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Yorodumi- PDB-7emw: Crystal Structure of the HasAp V37G/K59Q Mutant Capturing Iron Te... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7emw | ||||||||||||
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Title | Crystal Structure of the HasAp V37G/K59Q Mutant Capturing Iron Tetraphenylporphyrin | ||||||||||||
Components | Heme acquisition protein HasAp | ||||||||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / HEME ACQUISITION PROTEIN | ||||||||||||
Function / homology | Haem-binding HasA / Haem-binding HasA superfamily / Heme-binding protein A (HasA) / metal ion binding / Chem-MQP / Heme acquisition protein HasAp Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa str. PAO1 (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.12 Å | ||||||||||||
Authors | Shisaka, Y. / Sakakibara, E. / Sugimoto, H. / Shoji, O. | ||||||||||||
Funding support | Japan, 3items
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Citation | Journal: Chembiochem / Year: 2022 Title: Tetraphenylporphyrin Enters the Ring: First Example of a Complex between Highly Bulky Porphyrins and a Protein. Authors: Shisaka, Y. / Sakakibara, E. / Suzuki, K. / Stanfield, J.K. / Onoda, H. / Ueda, G. / Hatano, M. / Sugimoto, H. / Shoji, O. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7emw.cif.gz | 101.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7emw.ent.gz | 75.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7emw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/7emw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/7emw | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7emoC 7empC 7emqC 7emrC 7emsC 7emtC 7emuC 7emvC 7vm1C 3ellS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 18931.457 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: V37G/K59Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa str. PAO1 (bacteria) Gene: hasAp, PA3407 / Plasmid: pQE30 / Production host: Escherichia coli M15 (bacteria) / References: UniProt: G3XD33 |
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#2: Chemical | ChemComp-MQP / [ |
#3: Chemical | ChemComp-GOL / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.31 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 3.6 / Details: 50mM Citric acid/NaOH (pH 3.6), 10% PEG 1000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 0.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 2, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.7 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.12→43.51 Å / Num. obs: 72261 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 39.483 % / Biso Wilson estimate: 22.925 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 0.856 / Net I/σ(I): 24.82 / Num. measured all: 2853115 / Scaling rejects: 1559 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3ELL Resolution: 1.12→43.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / SU B: 1.001 / SU ML: 0.02 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.029 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 71.67 Å2 / Biso mean: 21.938 Å2 / Biso min: 14.75 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.12→43.51 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.12→1.149 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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