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- PDB-7vqd: Structure of MA1831 from Methanosarcina acetivorans in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vqd
タイトルStructure of MA1831 from Methanosarcina acetivorans in complex with farnesyl pyrophosphate and geranylgeranyl pyrophosphate.
要素Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase
キーワードTRANSFERASE / cis-prenyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid membrane organization / dehydrodolichyl diphosphate synthase activity / Z-farnesyl diphosphate synthase activity / polyprenol biosynthetic process / polyprenyltransferase activity / response to cold / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Decaprenyl diphosphate synthase-like / Putative undecaprenyl diphosphate synthase / Decaprenyl diphosphate synthase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NerylNeryl pyrophosphate / FARNESYL DIPHOSPHATE / Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina acetivorans (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Zhang, L.L. / Chen, C.C. / Liu, W.D. / Huang, J.W. / Zhang, X.W. / Liu, B.B. / Guo, R.T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2022
タイトル: Structural insights to a bi-functional isoprenyl diphosphate synthase that can catalyze head-to-tail and head-to-middle condensation.
著者: Zhang, L. / Zhang, X. / Min, J. / Liu, B. / Huang, J.W. / Yang, Y. / Liu, W. / Dai, L. / Yang, Y. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
履歴
登録2021年10月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase
B: Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5785
ポリマ－51,6492
非ポリマー9293
水5,819323
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3720 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area17660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.061, 81.581, 59.755
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.890, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase


分子量: 25824.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanosarcina acetivorans (strain ATCC 35395 / DSM 2834 / JCM 12185 / C2A) (古細菌)
遺伝子: uppS, MA_1831 / プラスミド: pET-32a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TPS4
#2: 化合物 ChemComp-FPP / FARNESYL DIPHOSPHATE / ファルネシル二りん酸


分子量: 382.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H28O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-BUE / NerylNeryl pyrophosphate


分子量: 450.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H36O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.5M ammonium sulfate, 0.1M Tris (pH 8.0), 12% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.34138 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.34138 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→33.43 Å / Num. obs: 20642 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.39→2.49 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.855 / Num. unique obs: 2369 / % possible all: 43.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
SAINTデータ削減
Aimless0.6.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7CAQ

7caq


解像度: 2.39→33.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 10.32 / SU ML: 0.227 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.534 / ESU R Free: 0.299 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 958 5.1 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.175 17900 91.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 101.78 Å2 / Biso mean: 28.17 Å2 / Biso min: 4.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å20 Å2-0.24 Å2
2--0.15 Å20 Å2
3----0.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.39→33.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3349 0 58 323 3730
Biso mean--54.89 31.85 -
残基数----408
LS精密化 シェル解像度: 2.39→2.45 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 73 -
Rwork0.282 1180 -
all-1253 -
obs--81.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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