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万見
- PDB-7vlj: Crystal structure of Entamoeba histolytica serine protease inhibi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vlj
タイトルCrystal structure of Entamoeba histolytica serine protease inhibitor, Histopin, in the cleaved conformation
要素(Serine protease inhibitor, ...) x 2
キーワードHYDROLASE / Serine protease inhibitor / Serine endopeptidases / Peptidase inhibitors / Serpin family I4
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / THIOCYANATE ION / Serine protease inhibitor, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Ali, M.F. / Devi, S. / Gourinath, S.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Science and Engineering Research Board (SERB)PDF/2017/002157 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Entamoeba histolytica serine protease inhibitor, Histopin, in the cleaved conformation
著者: Ali, M.F. / Devi, S. / Gourinath, S.
履歴
登録2021年10月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2021年11月17日ID: 6LY2
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine protease inhibitor, putative
B: Serine protease inhibitor, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,93417
ポリマ－43,7332
非ポリマー1,20015
水3,927218
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8130 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area16080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.130, 61.010, 137.253
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Serine protease inhibitor, ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Serine protease inhibitor, putative


分子量: 37760.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
遺伝子: EHI_119330 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus / 参照: UniProt: C4M4Y1
#2: タンパク質・ペプチド Serine protease inhibitor, putative


分子量: 5972.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
遺伝子: EHI_119330 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus / 参照: UniProt: C4M4Y1

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非ポリマー , 5種, 233分子

#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.37 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25% Polyethylene glycol monomethyl ether 2000, 0.2M Potassium thiocyanate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月7日
放射モノクロメーター: single Silicon (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→45.64 Å / Num. obs: 29415 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 1.83→1.87 Å / 冗長度: 7.1 % / Num. unique obs: 1673 / CC1/2: 0.977 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NDA

3nda


解像度: 1.83→45.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.411 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 1508 5.1 %RANDOM
Rwork0.1568 ---
obs0.1591 27803 98.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 75.13 Å2 / Biso mean: 18.274 Å2 / Biso min: 7.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.24 Å20 Å2-0 Å2
2---0.64 Å20 Å2
3---0.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.83→45.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2926 0 73 218 3217
Biso mean--35.86 26.16 -
残基数----364
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0133044
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172936
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7421.6424074
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4561.5776780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9325362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.15124.295149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.19415555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.3751510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2403
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023335
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02677
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.878 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 114 -
Rwork0.166 1926 -
all-2040 -
obs--93.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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