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- PDB-7vg7: Plexin B1 extracellular fragment in complex with lasso-grafted PB... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vg7
タイトルPlexin B1 extracellular fragment in complex with lasso-grafted PB1m6A9 peptide
要素
  • Plexin-B1
  • Uteroglobin,PB1m6A9 peptide,Uteroglobin
キーワードSIGNALING PROTEIN / Plexin / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


polychlorinated biphenyl binding / negative regulation of interleukin-4 production / negative regulation of interleukin-5 production / negative regulation of interleukin-13 production / phospholipase A2 inhibitor activity / semaphorin receptor binding / response to silicon dioxide / negative regulation of osteoblast proliferation / response to ozone / response to fibroblast growth factor ...polychlorinated biphenyl binding / negative regulation of interleukin-4 production / negative regulation of interleukin-5 production / negative regulation of interleukin-13 production / phospholipase A2 inhibitor activity / semaphorin receptor binding / response to silicon dioxide / negative regulation of osteoblast proliferation / response to ozone / response to fibroblast growth factor / semaphorin receptor complex / negative regulation of cell adhesion / semaphorin receptor activity / GTPase activating protein binding / RHOD GTPase cycle / inhibitory synapse assembly / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / positive regulation of axonogenesis / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / ossification involved in bone maturation / positive regulation of Rho protein signal transduction / regulation of cytoskeleton organization / negative regulation of type II interferon production / semaphorin-plexin signaling pathway / response to glucocorticoid / T cell proliferation / synapse assembly / negative regulation of T cell proliferation / regulation of mRNA stability / embryo implantation / positive regulation of GTPase activity / response to cytokine / GTPase activator activity / regulation of cell migration / neuron projection morphogenesis / secretory granule / female pregnancy / transmembrane signaling receptor activity / nuclear envelope / cell migration / G alpha (12/13) signalling events / regulation of cell shape / regulation of inflammatory response / response to lipopolysaccharide / postsynaptic membrane / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / intracellular signal transduction / response to xenobiotic stimulus / glutamatergic synapse / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Uteroglobin / Secretoglobin family 1C-like / Secretoglobin / Uteroglobin family / Secretoglobin (SCGB) family profile. / Uteroglobin / Plexin-B, PSI domain / Secretoglobin superfamily / Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin ...Uteroglobin / Secretoglobin family 1C-like / Secretoglobin / Uteroglobin family / Secretoglobin (SCGB) family profile. / Uteroglobin / Plexin-B, PSI domain / Secretoglobin superfamily / Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin A/B, PSI domain / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / Rho GTPase activation protein / IPT domain / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / Immunoglobulin E-set / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Plexin-B1 / Uteroglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Sugano, N.N. / Hirata, K. / Yamashita, K. / Yamamoto, M. / Arimori, T. / Takagi, J.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20am0101075 日本
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: De novo Fc-based receptor dimerizers differentially modulate PlexinB1 function.
著者: Sugano-Nakamura, N. / Matoba, K. / Hirose, M. / Bashiruddin, N.K. / Matsunaga, Y. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Yamamoto, M. / Arimori, T. / Suga, H. / Takagi, J.
履歴
登録2021年9月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年10月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plexin-B1
B: Uteroglobin,PB1m6A9 peptide,Uteroglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,3334
ポリマ－74,9612
非ポリマー3712
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.190, 62.490, 82.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.922, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Plexin-B1 / Semaphorin receptor SEP


分子量: 56661.395 Da / 分子数: 1 / 変異: T19S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLXNB1, KIAA0407, PLXN5, SEP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43157
#2: タンパク質 Uteroglobin,PB1m6A9 peptide,Uteroglobin / Clara cell phospholipid-binding protein / CCPBP / Clara cells 10 kDa secretory protein / CC10 / ...Clara cell phospholipid-binding protein / CCPBP / Clara cells 10 kDa secretory protein / CC10 / Secretoglobin family 1A member 1 / Urinary protein 1 / UP-1 / UP1 / Urine protein 1


分子量: 18300.041 Da / 分子数: 1 / 変異: A21S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PB1m6A9-grafted uteroglobin / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCGB1A1, CC10, CCSP, UGB / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P11684
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES or HEPES, 14-16% PEG 3350 / PH範囲: 6.5 - 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→76.6 Å / Num. obs: 22866 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 19.7 % / Biso Wilson estimate: 24.31 Å2 / CC1/2: 0.975 / Rrim(I) all: 0.473 / Net I/σ(I): 6.43
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 18.5 % / Num. unique obs: 3621 / CC1/2: 0.678 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASERv2.8.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5B4W, 1UTG

5b4w

1utg


解像度: 2.5→44.78 Å / SU ML: 0.3054 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.0224 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2432 1121 4.91 %
Rwork0.1805 21729 -
obs0.1837 22850 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4923 0 24 100 5047
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00995071
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13786908
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0526771
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073906
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.34053061
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.610.28751250.22682674X-RAY DIFFRACTION99.64
2.61-2.750.34671420.22842719X-RAY DIFFRACTION99.97
2.75-2.920.27421480.21842677X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.150.30381370.21042719X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.470.25611430.1782701X-RAY DIFFRACTION100
3.47-3.970.23391380.15852707X-RAY DIFFRACTION100
3.97-50.17441410.14212731X-RAY DIFFRACTION100
5-44.780.20361470.16992801X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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