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- PDB-7vka: Crystal Structure of GH3.6 in complex with an inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vka
タイトルCrystal Structure of GH3.6 in complex with an inhibitor
要素Indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.6
キーワードLIGASE (リガーゼ) / Inhibitor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


indole-3-acetic acid amido synthetase activity / : / unidimensional cell growth / acid-amino acid ligase activity / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / response to auxin / auxin-activated signaling pathway / 細胞質
類似検索 - 分子機能
GH3 family / GH3 auxin-responsive promoter
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7IS / アデニル酸 / Indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.6
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.401 Å
データ登録者Wang, N. / Luo, M. / Bao, H. / Huang, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Other governmentKQTD20190929173906742 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Chemical genetic screening identifies nalacin as an inhibitor of GH3 amido synthetase for auxin conjugation.
著者: Xie, Y. / Zhu, Y. / Wang, N. / Luo, M. / Ota, T. / Guo, R. / Takahashi, I. / Yu, Z. / Aizezi, Y. / Zhang, L. / Yan, Y. / Zhang, Y. / Bao, H. / Wang, Y. / Zhu, Z. / Huang, A.C. / Zhao, Y. / ...著者: Xie, Y. / Zhu, Y. / Wang, N. / Luo, M. / Ota, T. / Guo, R. / Takahashi, I. / Yu, Z. / Aizezi, Y. / Zhang, L. / Yan, Y. / Zhang, Y. / Bao, H. / Wang, Y. / Zhu, Z. / Huang, A.C. / Zhao, Y. / Asami, T. / Huang, H. / Guo, H. / Jiang, K.
履歴
登録2021年9月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.6
B: Indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,6877
ポリマ－138,1152
非ポリマー1,5725
水7,873437
1
A: Indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8894
ポリマ－69,0571
非ポリマー8323
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area670 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area24670 Å2
手法PISA
2
B: Indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,7973
ポリマ－69,0571
非ポリマー7402
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area670 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area24350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)205.871, 205.871, 65.665
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64

-
要素

#1: タンパク質 Indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.6 / Auxin-responsive GH3-like protein 6 / AtGH3-6 / Protein DWARF IN LIGHT 1 / DFL-1


分子量: 69057.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: GH3.6, DFL1, At5g54510, F24B18.13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9LSQ4, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / アデニル酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-7IS / N-[4-[(6-chloranylpyridazin-3-yl)amino]phenyl]-3-(trifluoromethyl)benzamide


分子量: 392.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H12ClF3N4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 437 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Magnesium chloride, 0.1M Tris pH 8.5, 20% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 62068 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 30.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.184 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.192 / Χ2: 0.465 / Net I/σ(I): 2.6 / Num. measured all: 682118
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.4940.45759510.3310.2360.5180.26496.4
2.49-2.596.50.46161590.510.1840.4990.28499.6
2.59-2.78.40.46161930.5930.1610.490.33199.8
2.7-2.859.40.40262200.8250.1310.4240.32499.8
2.85-3.0211.10.35161860.9160.1030.3670.35899.9
3.02-3.26120.29362160.9550.0830.3050.41599.9
3.26-3.5812.60.23162250.980.0650.2410.51499.8
3.58-4.114.60.17562300.9910.0450.1810.61499.9
4.1-5.1715.20.12362910.9950.0310.1270.59699.8
5.17-4015.60.09663970.9970.0240.0990.52399.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KOD

5kod


解像度: 2.401→35.658 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 23.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2437 3051 4.93 %
Rwork0.1717 58859 -
obs0.1752 61910 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 115.48 Å2 / Biso mean: 38.4613 Å2 / Biso min: 6.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.401→35.658 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9387 0 106 438 9931
Biso mean--48.5 35.55 -
残基数----1184
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.401-2.43820.33051330.2842246692
2.4382-2.47820.36441340.2807259698
2.4782-2.52090.34491640.2534264999
2.5209-2.56670.34281550.2452643100
2.5667-2.61610.29371340.23192671100
2.6161-2.66940.34481340.22382685100
2.6694-2.72750.28991340.21332678100
2.7275-2.79090.26481360.20322685100
2.7909-2.86060.30731470.20292662100
2.8606-2.9380.28561460.19882690100
2.938-3.02440.28151230.18912700100
3.0244-3.12190.26231180.17922713100
3.1219-3.23340.23941540.17732667100
3.2334-3.36280.26311350.17222686100
3.3628-3.51570.2641410.16972690100
3.5157-3.70090.24811090.1562731100
3.7009-3.93250.2131370.14332713100
3.9325-4.23570.19641480.12922677100
4.2357-4.66110.171260.1222738100
4.6611-5.33370.1851300.11912722100
5.3337-6.71250.19681600.15612730100
6.7125-35.6580.19151530.1485266795
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.08030.82180.40511.29640.4780.72370.0449-0.0151-0.10710.1286-0.0039-0.13770.12620.0578-0.03430.2020.0359-0.0260.27270.00250.2094-35.989737.199327.8824
20.4009-0.0760.85890.45690.77523.6914-0.11030.01960.1745-0.10160.002-0.0517-0.3581-0.00470.11250.1954-0.0201-0.0150.2029-0.00080.281-37.516857.671621.173
31.4842-1.1518-0.3012.70070.59782.64890.08870.2075-0.0782-0.2697-0.07180.09020.05570.00880.01010.2022-0.03450.00470.2404-0.0320.1911-50.369848.44270.9907
41.7050.6501-0.29391.0744-0.1861.8740.02950.0328-0.1743-0.0159-0.04170.02940.4351-0.02560.00470.34570.00810.0020.197-0.02510.2156-17.480890.0052-8.4836
50.86430.0220.32740.48780.5487.17410.0832-0.04210.06120.0171-0.00850.02020.3558-0.4578-0.05750.1678-0.00910.00430.2110.04530.2151-28.9298.89779.5109
63.51-1.69610.48342.1574-0.86842.5373-0.0131-0.1716-0.11010.06990.00410.11630.15830.04530.05690.2047-0.0254-0.01340.1977-0.00380.189-26.3722103.710618.1446
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 13 through 354 )A13 - 354
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 355 through 477 )A355 - 477
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 478 through 609 )A478 - 609
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 13 through 426 )B13 - 426
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 427 through 503 )B427 - 503
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 504 through 609 )B504 - 609

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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