PDB-7veq: Crystal structure of bacterial chemotaxis-dependent pectin-bindin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7veq

タイトル

Crystal structure of bacterial chemotaxis-dependent pectin-binding protein SPH1118 in an open conformation

要素

SPH1118

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / pectin-binding protein / chemotaxis / gram-negative bacteria

生物種

Sphingomonas sp. A1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.696 Å

データ登録者

Anamizu, K. / Takase, R. / Hio, M. / Watanebe, D. / Mikami, B. / Hashimoto, W.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Substrate size-dependent conformational changes of bacterial pectin-binding protein crucial for chemotaxis and assimilation.
著者: Anamizu, K. / Takase, R. / Hio, M. / Watanabe, D. / Mikami, B. / Hashimoto, W.

履歴

登録	2021年9月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7veq.cif.gz	147.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7veq.ent.gz	111.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7veq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7veq_validation.pdf.gz	437.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7veq_full_validation.pdf.gz	439.7 KB	表示
XML形式データ	7veq_validation.xml.gz	27 KB	表示
CIF形式データ	7veq_validation.cif.gz	40.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/7veq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/7veq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7verC 7vetC 7veuC 7vevSC 7vewC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SPH1118

ヘテロ分子

68.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.855, 151.663, 179.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1136- HOH

#1: タンパク質	SPH1118 分子量: 68779.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingomonas sp. A1 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 2.0 M Ammonium dihydrogenphosphate 0.1 M Tris-HCl 2.0 mM Unsaturated trigalacturonic acid

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.696→48.217 Å / Num. obs: 76813 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5.02 % / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 1.7→1.74 Å / R_merge(I) obs: 0.555 / Mean I/σ(I) obs: 1.87 / Num. unique obs: 10681

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7VEV

7vev

解像度: 1.696→48.217 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.092 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.195	3841	5 %
R_work	0.1677	72972	-
all	0.169	-	-
obs	-	76813	99.491 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.515 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.247 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.819 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.066 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.696→48.217 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4846	0	6	472	5324

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	5066
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.034	0.017	4793
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.707	1.647	6893
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.224	1.581	11062
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.267	5	630
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.05	22.829	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.632	15	871
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.052	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	644
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5801
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1185
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	1007
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.218	0.2	4751
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	2564
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	2378
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	320
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.039	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.163	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.281	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.234	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.805	1.825	2490
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.785	1.823	2489
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.399	2.719	3130
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.411	2.72	3131
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.322	2.105	2575
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.321	2.106	2576
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.572	3.002	3763
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.571	3.003	3764
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.985	22.156	5889
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.954	21.855	5798

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.696-1.74	0.329	264	0.311	5024	0.312	5632	0.83	0.825	93.892	0.287
1.74-1.788	0.274	272	0.234	5158	0.236	5470	0.886	0.892	99.2687	0.212
1.788-1.84	0.2	267	0.188	5078	0.188	5345	0.937	0.94	100	0.168
1.84-1.896	0.212	261	0.175	4962	0.177	5223	0.934	0.945	100	0.153
1.896-1.959	0.197	253	0.169	4807	0.17	5060	0.945	0.951	100	0.148
1.959-2.027	0.191	245	0.164	4643	0.165	4888	0.95	0.957	100	0.147
2.027-2.104	0.185	234	0.164	4462	0.165	4697	0.954	0.958	99.9787	0.148
2.104-2.189	0.188	228	0.163	4314	0.164	4542	0.956	0.962	100	0.145
2.189-2.286	0.203	219	0.158	4164	0.16	4383	0.951	0.961	100	0.144
2.286-2.398	0.201	209	0.16	3978	0.162	4187	0.949	0.962	100	0.147
2.398-2.527	0.185	198	0.162	3770	0.163	3968	0.955	0.962	100	0.149
2.527-2.68	0.176	190	0.163	3610	0.163	3800	0.962	0.965	100	0.151
2.68-2.864	0.183	177	0.168	3364	0.169	3541	0.962	0.963	100	0.159
2.864-3.093	0.205	166	0.17	3150	0.172	3316	0.945	0.958	100	0.167
3.093-3.387	0.187	154	0.169	2929	0.17	3083	0.955	0.961	100	0.17
3.387-3.784	0.193	139	0.153	2640	0.155	2779	0.957	0.969	100	0.157
3.784-4.365	0.164	124	0.138	2357	0.139	2482	0.968	0.974	99.9597	0.149
4.365-5.335	0.189	107	0.148	2018	0.15	2125	0.968	0.975	100	0.167
5.335-7.499	0.218	84	0.193	1593	0.194	1677	0.953	0.966	100	0.212
7.499-48.217	0.168	50	0.179	950	0.179	1003	0.971	0.971	99.7009	0.215

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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