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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vrk | |||||||||
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タイトル | crystal structure of BRD2-BD1 in complex with purine derivative | |||||||||
要素 | Bromodomain-containing protein 2 | |||||||||
キーワード | TRANSCRIPTION/INHIBITOR / BET family / BET inhibitor / Bromodomain Inhibitor / BRD2-BD1 inhibitor / TRANSCRIPTION-INHIBITOR COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck ...acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck / protein phosphorylation / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å | |||||||||
データ登録者 | Padmanabhan, B. / Arole, A. / Deshmukh, P. / Ashok, S. / Mathur, S. | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023 タイトル: Structural and biochemical insights into purine-based drug molecules in hBRD2 delineate a unique binding mode opening new vistas in the design of inhibitors of the BET family. 著者: Arole, A.H. / Deshmukh, P. / Sridhar, A. / Mathur, S. / Mahalingaswamy, M. / Subramanya, H. / Dalavaikodihalli Nanjaiah, N. / Padmanabhan, B. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7vrk.cif.gz | 85.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7vrk.ent.gz | 62.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7vrk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7vrk_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7vrk_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7vrk_validation.xml.gz | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7vrk_validation.cif.gz | 20.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/7vrk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/7vrk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7vrhC 7vriC 7vrmC 7vroC 7vrqC 7vrzC 7vs0C 7vs1C 7vsfC 6jkeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14885.340 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P25440 #2: 化合物 | ChemComp-TEP / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.01 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG MME 5000, 0.1M MES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54056 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54056 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.48→24.85 Å / Num. obs: 14382 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 38.07 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 19.29 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.232 / Num. unique obs: 564 / CC1/2: 0.99 / % possible all: 74.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6jke 解像度: 2.48→24.85 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.65 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.48→24.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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