PDB-7ver: Crystal structure of bacterial chemotaxis-dependent pectin-bindin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ver

タイトル

Crystal structure of bacterial chemotaxis-dependent pectin-binding protein SPH1118 in a full open conformation

要素

SPH1118

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / pectin-binding protein / chemotaxis / gram-negative bacteria

生物種

Sphingomonas sp. A1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.699 Å

データ登録者

Anamizu, K. / Takase, R. / Hio, M. / Watanebe, D. / Mikami, B. / Hashimoto, W.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Substrate size-dependent conformational changes of bacterial pectin-binding protein crucial for chemotaxis and assimilation.
著者: Anamizu, K. / Takase, R. / Hio, M. / Watanabe, D. / Mikami, B. / Hashimoto, W.

履歴

登録	2021年9月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ver.cif.gz	148.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ver.ent.gz	112.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ver.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ver_validation.pdf.gz	439.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ver_full_validation.pdf.gz	441.3 KB	表示
XML形式データ	7ver_validation.xml.gz	27.6 KB	表示
CIF形式データ	7ver_validation.cif.gz	41.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/7ver ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/7ver	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7veqC 7vetC 7veuC 7vevSC 7vewC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SPH1118

ヘテロ分子

70.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.961, 84.727, 90.025
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SPH1118 分子量: 70050.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingomonas sp. A1 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 555 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% PEG550MME 0.1 M MES 0.01 M Zinc sulfate 0.0209 mM Polygalacturonic acid sodium

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.699→48.848 Å / Num. obs: 66777 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 10.7 % / R_merge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 33.3
反射シェル	解像度: 1.7→1.8 Å / R_merge(I) obs: 0.253 / Num. unique obs: 9726

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7VEV

7vev

解像度: 1.699→48.848 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.108 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2119	3339	5 %
R_work	0.1797	63435	-
all	0.181	-	-
obs	-	66774	98.278 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.438 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.419 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.279 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.699→48.848 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4851	0	6	555	5412

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	5020
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.034	0.017	4750
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.697	1.647	6826
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.223	1.58	10950
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.122	5	619
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.498	22.829	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.52	15	856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.253	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	639
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5727
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1175
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.22	0.2	4747
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	2558
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	2367
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	400
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.124	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.552	1.999	2464
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.533	1.998	2463
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.036	2.987	3087
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.046	2.988	3088
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.655	2.189	2556
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.654	2.19	2557
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.58	3.18	3739
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.579	3.181	3740
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.771	24.165	5979
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.721	23.806	5851

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.699-1.744	0.251	204	0.212	3888	0.214	4965	0.884	0.902	82.4169	0.183
1.744-1.791	0.256	230	0.193	4369	0.196	4823	0.901	0.914	95.3556	0.164
1.791-1.843	0.226	232	0.186	4409	0.188	4693	0.925	0.929	98.892	0.158
1.843-1.9	0.249	229	0.189	4343	0.192	4575	0.914	0.931	99.9344	0.159
1.9-1.962	0.256	221	0.188	4203	0.191	4425	0.904	0.934	99.9774	0.16
1.962-2.031	0.23	215	0.186	4081	0.188	4297	0.928	0.937	99.9767	0.162
2.031-2.107	0.223	208	0.181	3958	0.183	4166	0.941	0.945	100	0.163
2.107-2.193	0.199	201	0.181	3802	0.182	4003	0.944	0.948	100	0.163
2.193-2.29	0.219	192	0.175	3657	0.177	3850	0.94	0.945	99.974	0.159
2.29-2.402	0.223	183	0.18	3473	0.182	3656	0.939	0.951	100	0.166
2.402-2.532	0.21	175	0.175	3332	0.176	3507	0.943	0.954	100	0.164
2.532-2.685	0.212	166	0.178	3156	0.18	3322	0.941	0.951	100	0.17
2.685-2.869	0.196	157	0.181	2982	0.182	3139	0.947	0.952	100	0.177
2.869-3.098	0.226	147	0.19	2781	0.192	2928	0.929	0.944	100	0.191
3.098-3.393	0.22	134	0.191	2556	0.192	2692	0.938	0.946	99.9257	0.195
3.393-3.791	0.2	123	0.183	2340	0.183	2463	0.954	0.955	100	0.19
3.791-4.373	0.194	109	0.155	2073	0.157	2182	0.956	0.964	100	0.169
4.373-5.345	0.181	94	0.162	1789	0.163	1883	0.963	0.973	100	0.185
5.345-7.514	0.194	74	0.19	1403	0.19	1479	0.963	0.965	99.8648	0.212
7.514-48.848	0.168	45	0.167	840	0.167	893	0.974	0.976	99.1041	0.197

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)