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- PDB-7vni: AHR-ARNT PAS-B heterodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vni
タイトルAHR-ARNT PAS-B heterodimer
要素
  • Ahr homolog spineless
  • Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
キーワードTRANSCRIPTION / transcription factor / ligand binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of R7 cell differentiation / antennal development / specification of animal organ identity / imaginal disc-derived leg segmentation / antennal morphogenesis / Phase I - Functionalization of compounds / Xenobiotics / Aryl hydrocarbon receptor signalling / NPAS4 regulates expression of target genes / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor ...regulation of R7 cell differentiation / antennal development / specification of animal organ identity / imaginal disc-derived leg segmentation / antennal morphogenesis / Phase I - Functionalization of compounds / Xenobiotics / Aryl hydrocarbon receptor signalling / NPAS4 regulates expression of target genes / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / Endogenous sterols / male courtship behavior / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / positive regulation of hormone biosynthetic process / aryl hydrocarbon receptor complex / positive regulation of protein sumoylation / regulation of dendrite morphogenesis / aryl hydrocarbon receptor binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / embryonic placenta development / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / xenobiotic metabolic process / positive regulation of glycolytic process / response to toxic substance / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / memory / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / response to hypoxia / transcription cis-regulatory region binding / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aryl hydrocarbon receptor/Aryl hydrocarbon receptor repressor / : / Nuclear translocator / PAS fold-3 / PAS fold / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / helix loop helix domain ...Aryl hydrocarbon receptor/Aryl hydrocarbon receptor repressor / : / Nuclear translocator / PAS fold-3 / PAS fold / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ahr homolog spineless / Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.997 Å
データ登録者Dai, S.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural insight into the ligand binding mechanism of aryl hydrocarbon receptor.
著者: Dai, S. / Qu, L. / Li, J. / Zhang, Y. / Jiang, L. / Wei, H. / Guo, M. / Chen, X. / Chen, Y.
履歴
登録2021年10月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Ahr homolog spineless
D: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
A: Ahr homolog spineless
C: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1077
ポリマ－53,8194
非ポリマー2883
水7,584421
1
B: Ahr homolog spineless
D: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1024
ポリマ－26,9102
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area11160 Å2
手法PISA
2
A: Ahr homolog spineless
C: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0063
ポリマ－26,9102
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area11210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.030, 55.553, 77.095
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.050, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Ahr homolog spineless


分子量: 13811.681 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: ss, CG6993 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O61543
#2: タンパク質 Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator / ARNT protein / Dioxin receptor / nuclear translocator / Hypoxia-inducible factor 1-beta / HIF-1- ...ARNT protein / Dioxin receptor / nuclear translocator / Hypoxia-inducible factor 1-beta / HIF-1-beta / HIF1-beta


分子量: 13097.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Arnt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53762
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium arsenate (pH 6.5), 0.2 M MgCl2, 2 M (NH4)2SO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.975 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→45 Å / Num. obs: 36452 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2→2.04 Å / Num. unique obs: 1927 / CC1/2: 0.72

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F1O

3f1o


解像度: 1.997→44.908 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2187 1999 5.48 %
Rwork0.1795 34450 -
obs0.1816 36449 95.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.76 Å2 / Biso mean: 31.8741 Å2 / Biso min: 10.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.997→44.908 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3550 0 15 421 3986
Biso mean--42.52 39.37 -
残基数----432
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063648
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8254917
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061519
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005626
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.8492364
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9972-2.04720.28931180.2413204079
2.0472-2.10250.24951310.2061224687
2.1025-2.16440.25451450.202251097
2.1644-2.23430.22081440.1913246597
2.2343-2.31410.20471460.1752251497
2.3141-2.40670.19611440.1805248197
2.4067-2.51630.2071400.1847241093
2.5163-2.64890.22661460.1821252698
2.6489-2.81490.25331460.1879251798
2.8149-3.03220.2511470.1806252998
3.0322-3.33720.22481440.1726248595
3.3372-3.81990.21331490.1604256999
3.8199-4.81180.18131480.1502254397
4.8118-44.90.21351510.2039261597
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2019-0.2148-1.16744.23191.05683.5769-0.03830.76520.3069-0.01070.16520.4526-0.3845-0.4674-0.26680.20610.04860.02690.41950.11920.2189-20.143214.84571.2783
23.1454-2.1670.35686.7176-1.1212.80620.02530.44280.24870.29520.15990.1819-0.4314-0.088-0.23430.23670.01640.05260.47530.03430.2106-11.98469.8107-0.6327
32.2160.74941.30252.4873-0.97481.6640.19280.65160.7231-0.27450.15570.405-0.7396-0.1894-0.23910.78920.16840.3090.43030.22070.4519-16.657523.52340.2365
42.12621.0644-2.462.1124-0.70684.08990.05850.6290.00640.37760.07350.2431-0.0983-0.0178-0.54111.0259-0.1050.19410.6033-0.03220.49-7.952720.5004-0.9754
52.5329-2.411-3.16122.29842.97014.139-0.04941.03120.5584-1.33360.2292-0.4827-0.5491-0.3092-0.0450.3985-0.18480.00240.67940.19570.264-5.19213.922-0.103
62.5416-0.24490.181.6040.78082.2055-0.0260.2030.1889-0.05670.0579-0.202-0.0707-0.1905-0.05280.1282-0.04070.01990.2456-0.00180.1847-13.26376.661412.3531
73.23153.6286-2.22574.3632-1.65414.1117-0.12250.52710.7372-0.41930.1678-0.3472-0.40610.271-0.13870.2484-0.04660.05820.31130.11310.5246-11.656420.452511.3102
82.2575-0.3903-0.62891.2126-0.45712.24940.05180.73970.2652-0.28690.0636-0.1033-0.0326-0.36010.0170.1441-0.05360.02480.39190.03620.2714-17.86812.5367.781
92.9725-0.5634-0.31974.02060.69113.7866-0.0640.8410.0088-0.42350.06550.15540.0024-0.2071-0.0310.1774-0.01650.02690.48350.02380.2289-19.26697.07331.0787
104.8805-0.24040.29725.0376-1.27955.3253-0.0657-0.42210.80860.4722-0.07410.1987-0.7176-0.4582-0.16350.21350.0080.06150.2969-0.07470.3837-21.083618.621720.3701
111.8832-0.1883-0.19782.85481.06191.9155-0.26670.17310.77350.0760.03990.1156-0.3542-0.00930.0340.18710.0037-0.05970.1156-0.02710.33764.544619.723318.1745
120.3112-0.1408-0.63441.0999-0.40551.7627-0.19730.37170.66810.0423-0.02310.0181-0.4130.51370.06160.1929-0.0961-0.08770.19630.08690.341714.376917.688917.0316
134.60312.53752.3444.84232.19354.6561-0.05950.401-0.353-0.11750.1309-0.37810.12190.6388-0.02360.1820.01950.02190.18810.00250.1915.40346.109919.5612
144.4068-1.86591.58995.00072.28862.70440.42410.3038-0.69940.28540.19610.53570.7116-0.28360.11580.2698-0.0544-0.0440.22690.04980.38753.0547-1.149618.3889
150.4031-0.97510.08372.8374-0.71730.5951-0.2777-0.08890.62020.4041-0.0805-0.1907-0.34930.3242-0.77520.3362-0.041-0.0930.1624-0.02950.350613.895618.291325.9781
163.45030.85721.78611.77080.7652.80280.06080.0025-0.19190.1184-0.0269-0.0802-0.0296-0.2863-0.04090.13590.00340.0250.123-0.01960.15043.34577.371418.0828
173.11520.24521.26713.08721.88937.2942-0.0628-0.04150.14960.07880.09850.004-0.1863-0.2649-0.04120.1193-0.0030.0240.1195-0.01540.17582.961411.18419.5346
183.21240.54581.13050.6745-0.03730.8452-0.08690.4394-0.1985-0.24550.0242-0.1410.13220.109-1.56510.1241-0.315-0.18760.5406-0.16360.1478-30.3569-10.2426.6458
194.52372.99620.24965.35240.87630.16490.2460.7032-0.1856-0.36130.23560.26610.1332-0.4591-0.27530.1389-0.0244-0.02330.41640.06440.2136-37.74161.087116.3147
200.2738-0.5660.18921.2213-0.59831.8881-0.08420.4291-0.4831-0.4670.28380.13440.3907-0.31890.0370.3039-0.14710.00230.4914-0.13180.3549-36.3073-13.836410.1232
217.3398-3.99310.45524.78760.59094.55-0.13181.1719-0.2073-0.15220.36490.24030.6656-0.3728-0.20210.2799-0.1375-0.02970.3773-0.04130.4025-41.4629-13.013816.3673
221.6913-0.13150.27591.8207-0.06211.30860.00920.33120.0323-0.06610.08360.01410.14870.0346-0.09860.1106-0.0239-0.00940.22660.00430.1347-28.7624-0.847520.0149
237.92625.5402-1.30045.9465-1.1740.8942-0.21890.0769-0.4741-0.1120.0574-0.01830.4971-0.38460.12910.2751-0.09710.00670.242-0.05620.2158-28.4978-13.707120.5174
242.6937-0.73620.44542.95590.14122.22070.0940.80120.0112-0.4301-0.04690.21710.0805-0.222-0.03490.1503-0.0808-0.02190.4030.02850.1566-30.9397-2.121510.1819
252.5546-0.1-0.07454.55541.673.36970.11330.4014-0.4333-0.1492-0.0567-0.85940.48080.7091-0.1460.22380.080.06050.2553-0.02090.3357-15.7576-11.304318.1388
260.55370.16350.0892.6775-0.30920.84060.17280.0178-0.31130.16940.207-0.00611.0635-0.09020.50930.6566-0.0573-0.0288-0.14220.03580.1813-33.1415-13.123737.7966
271.36110.9389-0.23271.5807-1.22981.30560.0141-0.30370.05290.3901-0.09410.47550.6923-0.6883-0.50920.4824-0.07210.11490.2361-0.01870.2051-37.2866-2.671747.9275
282.8932-2.2407-1.88635.7852-1.15462.9202-0.24380.14160.467-0.25570.0982-0.4587-0.5135-0.30560.14380.4828-0.0272-0.07630.130.00630.2201-31.30117.772236.6456
290.46940.3167-0.11422.4878-0.45480.08960.0846-0.24-0.28450.5106-0.0985-0.3150.7625-0.2518-0.05730.8502-0.0414-0.06790.19080.03340.3107-30.4192-11.266849.6276
301.45110.5124-0.45161.8096-0.83122.7169-0.05710.04650.02460.41990.1146-0.1220.09030.03160.02570.24970.034-0.02380.0958-0.02450.1718-30.9958-2.17136.9222
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 269 through 274 )B269 - 274
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 275 through 284 )B275 - 284
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 285 through 291 )B285 - 291
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 292 through 299 )B292 - 299
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 300 through 304 )B300 - 304
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 305 through 330 )B305 - 330
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 331 through 341 )B331 - 341
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 342 through 354 )B342 - 354
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 355 through 368 )B355 - 368
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 369 through 380 )B369 - 380
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 361 through 391 )D361 - 391
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 392 through 401 )D392 - 401
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 402 through 417 )D402 - 417
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 418 through 422 )D418 - 422
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 423 through 435 )D423 - 435
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 436 through 453 )D436 - 453
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 454 through 464 )D454 - 464
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 267 through 274 )A267 - 274
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 275 through 279 )A275 - 279
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'A' and (resid 280 through 291 )A280 - 291
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'A' and (resid 292 through 299 )A292 - 299
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'A' and (resid 300 through 330 )A300 - 330
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'A' and (resid 331 through 341 )A331 - 341
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'A' and (resid 342 through 368 )A342 - 368
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'A' and (resid 369 through 381 )A369 - 381
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 362 through 395 )C362 - 395
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 396 through 417 )C396 - 417
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 418 through 422 )C418 - 422
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resid 423 through 435 )C423 - 435
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'C' and (resid 436 through 464 )C436 - 464

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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