2104-0.11460.01450.0349-0.0332-0.08920.2921-0.0624-0.32240.00080.340.05540.05620.30990.02680.37326.078314.955270.3618
30.46330.6223-0.07190.8368-0.30330.41960.08020.4408-0.2353-0.5937-0.37860.5330.0077-0.31190.00010.41490.0009-0.04260.4186-0.04620.380111.26087.203255.7343
40.44790.16470.15760.36690.05060.0753-0.36810.2251-0.7675-0.206-0.05450.14930.97550.03010.00480.46850.0283-0.01060.3088-0.01470.452616.5841-0.605760.0546
50.1938-0.0125-0.14550.0630.07710.1352-0.4101-0.047-0.56170.38110.50070.98420.0883-0.9964-0.00120.28640.01470.15850.38640.02410.55073.24192.817369.6707
60.0468-0.1715-0.05790.86990.34030.1402-0.3818-0.7241-1.10851.58260.19731.13450.6082-0.3299-0.00590.66120.03620.36020.54680.16340.96713.8538-3.958576.7552
73.2512-2.260.5552.67690.55991.0213-0.3036-0.30330.0109-0.01430.16980.20920.19190.02670.00010.2828-0.00170.01180.2335-0.01280.307717.70026.064567.2384
80.7286-0.26820.17540.3918-0.06370.1398-0.1502-0.20030.08390.3202-0.07160.0988-0.70140.3406-0.00170.35420.03520.04990.3097-0.00380.314515.763414.672171.9366
90.1592-0.1549-0.21240.16860.21480.2568-0.1899-0.6112-1.15380.7203-0.54670.53280.7449-1.0104-0.01050.8924-0.08630.06560.61090.16780.56647.78022.941988.3981
101.19690.53460.5391.2564-0.42650.6807-0.0484-0.56630.11430.42060.1984-0.16460.04150.1216-0.00090.49730.055-0.05840.4091-0.0070.315929.00724.68385.522
110.4204-0.07750.1790.1294-0.00130.0880.34270.54350.3267-0.4055-1.0222-1.05740.09891.3284-0.00370.46040.09780.04020.60350.07110.593141.46819.884269.9934
121.924-0.0090.98592.3288-0.7672.1152-0.0576-0.23360.15820.17930.1031-0.183-0.4310.084100.354-0.0101-0.04990.2691-0.00420.373729.678813.200876.1591
130.39390.19470.32321.2659-0.54810.5062-0.14460.1569-0.3399-0.01140.04930.1950.2526-0.4117-0.00010.3619-0.0266-0.01360.27690.02750.345424.2651.067876.7017
140.0181-0.01160.02990.0836-0.07280.06380.7453-0.26340.69550.62740.19110.4932-0.2394-0.1609-0.00240.67860.08190.15230.7528-0.18270.639614.775811.782392.007
150.10420.11550.02840.1448-0.00890.0631-0.63630.20841.0980.3910.1736-0.2958-1.59050.2353-0.00080.61180.04150.0070.47630.10930.4914-7.172434.06390.132
160.01440.0888-0.01450.24060.1371-0.0448-0.36470.54640.1277-0.66640.47790.0608-0.10260.75570.01230.33610.07450.11540.5095-0.0030.36571.70320.900788.0092
170.0867-0.2744-0.04260.27040.08340.1511-0.1860.0978-0.71190.0160.049-0.33510.60880.05810.00060.63510.05690.03610.4592-0.070.4765-7.42966.700184.8052
180.01490.0268-0.06940.3270.08960.17730.05840.24540.1077-0.76910.16640.6490.2851-0.5254-0.00010.42620.0652-0.06390.4595-0.01960.379-14.74169.007490.9891
190.11130.0264-0.01210.14950.01910.0176-0.12480.61440.5854-1.45420.0960.16670.49340.0777-0.00130.4671-0.0091-0.00140.46450.06460.3626-9.848223.632784.0637
200.92880.7701-0.35420.51920.09452.109-0.0445-0.0670.0331-0.28460.24850.2278-0.1447-0.24220.00010.34550.0557-0.01010.42790.00550.2822-11.932720.922893.1602
210.23590.12510.04940.05560.04490.3139-0.18620.565-0.9976-0.6338-0.2163-0.69280.64820.27840.00350.54080.1375-0.03390.3559-0.0570.5957-1.14743.410197.8515
222.30851.4817-0.01881.0801-0.29852.0567-0.18890.180.25180.51880.2669-0.2634-0.11310.4914-0.00080.31770.00380.03590.47060.00050.3184-1.00322.173297.8297
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 75 through 84 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 85 through 96 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 97 through 112 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 113 through 122 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 123 through 131 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 132 through 137 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 138 through 160 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 161 through 179 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 180 through 186 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 76 through 99 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 100 through 112 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 113 through 160 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 161 through 179 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 180 through 185 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 76 through 84 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 85 through 98 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 99 through 112 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 113 through 122 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 123 through 131 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 132 through 155 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 156 through 160 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 161 through 182 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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