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- PDB-7vfk: Crystal structure of SdgB (ligand-free form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vfk
タイトルCrystal structure of SdgB (ligand-free form)
要素Glycosyl transferase, group 1 family protein
キーワードTRANSFERASE / Glycosylation
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosyltransferase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1 / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Glycosyl transferase, group 1 family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Kim, D.-G. / Baek, I. / Lee, Y. / Kim, H.S.
資金援助 韓国, 3件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2020R1C1C1009512 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2017R1C1B2012225 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2015R1D1A4A01020265 韓国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Structural basis for SdgB- and SdgA-mediated glycosylation of staphylococcal adhesive proteins.
著者: Kim, D.G. / Baek, I. / Lee, Y. / Kim, H. / Kim, J.Y. / Bang, G. / Kim, S. / Yoon, H.J. / Han, B.W. / Suh, S.W. / Kim, H.S.
履歴
登録2021年9月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2021年11月24日ID: 7EC2
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyl transferase, group 1 family protein
B: Glycosyl transferase, group 1 family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,9058
ポリマ－119,2952
非ポリマー6116
水6,810378
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area43820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.968, 206.342, 66.329
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.065, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Glycosyl transferase, group 1 family protein


分子量: 59647.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
株: USA300 / 遺伝子: SAUSA300_0550 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2XGN0
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.32 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), and 25% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→30 Å / Num. obs: 93892 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 32.32 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 26.3
反射 シェル解像度: 1.84→1.88 Å / Num. unique obs: 4772 / CC1/2: 0.708

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.84→29.26 Å / SU ML: 0.2655 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.6704
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2585 4712 5.02 %
Rwork0.2168 89180 -
obs0.2189 93892 97.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→29.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8263 0 40 378 8681
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00828506
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.954311493
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05861222
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00721467
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.28591117
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.84-1.860.33841460.31542577X-RAY DIFFRACTION84.91
1.86-1.880.32121670.29492985X-RAY DIFFRACTION99.75
1.88-1.910.33551710.29322969X-RAY DIFFRACTION99.84
1.91-1.930.30891650.2913030X-RAY DIFFRACTION99.38
1.93-1.960.33711270.29113095X-RAY DIFFRACTION99.2
1.96-1.980.30311600.28242942X-RAY DIFFRACTION99.71
1.98-2.010.34061660.28133018X-RAY DIFFRACTION99.34
2.01-2.040.32911570.27343057X-RAY DIFFRACTION98.86
2.04-2.070.34691610.27822973X-RAY DIFFRACTION99.59
2.07-2.110.36131490.27272969X-RAY DIFFRACTION99.02
2.11-2.140.32891850.27033051X-RAY DIFFRACTION98.6
2.14-2.180.29311530.25362940X-RAY DIFFRACTION99.26
2.18-2.230.26741570.24393010X-RAY DIFFRACTION98.85
2.23-2.270.26491570.24662991X-RAY DIFFRACTION98.1
2.27-2.320.29821420.24732958X-RAY DIFFRACTION98.95
2.32-2.370.27141750.2363038X-RAY DIFFRACTION98.29
2.37-2.430.281460.24262968X-RAY DIFFRACTION98.7
2.43-2.50.30141680.24312989X-RAY DIFFRACTION98.47
2.5-2.570.32481580.23782981X-RAY DIFFRACTION98.22
2.57-2.660.31500.23153011X-RAY DIFFRACTION98.32
2.66-2.750.32251590.22992946X-RAY DIFFRACTION98.04
2.75-2.860.26041450.23233016X-RAY DIFFRACTION97.71
2.86-2.990.28311490.22672967X-RAY DIFFRACTION98.89
2.99-3.150.29991540.21943005X-RAY DIFFRACTION97.92
3.15-3.340.26581650.22132953X-RAY DIFFRACTION97.74
3.34-3.60.26941590.20732971X-RAY DIFFRACTION98.12
3.6-3.960.22461630.18862970X-RAY DIFFRACTION98.15
3.96-4.540.21171380.172977X-RAY DIFFRACTION97.34
4.54-5.710.18411650.172991X-RAY DIFFRACTION98.23
5.71-29.260.18671550.18742832X-RAY DIFFRACTION91.88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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