PDB-7veu: Crystal structure of bacterial chemotaxis-dependent pectin-bindin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7veu

タイトル

Crystal structure of bacterial chemotaxis-dependent pectin-binding protein SPH1118 in complex with galacturonic acid

要素

SPH1118

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / pectin-binding protein / chemotaxis / gram-negative bacteria

機能・相同性

Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Roll / Alpha Beta / alpha-D-galactopyranuronic acid

機能・相同性情報

生物種

Sphingomonas sp. A1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.736 Å

データ登録者

Anamizu, K. / Takase, R. / Hio, M. / Watanebe, D. / Mikami, B. / Hashimoto, W.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Substrate size-dependent conformational changes of bacterial pectin-binding protein crucial for chemotaxis and assimilation.
著者: Anamizu, K. / Takase, R. / Hio, M. / Watanabe, D. / Mikami, B. / Hashimoto, W.

履歴

登録	2021年9月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7veu.cif.gz	145.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7veu.ent.gz	109.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7veu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7veu_validation.pdf.gz	834.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7veu_full_validation.pdf.gz	837.5 KB	表示
XML形式データ	7veu_validation.xml.gz	25.9 KB	表示
CIF形式データ	7veu_validation.cif.gz	38.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/7veu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/7veu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7veqC 7verC 7vetC 7vevSC 7vewC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SPH1118

ヘテロ分子

70.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.686, 86.662, 97.323
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

SPH1118

分子量: 70050.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Sphingomonas sp. A1 (バクテリア)
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)

#2: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL

分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#3: 糖

ChemComp-ADA / alpha-D-galactopyranuronic acid / alpha-D-galacturonic acid / D-galacturonic acid / galacturonic acid / ALPHA D-GALACTURONIC ACID

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGalpAa	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
a-D-galactopyranuronic acid	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-GalpA	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GalA	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 40% PEG600 0.1 M Citrate 50 mM Galacturonic acid sodium

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.736→42.4 Å / Num. obs: 63700 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.17 % / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 25.6
反射シェル	解像度: 1.74→1.84 Å / R_merge(I) obs: 0.529 / Num. unique obs: 10044

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7VEV

7vev

解像度: 1.736→40.436 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.095 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1812	3185	5 %
R_work	0.1557	60515	-
all	0.157	-	-
obs	-	63700	99.257 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.611 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.877 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.128 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.251 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.736→40.436 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4872	0	31	345	5248

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	5096
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.034	0.017	4813
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.72	1.65	6931
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.223	1.584	11107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.325	5	629
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.914	22.759	261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.777	15	869
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.052	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	650
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5808
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.217	0.2	4655
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	2578
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	2378
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	257
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.087	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.164	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.274	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.456	1.727	2492
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.452	1.727	2491
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.02	2.571	3129
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.021	2.572	3130
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.281	2.032	2604
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.28	2.032	2604
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.645	2.888	3802
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.645	2.889	3803
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.827	20.831	5834
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.813	20.654	5778

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.736-1.781	0.257	227	0.226	4314	0.228	4661	0.903	0.911	97.4254	0.198
1.781-1.829	0.218	225	0.18	4274	0.182	4556	0.939	0.944	98.7489	0.152
1.829-1.882	0.21	219	0.164	4168	0.166	4450	0.94	0.953	98.5843	0.136
1.882-1.94	0.204	214	0.156	4074	0.158	4328	0.95	0.957	99.0758	0.129
1.94-2.004	0.177	207	0.144	3928	0.146	4172	0.959	0.966	99.1131	0.12
2.004-2.074	0.188	201	0.138	3819	0.141	4060	0.956	0.968	99.0148	0.116
2.074-2.152	0.17	194	0.142	3676	0.143	3892	0.964	0.97	99.4347	0.121
2.152-2.239	0.168	188	0.14	3573	0.141	3791	0.966	0.972	99.2087	0.122
2.239-2.339	0.194	181	0.141	3445	0.144	3642	0.953	0.966	99.5607	0.125
2.339-2.452	0.164	172	0.143	3268	0.144	3451	0.97	0.972	99.6813	0.127
2.452-2.585	0.141	165	0.142	3145	0.142	3319	0.976	0.976	99.7288	0.128
2.585-2.741	0.183	156	0.151	2963	0.152	3125	0.963	0.97	99.808	0.138
2.741-2.929	0.169	149	0.157	2825	0.158	2978	0.968	0.97	99.8657	0.146
2.929-3.162	0.187	138	0.157	2623	0.158	2767	0.961	0.968	99.7832	0.15
3.162-3.462	0.194	129	0.158	2439	0.16	2568	0.96	0.969	100	0.157
3.462-3.867	0.173	115	0.151	2193	0.152	2308	0.966	0.971	100	0.156
3.867-4.458	0.142	103	0.134	1962	0.134	2065	0.975	0.975	100	0.145
4.458-5.444	0.174	89	0.163	1693	0.164	1782	0.973	0.973	100	0.177
5.444-7.63	0.208	70	0.217	1329	0.216	1399	0.962	0.959	100	0.225
7.63-40.436	0.246	43	0.207	804	0.209	856	0.953	0.969	98.9486	0.236

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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