PDB-7vi8: Crystal structure of ChbG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vi8

タイトル

Crystal structure of ChbG

要素

Chitooligosaccharide deacetylase

キーワード

HYDROLASE / ChbG / Chitin catabolism / Chitin deacetylase / Chitobiose operon / Klebsiella pneumoniae

機能・相同性

機能・相同性情報

chitin disaccharide deacetylase / chitin disaccharide deacetylase activity / diacetylchitobiose catabolic process / deacetylase activity / chitin catabolic process / polysaccharide catabolic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Lee, S.Y. / Park, H.H.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of ChbG from Klebsiella pneumoniae reveals the molecular basis of diacetylchitobiose deacetylation.
著者: Lee, S.Y. / Pardhe, B.D. / Oh, T.J. / Park, H.H.

履歴

登録	2021年9月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vi8.cif.gz	120.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vi8.ent.gz	89.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vi8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vi8_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vi8_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	7vi8_validation.xml.gz	23.4 KB	表示
CIF形式データ	7vi8_validation.cif.gz	34.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/7vi8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/7vi8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2i5iS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chitooligosaccharide deacetylase

B: Chitooligosaccharide deacetylase

ヘテロ分子

56.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chitooligosaccharide deacetylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
28.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Chitooligosaccharide deacetylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.230, 67.030, 146.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Chitooligosaccharide deacetylase / COD / Chitin disaccharide deacetylase / Chitobiose deacetylase / Chitobiose-6P deacetylase / ...COD / Chitin disaccharide deacetylase / Chitobiose deacetylase / Chitobiose-6P deacetylase / Chitotriose deacetylase / Chitotriose-6P deacetylase 分子量: 27959.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (strain ATCC 700721 / MGH 78578) (肺炎桿菌) 遺伝子: chbG, KPN78578_12070, KPN_01235 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A6T7U7, chitin disaccharide deacetylase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.53 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 15% (v/v) PEG 550 MME, 0.1M MES pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 125 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→28.51 Å / Num. obs: 47465 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 12.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.1074 / Net I/σ(I): 16.48
反射シェル	解像度: 1.83→1.895 Å / R_merge(I) obs: 1.96 / Num. unique obs: 4668 / CC_1/2: 0.722

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2I5I

2i5i

解像度: 1.83→28.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.148 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2569	2373	5 %
R_work	0.2203	45086	-
all	0.222	-	-
obs	-	47459	99.003 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.373 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.078 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.103 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.181 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→28.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3885	0	6	388	4279

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	3968
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	3683
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.707	1.63	5380
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.321	1.572	8442
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.026	5	502
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.315	21.339	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.278	15	631
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.144	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	512
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4583
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	939
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	866
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.219	0.2	3559
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	2033
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	1955
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.233	0.2	279
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.146	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.172	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.19	2.683	2015
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.178	2.681	2013
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.644	4.002	2514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.645	4.004	2515
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.352	2.947	1953
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.351	2.947	1954
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.331	4.301	2866
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.33	4.302	2867
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.561	33.024	4639
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.562	33.029	4640

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.83-1.877	0.364	175	0.313	3318	X-RAY DIFFRACTION	99.7145
1.877-1.929	0.333	169	0.293	3209	X-RAY DIFFRACTION	99.4993
1.929-1.985	0.353	164	0.285	3125	X-RAY DIFFRACTION	99.6667
1.985-2.046	0.335	160	0.273	3044	X-RAY DIFFRACTION	99.3488
2.046-2.113	0.295	153	0.271	2924	X-RAY DIFFRACTION	98.9071
2.113-2.187	0.287	150	0.262	2845	X-RAY DIFFRACTION	98.9428
2.187-2.269	0.32	146	0.256	2766	X-RAY DIFFRACTION	98.8124
2.269-2.362	0.264	138	0.256	2629	X-RAY DIFFRACTION	98.4347
2.362-2.467	0.289	133	0.253	2529	X-RAY DIFFRACTION	97.9757
2.467-2.587	0.249	128	0.246	2422	X-RAY DIFFRACTION	98.228
2.587-2.727	0.275	121	0.237	2309	X-RAY DIFFRACTION	98.6201
2.727-2.892	0.283	116	0.231	2204	X-RAY DIFFRACTION	98.5556
2.892-3.091	0.247	108	0.226	2055	X-RAY DIFFRACTION	98.3629
3.091-3.339	0.265	103	0.218	1946	X-RAY DIFFRACTION	99.0812
3.339-3.657	0.25	95	0.2	1798	X-RAY DIFFRACTION	99.1619
3.657-4.087	0.215	86	0.178	1646	X-RAY DIFFRACTION	99.3689
4.087-4.717	0.189	78	0.164	1469	X-RAY DIFFRACTION	99.8064
4.717-5.771	0.22	66	0.175	1259	X-RAY DIFFRACTION	100
5.771-8.136	0.204	53	0.19	1002	X-RAY DIFFRACTION	100
8.136-28.51	0.199	31	0.175	587	X-RAY DIFFRACTION	96.8652

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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