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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vew | ||||||
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タイトル | Crystal structure of bacterial chemotaxis-dependent pectin-binding protein SPH1118 in complex with unsaturated trigalacturonic acid | ||||||
要素 | SPH1118 | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / pectin-binding protein / chemotaxis / gram-negative bacteria | ||||||
機能・相同性 | L(+)-TARTARIC ACID 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Sphingomonas sp. A1 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å | ||||||
データ登録者 | Anamizu, K. / Takase, R. / Hio, M. / Watanebe, D. / Mikami, B. / Hashimoto, W. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022 タイトル: Substrate size-dependent conformational changes of bacterial pectin-binding protein crucial for chemotaxis and assimilation. 著者: Anamizu, K. / Takase, R. / Hio, M. / Watanabe, D. / Mikami, B. / Hashimoto, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7vew.cif.gz | 270.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7vew.ent.gz | 208.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7vew.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7vew_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7vew_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7vew_validation.xml.gz | 48.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7vew_validation.cif.gz | 68.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/7vew ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/7vew | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 70050.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Sphingomonas sp. A1 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: 多糖 | タイプ: oligosaccharide / 分子量: 512.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 |
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-非ポリマー , 4種, 488分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.01 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 22% PEG3000 0.15 M Potassium sodium tartrate 0.1 M HEPES 23.4 mM Unsaturated trigalacturonic acid |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→48.6 Å / Num. obs: 108404 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.77 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rmerge(I) obs: 0.645 / Num. unique obs: 17122 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7VEV 解像度: 1.92→48.591 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.146 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.749 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.92→48.591 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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