PDB-7vev: Crystal structure of bacterial chemotaxis-dependent pectin-bindin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vev

タイトル

Crystal structure of bacterial chemotaxis-dependent pectin-binding protein SPH1118 in complex with MES

要素

SPH1118

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / pectin-binding protein / chemotaxis / gram-negative bacteria

機能・相同性

Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Roll / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

Sphingomonas sp. A1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.498 Å

データ登録者

Anamizu, K. / Takase, R. / Hio, M. / Watanebe, D. / Mikami, B. / Hashimoto, W.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Substrate size-dependent conformational changes of bacterial pectin-binding protein crucial for chemotaxis and assimilation.
著者: Anamizu, K. / Takase, R. / Hio, M. / Watanabe, D. / Mikami, B. / Hashimoto, W.

履歴

登録	2021年9月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vev.cif.gz	154.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vev.ent.gz	113 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vev.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vev_validation.pdf.gz	969.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vev_full_validation.pdf.gz	972 KB	表示
XML形式データ	7vev_validation.xml.gz	27.6 KB	表示
CIF形式データ	7vev_validation.cif.gz	42.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/7vev ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/7vev	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7veqC 7verC 7vetC 7veuC 7vewC 5ipwS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SPH1118

ヘテロ分子

70.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.060, 54.210, 57.012
Angle α, β, γ (deg.)	75.859, 66.897, 87.947
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	SPH1118 分子量: 70050.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingomonas sp. A1 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.14 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 20% PEG6000 0.2 M Calcium chloride 0.1 M MES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.498→50 Å / Num. obs: 79704 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 27.4
反射シェル	解像度: 1.5→1.52 Å / R_merge(I) obs: 0.139 / Num. unique obs: 10578

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IPW

5ipw

解像度: 1.498→26.133 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.078 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1879	3892	4.883 %
R_work	0.1673	75811	-
all	0.168	-	-
obs	-	79703	94.765 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.403 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.478 Å²	-0.01 Å²	-0.078 Å²
2-	-	0.162 Å²	-0.26 Å²
3-	-	-	0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.498→26.133 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4872	0	30	507	5409

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	5098
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.034	0.017	4856
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.717	1.647	6935
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.258	1.58	11210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.122	5	632
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.032	22.759	261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.231	15	883
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.663	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.124	0.2	647
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5782
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	972
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.211	0.2	4767
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	2565
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	2466
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	314
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.295	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.067	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.115	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.228	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.055	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.219	0.974	2481
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.218	0.974	2480
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.897	1.466	3109
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.897	1.467	3110
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.942	1.222	2617
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.942	1.222	2615
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.132	1.728	3819
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.132	1.728	3820
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.282	12.472	5868
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.175	12.228	5792

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.498-1.537	0.206	290	0.194	5232	X-RAY DIFFRACTION	88.5362
1.537-1.579	0.213	290	0.18	5378	X-RAY DIFFRACTION	93.8877
1.579-1.624	0.197	290	0.176	5291	X-RAY DIFFRACTION	94.2737
1.624-1.674	0.19	286	0.176	5156	X-RAY DIFFRACTION	94.7918
1.674-1.729	0.191	274	0.176	4954	X-RAY DIFFRACTION	94.7101
1.729-1.79	0.196	237	0.17	4854	X-RAY DIFFRACTION	95.0878
1.79-1.857	0.212	227	0.171	4722	X-RAY DIFFRACTION	95.6329
1.857-1.933	0.187	214	0.168	4558	X-RAY DIFFRACTION	95.1925
1.933-2.019	0.17	201	0.169	4372	X-RAY DIFFRACTION	95.87
2.019-2.117	0.216	210	0.167	4173	X-RAY DIFFRACTION	95.6778
2.117-2.232	0.183	203	0.166	3949	X-RAY DIFFRACTION	95.8891
2.232-2.367	0.2	191	0.161	3765	X-RAY DIFFRACTION	95.7869
2.367-2.53	0.163	181	0.153	3491	X-RAY DIFFRACTION	96.0754
2.53-2.732	0.191	192	0.179	3212	X-RAY DIFFRACTION	93.8776
2.732-2.992	0.198	152	0.172	3031	X-RAY DIFFRACTION	96.0761
2.992-3.344	0.187	121	0.159	2745	X-RAY DIFFRACTION	96.661
3.344-3.858	0.172	120	0.147	2435	X-RAY DIFFRACTION	96.5244
3.858-4.719	0.126	93	0.141	2054	X-RAY DIFFRACTION	96.5812
4.719-6.647	0.216	78	0.195	1596	X-RAY DIFFRACTION	96.2069

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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