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- PDB-7vgv: Anion free form of light-driven chloride ion-pumping rhodopsin, N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vgv
タイトルAnion free form of light-driven chloride ion-pumping rhodopsin, NM-R3, structure determined by serial femtosecond crystallography at SACLA
要素Chloride pumping rhodopsin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / SACLA serial femtosecond crystallography CELL-FREE SYNTHESIS Bacterial type rhodopsin chloride ion pump rhodopsin
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / membrane
類似検索 - 分子機能
Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRADECANE / nonane / HEXANE / N-OCTANE / HEXADECANE / RETINAL / Chloride pumping rhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Nonlabens marinus S1-08 (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hosaka, T. / Nango, E. / Nakane, T. / Luo, F. / Kimura-Someya, T. / Shirouzu, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Conformational alterations in unidirectional ion transport of a light-driven chloride pump revealed using X-ray free electron lasers.
著者: Hosaka, T. / Nomura, T. / Kubo, M. / Nakane, T. / Fangjia, L. / Sekine, S.I. / Ito, T. / Murayama, K. / Ihara, K. / Ehara, H. / Kashiwagi, K. / Katsura, K. / Akasaka, R. / Hisano, T. / ...著者: Hosaka, T. / Nomura, T. / Kubo, M. / Nakane, T. / Fangjia, L. / Sekine, S.I. / Ito, T. / Murayama, K. / Ihara, K. / Ehara, H. / Kashiwagi, K. / Katsura, K. / Akasaka, R. / Hisano, T. / Tanaka, T. / Tanaka, R. / Arima, T. / Yamashita, A. / Sugahara, M. / Naitow, H. / Matsuura, Y. / Yoshizawa, S. / Tono, K. / Owada, S. / Nureki, O. / Kimura-Someya, T. / Iwata, S. / Nango, E. / Shirouzu, M.
履歴
登録2021年9月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_related_exp_data_set
改定 1.32023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chloride pumping rhodopsin
B: Chloride pumping rhodopsin
C: Chloride pumping rhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,69621
ポリマ－92,1333
非ポリマー2,56318
水1,26170
1
A: Chloride pumping rhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8498
ポリマ－30,7111
非ポリマー1,1387
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11470 Å2
手法PISA
2
B: Chloride pumping rhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6958
ポリマ－30,7111
非ポリマー9847
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11450 Å2
手法PISA
3
C: Chloride pumping rhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1525
ポリマ－30,7111
非ポリマー4424
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area890 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area11360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.400, 69.500, 231.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Chloride pumping rhodopsin


分子量: 30710.936 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nonlabens marinus S1-08 (バクテリア)
遺伝子: ClR, NMS_1267 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8VZW3

-
非ポリマー , 8種, 88分子

#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物
ChemComp-HEX / HEXANE / ヘキサン


分子量: 86.175 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14
#4: 化合物 ChemComp-DD9 / nonane / ノナン


分子量: 128.255 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20
#5: 化合物 ChemComp-C14 / TETRADECANE / テトラデカン


分子量: 198.388 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30
#6: 化合物 ChemComp-R16 / HEXADECANE / ヘキサデカン


分子量: 226.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34
#7: 化合物 ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100 mM HEPES (pH7.0), 400-700 mM K phosphate, and 24-30% PEG400

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1.771 Å
検出器タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.771 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→46.3 Å / Num. obs: 50102 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 136 % / CC1/2: 0.984 / Net I/σ(I): 5.41
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / Num. unique obs: 2805 / CC1/2: 0.473
Serial crystallography sample delivery手法: injection

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
CrystFEL0.61データ削減
CrystFEL0.61データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5B2N

5b2n


解像度: 2.3→44.46 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 24.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 2459 4.92 %
Rwork0.2096 47531 -
obs0.2111 49990 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 127.62 Å2 / Biso mean: 53.833 Å2 / Biso min: 26.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→44.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6193 0 177 70 6440
Biso mean--55.09 59.74 -
残基数----791
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.340.34351510.296425892740100
2.34-2.390.2861390.28126072746100
2.39-2.440.33921380.270725932731100
2.44-2.50.32821210.255326232744100
2.5-2.560.28481560.238325752731100
2.56-2.630.251190.233926322751100
2.63-2.710.23561430.208925972740100
2.71-2.80.24641460.203225782724100
2.8-2.90.27471310.206426402771100
2.9-3.010.2511140.205926372751100
3.01-3.150.27381240.200526512775100
3.15-3.320.25651460.197326102756100
3.32-3.520.21111190.190926522771100
3.52-3.80.23081590.191926382797100
3.8-4.180.21781150.184926752790100
4.18-4.780.20491660.183826602826100
4.78-6.020.23751350.237527222857100
6.02-44.460.23941370.21612852298999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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