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- PDB-7vnh: drosophlia AHR PAS-B domain bound by the antagonist alpha-naphtho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vnh
タイトルdrosophlia AHR PAS-B domain bound by the antagonist alpha-naphthoflavone
要素Ahr homolog spineless
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / transcription factor (転写因子) / ligand binding domain (リガンド)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of R7 cell differentiation / antennal development / specification of animal organ identity / imaginal disc-derived leg segmentation / antennal morphogenesis / male courtship behavior / aryl hydrocarbon receptor complex / regulation of dendrite morphogenesis / xenobiotic metabolic process / 記憶 ...regulation of R7 cell differentiation / antennal development / specification of animal organ identity / imaginal disc-derived leg segmentation / antennal morphogenesis / male courtship behavior / aryl hydrocarbon receptor complex / regulation of dendrite morphogenesis / xenobiotic metabolic process / 記憶 / nuclear receptor activity / rhythmic process / transcription cis-regulatory region binding / protein heterodimerization activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Aryl hydrocarbon receptor/Aryl hydrocarbon receptor repressor / PAS fold-3 / PAS fold / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold ...Aryl hydrocarbon receptor/Aryl hydrocarbon receptor repressor / PAS fold-3 / PAS fold / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-PHENYL-4H-BENZO[H]CHROMEN-4-ONE / Ahr homolog spineless
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.402 Å
データ登録者Dai, S.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural insight into the ligand binding mechanism of aryl hydrocarbon receptor.
著者: Dai, S. / Qu, L. / Li, J. / Zhang, Y. / Jiang, L. / Wei, H. / Guo, M. / Chen, X. / Chen, Y.
履歴
登録2021年10月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ahr homolog spineless
B: Ahr homolog spineless
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1684
ポリマ－27,6232
非ポリマー5452
水82946
1
A: Ahr homolog spineless
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0842
ポリマ－13,8121
非ポリマー2721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ahr homolog spineless
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0842
ポリマ－13,8121
非ポリマー2721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.235, 60.235, 121.046
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 269 through 288 or (resid 289...
21(chain B and (resid 269 through 284 or (resid 285...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNGLYGLY(chain A and (resid 269 through 288 or (resid 289...AA269 - 2888 - 27
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 269 through 288 or (resid 289...AA28928
13ASNASNARGARG(chain A and (resid 269 through 288 or (resid 289...AA269 - 3818 - 120
14ASNASNARGARG(chain A and (resid 269 through 288 or (resid 289...AA269 - 3818 - 120
15ASNASNARGARG(chain A and (resid 269 through 288 or (resid 289...AA269 - 3818 - 120
16ASNASNARGARG(chain A and (resid 269 through 288 or (resid 289...AA269 - 3818 - 120
21ASNASNMETMET(chain B and (resid 269 through 284 or (resid 285...BB269 - 2848 - 23
22ASPASPASPASP(chain B and (resid 269 through 284 or (resid 285...BB28524

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要素

#1: タンパク質 Ahr homolog spineless


分子量: 13811.681 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: ss, CG6993 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O61543
#2: 化合物 ChemComp-BHF / 2-PHENYL-4H-BENZO[H]CHROMEN-4-ONE / 7,8-BENZOFLAVONE / ALPHA-NAPHTHOFLAVONE / α-ナフトフラボン / Alpha-Naphthoflavone


分子量: 272.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C19H12O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 7.0, 0.2 M NaCl, 0.8 M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.58 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年1月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.58 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30.3 Å / Num. obs: 9195 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.45 Å / Num. unique obs: 526 / CC1/2: 0.77

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F1O

3f1o


解像度: 2.402→30.262 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2677 920 10.01 %
Rwork0.231 8274 -
obs0.2347 9194 99.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.36 Å2 / Biso mean: 43.8797 Å2 / Biso min: 22.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.402→30.262 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1798 0 42 46 1886
Biso mean--41.46 37.23 -
残基数----225
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041892
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72545
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048260
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002318
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.4461097
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A850X-RAY DIFFRACTION6.038TORSIONAL
12B850X-RAY DIFFRACTION6.038TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.402-2.52820.35261240.3148111797
2.5282-2.68650.36931290.29731156100
2.6865-2.89370.35361290.29861162100
2.8937-3.18470.34081300.25551175100
3.1847-3.64480.23991310.22011177100
3.6448-4.58950.21771340.18251199100
4.5895-30.260.22871430.2159128899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8651-1.31840.46981.3973-1.37763.19180.0543-0.27370.09860.0560.0567-0.15780.09560.7491-0.19640.3099-0.0279-0.04670.372-0.00610.3456-16.82211.973413.1751
23.25150.2822-1.06562.04133.30563.24370.2851-1.0242-0.7241-0.5512-0.7859-1.5096-0.2794-1.1434-0.03230.69230.0201-0.25120.69960.21080.5121-9.83335.298119.1732
31.5317-1.7619-0.3623.7307-1.31852.9076-0.01020.08320.07830.0538-0.2024-0.2382-0.03650.54990.17090.3012-0.03920.01110.37550.02950.2686-21.55285.20127.5374
41.1267-0.5675-0.03422.0321-0.09121.46920.00760.1708-0.07770.4548-0.3729-0.04640.40890.25020.21580.39040.06520.00250.42120.02870.3381-19.7575.336613.2538
52.7117-0.85670.29122.7955-0.33451.0058-0.0627-0.4047-0.10130.3822-0.1269-0.23570.06920.0480.03830.33450.03950.03970.368-0.01360.2369-24.42664.832415.5093
63.4449-0.65112.91945.262-2.46295.31360.77330.8857-0.2899-1.16010.51480.9504-0.4713-0.2953-0.8210.53490.07660.02330.48670.07470.339-21.074613.4764-16.6241
78.82323.102-0.25437.32610.45947.65770.47810.22330.80980.36890.2714-0.0649-0.3670.2035-0.59550.310.01010.07660.3352-0.02150.3432-18.43389.6646-3.4457
82.6478-1.74940.12476.0977-0.59851.00160.19990.44380.8258-1.18280.1782-0.279-0.1655-0.7447-0.07730.4838-0.00740.04390.51270.11290.4847-16.318118.5748-16.3388
97.6958-0.6168-1.93194.1731.18193.74460.68330.661.02160.35480.6338-0.8581.37410.2008-0.6920.62680.0618-0.04320.7275-0.06741.0078-11.61423.3548-10.3012
105.9043-1.25220.27442.4654-1.09631.4867-0.5797-0.83230.47590.11430.5441-0.4132-0.13051.16550.02790.4598-0.0752-0.0110.5663-0.05530.4991-17.59419.145-3.628
111.7815-0.23240.34892.20661.04890.7778-0.0718-0.05440.1759-0.38640.15380.7-0.114-0.05410.07430.31280.0046-0.00350.3014-0.01730.3524-30.641710.5583-3.7912
123.71291.5932-0.58912.1644-0.02521.45090.03230.70430.5738-0.54520.0947-0.1996-0.10790.0371-0.22530.41020.03490.04530.31260.03090.4917-25.004124.3725-8.7731
131.4386-1.1274-0.75394.02960.69191.24220.08790.098-0.0103-0.0636-0.0832-0.27230.13740.0081-0.12520.3304-0.0322-0.00430.3482-0.06720.2568-23.65499.8549-11.005
144.88992.374-0.68625.7821-0.55162.5961-0.0593-0.0528-0.1083-0.8475-0.15860.3620.68770.02030.15160.39970.0021-0.08210.26820.00470.284-38.590322.8955-12.3446
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 269 through 284 )A269 - 284
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 285 through 291 )A285 - 291
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 292 through 336 )A292 - 336
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 337 through 354 )A337 - 354
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 355 through 380 )A355 - 380
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 269 through 274 )B269 - 274
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 275 through 279 )B275 - 279
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 280 through 291 )B280 - 291
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 292 through 298 )B292 - 298
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 299 through 308 )B299 - 308
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 309 through 330 )B309 - 330
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 331 through 341 )B331 - 341
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 342 through 368 )B342 - 368
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 369 through 380 )B369 - 380

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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