PDB-7vet: Crystal structure of bacterial chemotaxis-dependent pectin-bindin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vet

タイトル

Crystal structure of bacterial chemotaxis-dependent pectin-binding protein SPH1118 in a closed conformation

要素

SPH1118

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / pectin-binding protein / chemotaxis / gram-negative bacteria

機能・相同性

Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Roll / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

Sphingomonas sp. A1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Anamizu, K. / Takase, R. / Hio, M. / Watanebe, D. / Mikami, B. / Hashimoto, W.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Substrate size-dependent conformational changes of bacterial pectin-binding protein crucial for chemotaxis and assimilation.
著者: Anamizu, K. / Takase, R. / Hio, M. / Watanabe, D. / Mikami, B. / Hashimoto, W.

履歴

登録	2021年9月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vet.cif.gz	250.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vet.ent.gz	199.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vet.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vet_validation.pdf.gz	434.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vet_full_validation.pdf.gz	440.5 KB	表示
XML形式データ	7vet_validation.xml.gz	41.9 KB	表示
CIF形式データ	7vet_validation.cif.gz	58.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/7vet ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/7vet	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7veqC 7verC 7veuC 7vevSC 7vewC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SPH1118

B: SPH1118

140 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SPH1118

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
70.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SPH1118

登録者が定義した集合体
70.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.626, 54.998, 112.829
Angle α, β, γ (deg.)	103.034, 97.400, 92.360
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	SPH1118 分子量: 70050.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingomonas sp. A1 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% PEG3350 0.2 M Ammonium formate 0.0209 mM Polygalacturonic acid sodium

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→48.2 Å / Num. obs: 53456 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 6.12 % / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 2.25→2.39 Å / R_merge(I) obs: 0.109 / Num. unique obs: 8527

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7VEV

7vev

解像度: 2.25→43.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.456 / ESU R Free: 0.257 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2512	2673	5 %
R_work	0.2089	50783	-
all	0.211	-	-
obs	-	53456	95.957 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.387 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.471 Å²	-1.812 Å²	-0.299 Å²
2-	-	-2.102 Å²	0.29 Å²
3-	-	-	2.317 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→43.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9692	0	0	186	9878

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	9959
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.034	0.017	9437
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.79	1.648	13533
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.24	1.58	21748
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.204	5	1222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.332	22.773	512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.111	15	1701
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.146	15	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	1269
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11320
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	2332
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	1979
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.222	0.2	9052
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	4992
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	4791
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	309
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.13	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.116	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.32	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.206	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.129	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.301	2.992	4885
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.301	2.992	4884
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.011	4.471	6108
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.011	4.472	6109
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.593	3.085	5074
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.592	3.085	5074
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.289	4.518	7425
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.289	4.518	7426
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.314	33.786	11180
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.318	33.792	11154

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.25-2.308	0.316	191	0.244	3627	0.248	4199	0.857	0.884	90.9264	0.222
2.308-2.371	0.319	191	0.228	3634	0.232	3938	0.856	0.894	97.1305	0.212
2.371-2.44	0.29	190	0.233	3606	0.235	3917	0.869	0.88	96.9109	0.221
2.44-2.515	0.315	185	0.229	3518	0.234	3811	0.859	0.884	97.1661	0.217
2.515-2.597	0.313	174	0.234	3317	0.238	3607	0.877	0.889	96.784	0.227
2.597-2.688	0.303	171	0.224	3237	0.228	3546	0.857	0.885	96.1083	0.217
2.688-2.789	0.257	166	0.224	3166	0.226	3441	0.885	0.896	96.8323	0.219
2.789-2.902	0.283	160	0.218	3028	0.222	3306	0.893	0.911	96.4307	0.219
2.902-3.03	0.241	152	0.218	2884	0.22	3165	0.909	0.912	95.9242	0.221
3.03-3.177	0.248	146	0.226	2776	0.227	3048	0.916	0.916	95.8661	0.231
3.177-3.348	0.265	132	0.226	2514	0.228	2864	0.888	0.912	92.3883	0.233
3.348-3.55	0.249	128	0.227	2436	0.228	2697	0.924	0.92	95.0686	0.233
3.55-3.794	0.252	124	0.213	2358	0.215	2567	0.922	0.935	96.6887	0.221
3.794-4.095	0.223	114	0.183	2163	0.185	2352	0.93	0.942	96.8112	0.197
4.095-4.482	0.181	107	0.164	2023	0.165	2199	0.956	0.952	96.8622	0.187
4.482-5.004	0.216	96	0.169	1825	0.172	1994	0.948	0.957	96.339	0.195
5.004-5.766	0.253	84	0.194	1608	0.197	1741	0.928	0.947	97.1855	0.22
5.766-7.031	0.203	73	0.198	1382	0.199	1497	0.94	0.946	97.1944	0.223
7.031-9.816	0.167	56	0.171	1068	0.171	1146	0.958	0.964	98.0803	0.198
9.816-43.53	0.233	33	0.203	612	0.204	665	0.944	0.952	96.9925	0.23

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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