+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7vjp | |||||||||
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Title | Selenomethionine-derived Pectobacterium phage ZF40 apo-Aca2 | |||||||||
Components | anti-CRISPR-associated protein Aca2 | |||||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / anti-crispr / Aca2 / anti-crispr-associated protein / crispr / repression | |||||||||
Function / homology | Protein of unknown function DUF1870 / Domain of unknown function (DUF1870) / YdiL domain superfamily / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / DNA binding / metal ion binding / DUF1870 family protein Function and homology information | |||||||||
Biological species | Pectobacterium phage ZF40 (virus) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.594 Å | |||||||||
Authors | Liu, Y.H. / Zhang, L.S. / Wu, B.X. / Huang, H.D. | |||||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2021 Title: Structural basis for anti-CRISPR repression mediated by bacterial operon proteins Aca1 and Aca2. Authors: Liu, Y. / Zhang, L. / Guo, M. / Chen, L. / Wu, B. / Huang, H. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7vjp.cif.gz | 113 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7vjp.ent.gz | 92 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7vjp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7vjp_validation.pdf.gz | 991.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7vjp_full_validation.pdf.gz | 991.9 KB | Display | |
Data in XML | 7vjp_validation.xml.gz | 13.5 KB | Display | |
Data in CIF | 7vjp_validation.cif.gz | 19.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/7vjp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/7vjp | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13986.978 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pectobacterium phage ZF40 (virus) / Gene: ZF40_0030 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: H9C180 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.97 Å3/Da / Density % sol: 37.65 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.5 Details: 0.1M Sodium Hepes pH 7.5, 2% PEG 400, 2.0M (NH4)2SO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL18U1 / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 13, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.59→67.15 Å / Num. obs: 28345 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 5.1 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 8.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.59→1.68 Å / Num. unique obs: 4100 / CC1/2: 0.774 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.594→32.96 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 16.9 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 69.01 Å2 / Biso mean: 19.6162 Å2 / Biso min: 5.46 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.594→32.96 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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