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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vqa | ||||||
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タイトル | Structure of MA1831 from Methanosarcina acetivorans in complex with dimethylallyl diphosphate. | ||||||
![]() | Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / cis-prenyltransferase | ||||||
機能・相同性 | polyprenol biosynthetic process / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Putative undecaprenyl diphosphate synthase / Decaprenyl diphosphate synthase-like superfamily / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / metal ion binding / DIMETHYLALLYL DIPHOSPHATE / Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, L.L. / Chen, C.C. / Liu, W.D. / Huang, J.W. / Zhang, X.W. / Liu, B.B. / Guo, R.T. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights to a bi-functional isoprenyl diphosphate synthase that can catalyze head-to-tail and head-to-middle condensation. 著者: Zhang, L. / Zhang, X. / Min, J. / Liu, B. / Huang, J.W. / Yang, Y. / Liu, W. / Dai, L. / Yang, Y. / Chen, C.C. / Guo, R.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 110.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 82.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25824.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: uppS, MA_1831 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-DMA / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.24 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.5M ammonium sulfate, 0.1M Tris (pH 8.0), 12% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.34138 Å |
検出器 | タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.34138 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→35 Å / Num. obs: 43956 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 29 |
反射 シェル | 解像度: 1.79→1.89 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Num. unique obs: 7297 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7CAQ 解像度: 1.79→33.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 2.25 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 115.02 Å2 / Biso mean: 23.62 Å2 / Biso min: 10.83 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.79→33.45 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.79→1.84 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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