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万見
- PDB-7vj7: SFX structure of archaeal class II CPD photolyase from Methanosar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vj7
タイトルSFX structure of archaeal class II CPD photolyase from Methanosarcina mazei in the fully reduced state
要素DNA photolyase
キーワードFLAVOPROTEIN / Oxidoreductase / redox state / photoreduction
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribodipyrimidine photo-lyase / deoxyribodipyrimidine photo-lyase activity / DNA repair / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA photolyase class 2 / : / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Deoxyribodipyrimidine photo-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina mazei Go1 (古細菌)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Maestre-Reyna, M. / Yang, C.-H. / Huang, W.C. / Nango, E. / Gusti-Ngurah-Putu, E.-P. / Franz-Badur, S. / Wu, W.-J. / Wu, H.-Y. / Wang, P.-H. / Liao, J.-H. ...Maestre-Reyna, M. / Yang, C.-H. / Huang, W.C. / Nango, E. / Gusti-Ngurah-Putu, E.-P. / Franz-Badur, S. / Wu, W.-J. / Wu, H.-Y. / Wang, P.-H. / Liao, J.-H. / Lee, C.-C. / Huang, K.-F. / Chang, Y.-K. / Weng, J.-H. / Sugahara, M. / Owada, S. / Joti, Y. / Tanaka, R. / Tono, K. / Kiontke, S. / Yamamoto, J. / Iwata, S. / Essen, L.-O. / Bessho, Y. / Tsai, M.-D.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)AS-KPQ-105-TPP 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16K01942 日本
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2022
タイトル: Serial crystallography captures dynamic control of sequential electron and proton transfer events in a flavoenzyme.
著者: Maestre-Reyna, M. / Yang, C.H. / Nango, E. / Huang, W.C. / Ngurah Putu, E.P.G. / Wu, W.J. / Wang, P.H. / Franz-Badur, S. / Saft, M. / Emmerich, H.J. / Wu, H.Y. / Lee, C.C. / Huang, K.F. / ...著者: Maestre-Reyna, M. / Yang, C.H. / Nango, E. / Huang, W.C. / Ngurah Putu, E.P.G. / Wu, W.J. / Wang, P.H. / Franz-Badur, S. / Saft, M. / Emmerich, H.J. / Wu, H.Y. / Lee, C.C. / Huang, K.F. / Chang, Y.K. / Liao, J.H. / Weng, J.H. / Gad, W. / Chang, C.W. / Pang, A.H. / Sugahara, M. / Owada, S. / Hosokawa, Y. / Joti, Y. / Yamashita, A. / Tanaka, R. / Tanaka, T. / Luo, F. / Tono, K. / Hsu, K.C. / Kiontke, S. / Schapiro, I. / Spadaccini, R. / Royant, A. / Yamamoto, J. / Iwata, S. / Essen, L.O. / Bessho, Y. / Tsai, M.D.
履歴
登録2021年9月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22022年6月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA photolyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3516
ポリマ－55,1231
非ポリマー1,2285
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area18100 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)70.550, 70.550, 245.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 DNA photolyase / Deoxyribodipyrimidine photo-lyase


分子量: 55123.480 Da / 分子数: 1 / 変異: M377T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanosarcina mazei Go1 (古細菌) / 株: Go1 / 遺伝子: MM_0852 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8PYK9, deoxyribodipyrimidine photo-lyase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.65 %
結晶化温度: 277 K / 手法: batch mode / pH: 8 / 詳細: 0.5-0.65 M Li2SO4, 10-15% (W/V) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL2 / 波長: 1.7712035 Å
検出器タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月9日 / 詳細: K/B mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7712035 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→42.6 Å / Num. obs: 28742 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.648 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 6.61
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 2.621 % / Mean I/σ(I) obs: 1.61 / Num. unique obs: 2795 / CC1/2: 0.85 / R split: 2.0618 / % possible all: 100
Serial crystallography measurementPulse photon energy: 7 keV
Serial crystallography sample delivery解説: LCP extruder / 手法: injection
Serial crystallography sample delivery injectionCarrier solvent: grease / 解説: LCP extruder / Flow rate: 1.59 µL/min / Injector diameter: 100 µm / Injector temperature: 293 K / Power by: HPLC
Serial crystallography data reductionCrystal hits: 22191 / Frame hits: 22191 / Frames failed index: 9163 / Frames indexed: 13028

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19_4092: ???)精密化
CrystFEL0.6.3データ削減
CrystFEL0.6.3データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IWX

6iwx
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.3→42.6 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2584 1372 4.79 %
Rwork0.2157 --
obs0.2176 28634 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→42.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3525 0 76 63 3664
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023725
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5295084
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.59501
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038538
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003648
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.380.36281480.34372642X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.480.3121180.32562664X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.590.4061320.34032675X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.730.32481460.30432676X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.90.31821340.27382674X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.120.34191290.27092718X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.440.26361550.22362697X-RAY DIFFRACTION100
3.44-3.930.22851220.18062763X-RAY DIFFRACTION100
3.93-4.950.19271380.16932784X-RAY DIFFRACTION100
4.95-42.60.25731500.20522969X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.02641.12460.29513.1118-0.73553.4003-0.0109-0.256-0.14860.04080.09880.410.0329-1.0108-0.09290.56680.0334-0.05740.80140.00970.53182.917226.6059110.9467
21.21640.4190.70321.5757-0.56682.7574-0.03040.21770.002-0.34360.06670.09330.1303-0.1545-0.01540.6759-0.0297-0.05570.61020.02120.519815.684724.363399.3751
32.313-0.01980.96981.7966-0.81034.038-0.06670.2334-0.0239-0.102-0.0883-0.1748-0.00310.71310.1730.6281-0.00530.00130.71120.00320.503134.520224.3309108.0239
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 133 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 134 through 291 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 292 through 462 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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