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- PDB-7vm1: Crystal Structure of HasAp Capturing Iron Tetra(4-pyridyl)porphyrin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vm1
タイトルCrystal Structure of HasAp Capturing Iron Tetra(4-pyridyl)porphyrin
要素Heme acquisition protein HasAp
キーワードTRANSPORT PROTEIN / HEME ACQUISITION PROTEIN
機能・相同性Haem-binding HasA / Haem-binding HasA superfamily / Heme-binding protein A (HasA) / metal ion binding / Fe-Tetra(4-pyridyl)porphyrin / Heme acquisition protein HasAp
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa str. PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Shisaka, Y. / Ueda, G. / Sakakibara, E. / Sugimoto, H. / Shoji, O.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18H02084 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR15P3 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18J15250 日本
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2022
タイトル: Tetraphenylporphyrin Enters the Ring: First Example of a Complex between Highly Bulky Porphyrins and a Protein.
著者: Shisaka, Y. / Sakakibara, E. / Suzuki, K. / Stanfield, J.K. / Onoda, H. / Ueda, G. / Hatano, M. / Sugimoto, H. / Shoji, O.
履歴
登録2021年10月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heme acquisition protein HasAp
B: Heme acquisition protein HasAp
C: Heme acquisition protein HasAp
D: Heme acquisition protein HasAp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,57211
ポリマ－75,6064
非ポリマー2,9667
水11,241624
1
A: Heme acquisition protein HasAp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5742
ポリマ－18,9021
非ポリマー6731
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area8210 Å2
手法PISA
2
B: Heme acquisition protein HasAp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5742
ポリマ－18,9021
非ポリマー6731
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area8270 Å2
手法PISA
3
C: Heme acquisition protein HasAp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6663
ポリマ－18,9021
非ポリマー7652
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8050 Å2
手法PISA
4
D: Heme acquisition protein HasAp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7584
ポリマ－18,9021
非ポリマー8573
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.318, 43.981, 130.116
Angle α, β, γ (deg.)99.170, 93.900, 92.870
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Heme acquisition protein HasAp


分子量: 18901.535 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP Residues 1-184 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa str. PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: hasAp, PA3407 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌) / 参照: UniProt: G3XD33
#2: 化合物
ChemComp-7OH / Fe-Tetra(4-pyridyl)porphyrin


分子量: 672.517 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H24FeN8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 624 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100mM Tris-HCl (pH 8.5), 1260mM Ammonium sulfate, 200mM Lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月8日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→43.37 Å / Num. obs: 44520 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 2.596 % / Biso Wilson estimate: 24.745 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 0.896 / Net I/σ(I): 6.29 / Num. measured all: 115587 / Scaling rejects: 436
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.062.6650.3422.38555337932100.9270.42995
2.06-2.112.6610.3262.468549334732130.9280.41296
2.11-2.172.6290.2612.988150316131000.9510.32898.1
2.17-2.242.6170.2293.217947319430370.9580.28995.1
2.24-2.322.5270.1983.527515299729740.9690.2599.2
2.32-2.42.4270.1813.716885295928370.9750.22995.9
2.4-2.492.5230.1714.076794273826930.9760.21798.4
2.49-2.592.6420.1454.797160279127100.9830.18397.1
2.59-2.72.5120.135.096278255424990.9850.16597.8
2.7-2.842.5470.1066.086136248424090.9890.13497
2.84-2.992.7330.0927.076376236523330.9920.11598.6
2.99-3.172.7060.0778.245996227722160.9940.09897.3
3.17-3.392.6770.069.995592211220890.9950.07698.9
3.39-3.662.6210.05111.354922193318780.9960.06597.2
3.66-4.012.5510.04312.564475180617540.9980.05497.1
4.01-4.482.3960.03813.753774163515750.9970.04996.3
4.48-5.182.6020.03513.653624142913930.9980.04597.5
5.18-6.342.5030.04411.682953121511800.9970.05697.1
6.34-8.972.8030.03612.8625459199080.9980.04598.8
8.97-43.372.6580.02516.1113615195120.9990.03298.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ELL

3ell


解像度: 2→43.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 6.405 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.288 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2604 2227 5 %RANDOM
Rwork0.2292 ---
obs0.2307 42292 97.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 58.42 Å2 / Biso mean: 17.047 Å2 / Biso min: 0.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å2-0.57 Å2-0.09 Å2
2--1.49 Å2-1.63 Å2
3----0.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→43.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5304 0 214 624 6142
Biso mean--15.42 27.53 -
残基数----731
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0135919
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0184959
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5731.6868166
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6631.60311546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.315792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.69324.625240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.99615769
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.853159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2754
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027063
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021276
LS精密化 シェル解像度: 2.005→2.057 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 160 -
Rwork0.332 3048 -
all-3208 -
obs--95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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