PDB-7vke: Crystal structure of human CD38 ECD in complex with UniDab(TM) F11A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vke

タイトル

Crystal structure of human CD38 ECD in complex with UniDab(TM) F11A

要素

ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
Unidab F11A

キーワード

HYDROLASE / Complex / Transferase / antibody / receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / Nicotinate metabolism / artery smooth muscle contraction / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ metabolic process / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / long-term synaptic depression / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Schooten, W.V. / Schellenberger, U. / Ugamraj, H.S. / Manicka, S. / Bijpuria, S. / Gondu, R.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Mabs / 年: 2022
タイトル: TNB-738, a biparatopic antibody, boosts intracellular NAD+ by inhibiting CD38 ecto-enzyme activity.
著者: Ugamraj, H.S. / Dang, K. / Ouisse, L.H. / Buelow, B. / Chini, E.N. / Castello, G. / Allison, J. / Clarke, S.C. / Davison, L.M. / Buelow, R. / Deng, R. / Iyer, S. / Schellenberger, U. / ...

履歴

登録	2021年9月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vke.cif.gz	102.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vke.ent.gz	74.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vke.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vke_validation.pdf.gz	450.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vke_full_validation.pdf.gz	455.6 KB	表示
XML形式データ	7vke_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	7vke_validation.cif.gz	29 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/7vke ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/7vke	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yh3S 6pzwS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1

B: Unidab F11A

ヘテロ分子

45.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.820, 64.820, 201.316
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

-
タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase / 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose ...2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase / 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / 2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / ADP-ribosyl cyclase 1 / ADPRC 1 / Cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / cADPr hydrolase 1 / T10 分子量: 30754.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD38 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) 参照: UniProt: P28907, ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase, 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase
#2: 抗体	Unidab F11A 分子量: 14586.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

#1: タンパク質

ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase / 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose ...

分子量: 30754.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD38 / 発現宿主:

Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: P28907, ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase, 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase

#2: 抗体

Unidab F11A

分子量: 14586.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト)
発現宿主:

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
非ポリマー , 5種, 322分子

#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Sodium Citrate, PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→49.08 Å / Num. obs: 47342 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 1.79→1.83 Å / R_merge(I) obs: 1.379 / Num. unique obs: 2686 / CC_1/2: 0.653

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1YH3, 6PZW

1yh3

6pzw

解像度: 1.9→49.075 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.134 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2308	1962	4.94 %
R_work	0.1927	37754	-
all	0.195	-	-
obs	-	39716	99.987 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.307 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.102 Å²	0.051 Å²	0 Å²
2-	-	0.102 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.075 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3003	0	15	316	3334

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	3156
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	2891
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.6	1.643	4295
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.381	1.585	6677
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.898	5	398
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.475	22.317	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.041	15	534
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.977	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	411
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3603
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.01	0.02	741
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	686
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.231	0.2	2803
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	1508
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	1380
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	273
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.057	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.212	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.223	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.024	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.207	3.774	1556
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.208	3.772	1555
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.764	5.654	1954
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.763	5.657	1955
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.029	4.097	1598
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.027	4.098	1599
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.052	6.004	2337
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.05	6.004	2338
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.512	45.892	3715
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.409	45.533	3634

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.357	167	0.315	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
1.949-2.003	0.308	145	0.29	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.003-2.061	0.314	120	0.275	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.061-2.124	0.281	124	0.255	2533	X-RAY DIFFRACTION	100
2.124-2.194	0.271	115	0.245	2461	X-RAY DIFFRACTION	100
2.194-2.271	0.262	87	0.218	2439	X-RAY DIFFRACTION	99.9604
2.271-2.356	0.222	113	0.204	2300	X-RAY DIFFRACTION	100
2.356-2.452	0.244	104	0.199	2239	X-RAY DIFFRACTION	100
2.452-2.561	0.235	123	0.203	2120	X-RAY DIFFRACTION	100
2.561-2.686	0.267	108	0.2	2051	X-RAY DIFFRACTION	100
2.686-2.831	0.247	107	0.201	1924	X-RAY DIFFRACTION	100
2.831-3.002	0.221	120	0.184	1816	X-RAY DIFFRACTION	100
3.002-3.209	0.224	70	0.189	1773	X-RAY DIFFRACTION	100
3.209-3.466	0.219	98	0.192	1607	X-RAY DIFFRACTION	100
3.466-3.795	0.236	105	0.161	1493	X-RAY DIFFRACTION	100
3.795-4.242	0.181	70	0.151	1370	X-RAY DIFFRACTION	100
4.242-4.895	0.179	79	0.133	1223	X-RAY DIFFRACTION	100
4.895-5.987	0.215	42	0.16	1062	X-RAY DIFFRACTION	100
5.987-8.433	0.194	37	0.188	844	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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