PDB-7ved: Crystal structure of GABARAP fused to TEX264 LIR with S272D mutation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ved

タイトル

Crystal structure of GABARAP fused to TEX264 LIR with S272D mutation

要素

Testis-expressed protein 264,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Autophagy / ER-phagy

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of Rac protein signal transduction / GABA receptor binding / phosphatidylethanolamine binding / protein-DNA covalent cross-linking repair / TBC/RABGAPs / reticulophagy / cellular response to nitrogen starvation / microtubule associated complex / autophagy of mitochondrion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Yamasaki, A. / Noda, N.N.

資金援助

日本, 3件

引用

ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2022
タイトル: Phosphorylation by casein kinase 2 enhances the interaction between ER-phagy receptor TEX264 and ATG8 proteins.
著者: Chino, H. / Yamasaki, A. / Ode, K.L. / Ueda, H.R. / Noda, N.N. / Mizushima, N.

履歴

登録	2021年9月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7ved.ent.gz	97.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ved.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7ved_validation.pdf.gz	442.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ved_full_validation.pdf.gz	443.3 KB	表示
XML形式データ	7ved_validation.xml.gz	12.9 KB	表示
CIF形式データ	7ved_validation.cif.gz	17.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/7ved ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/7ved	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7vecC 1gnuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (3) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Testis-expressed protein 264,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein

B: Testis-expressed protein 264,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein

ヘテロ分子

30.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Testis-expressed protein 264,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
15.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Testis-expressed protein 264,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.364, 82.628, 102.434
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	ARG	ARG	(chain 'A' and (resid -12 through -11 or (resid -10...	A	A	-12 - 14	1 - 27
1	2	SER	SER	ASP	ASP	(chain 'A' and (resid -12 through -11 or (resid -10...	A	A	16 - 27	29 - 40
1	3	VAL	VAL	VAL	VAL	(chain 'A' and (resid -12 through -11 or (resid -10...	A	A	29 - 80	42 - 93
1	4	ASN	ASN	TYR	TYR	(chain 'A' and (resid -12 through -11 or (resid -10...	A	A	82 - 115	95 - 128
2	5	GLY	GLY	ARG	ARG	(chain 'B' and (resid -12 through 14 or resid 16...	B	B	-12 - 14	1 - 27
2	6	SER	SER	ASP	ASP	(chain 'B' and (resid -12 through 14 or resid 16...	B	B	16 - 27	29 - 40
2	7	VAL	VAL	VAL	VAL	(chain 'B' and (resid -12 through 14 or resid 16...	B	B	29 - 80	42 - 93
2	8	ASN	ASN	TYR	TYR	(chain 'B' and (resid -12 through 14 or resid 16...	B	B	82 - 115	95 - 128

#1: タンパク質	Testis-expressed protein 264,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein / Putative secreted protein Zsig11 / GABA(A) receptor-associated protein / MM46 分子量: 15175.160 Da / 分子数: 2 / 変異: S272D,F3S,V4T / 由来タイプ: 組換発現詳細: GABARAP with F3S and V4T mutations fused to TEX264 LIR with S272D mutation 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: TEX264, ZSIG11, UNQ337/PRO536, GABARAP, FLC3B, HT004 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y6I9, UniProt: O95166
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M potassium sodium tartrate, 0.1M sodium citrate pH 5.6, 2.0M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.02→41.31 Å / Num. obs: 21898 / % possible obs: 99.29 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 35.24 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 14.07
反射シェル	解像度: 2.02→2.093 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.68 / Num. unique obs: 1990 / CC_1/2: 0.696

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1GNU

1gnu

解像度: 2.02→41.31 Å / SU ML: 0.2202 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.0225
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2249	1095	5 %
R_work	0.1876	20803	-
obs	0.1895	21898	99.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.02→41.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2104	0	15	150	2269

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0075	2205
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9387	2986
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0664	305
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0061	395
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.8385	828

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.02-2.11	0.3244	127	0.2714	2426	X-RAY DIFFRACTION	95.19
2.11-2.22	0.2843	135	0.2277	2560	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.36	0.258	136	0.2131	2580	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.36-2.55	0.2466	136	0.2063	2587	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.55-2.8	0.2405	137	0.1891	2598	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.8-3.21	0.2295	138	0.1825	2635	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.21-4.04	0.1923	139	0.157	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.04-41.31	0.2112	147	0.1867	2779	X-RAY DIFFRACTION	99.66

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.50026499365	-0.142902517049	-0.621350507505	7.28019001918	-5.06691387095	3.80516709051	-0.210357735568	0.333760360229	-0.0729414060896	-1.01682194137	-0.0678337850256	-0.266362275512	0.805766204688	-0.165614056678	0.288792844944	0.445609391486	-0.00080631622946	0.0193348805437	0.356256546327	-0.0568374870013	0.258079583596	22.1694402117	7.75771918061	-21.1788259164
2	4.01484467896	6.32613204699	-1.04530934056	2.01435638007	-2.66747694366	6.44319598768	0.0705583049248	0.106408835596	-0.295579214714	0.488649429414	-0.287698235725	-0.451970473671	0.172979193647	0.315484149877	0.189891255592	0.331304089315	-0.00151518960002	-0.040731654994	0.280629102119	-0.0139727612421	0.327612837543	17.1748772134	-9.24496910738	-7.36229207214
3	9.72391467486	-8.1896316427	-7.54150819787	8.96413537637	7.11991713247	6.00185306834	-0.0380675009488	0.219027825969	-0.397174197676	0.235102053744	-0.351795195318	0.654475417146	0.170022200187	-0.266426451138	0.532410988417	0.280689942059	-0.0928321995748	-0.0350076397448	0.359859316743	-0.0476732462474	0.368699600036	4.65731704885	-6.22006781676	-5.05719665722
4	5.83837630002	1.3932528381	-1.63039272619	3.42184735773	0.886506190957	4.08582931267	-0.212992147589	-0.308837765276	-0.33001425098	0.0856707381349	0.0600111853914	-0.11665014318	0.246258256316	0.114448468615	0.247638437866	0.280018508506	0.0211603471327	-0.0352647584861	0.234608402768	0.00181351992823	0.237185079942	16.6708764905	1.97909870398	1.51467004309
5	9.79593989269	-5.86935853391	4.73539129406	7.22877571787	0.0715850316513	6.61042204486	0.137522114497	0.0445812325242	-0.511828134962	-0.0281322974807	-0.00866027667561	0.025920194956	0.0593914164794	0.390069956264	-0.101854581438	0.211885483542	0.00287685032572	0.019175780363	0.24760797921	0.0157494519917	0.236475416119	20.7930886461	9.11212983895	6.67110714572
6	8.45333965042	-0.45850774896	-0.324812578367	3.71863499653	2.36481008402	4.77381555594	0.189510669384	-0.0337491769095	-0.185103272276	-0.0875192635053	0.129934638475	-0.354585544539	-0.0899359216763	0.254382671899	-0.32534943325	0.26210199412	-0.0283134955452	-0.0139517461595	0.153402545493	0.000790641263761	0.222488189694	23.8304953044	10.6098463438	-0.454161316656
7	8.15800886328	4.15649822515	3.9311433119	3.84581585142	3.82233682484	3.80431428588	-0.0846538633082	0.239366440135	0.888205429184	-0.578531484609	-0.486566510444	0.583968258219	-0.65988630234	-0.471475631933	0.729549206369	0.374141539522	-0.000375575149315	-0.0782517701031	0.377416991983	0.00242266490956	0.351651935984	8.54194419037	9.67911533351	-5.08351612917
8	4.01864745352	4.68374134787	1.87673204303	5.40160799811	1.77487980199	3.95156417474	-0.116934873931	0.644934900447	-0.292848385273	-0.29965990842	0.0975454498017	0.198927031121	0.0857664705053	-0.152590164383	-0.020762218494	0.330876537128	0.020099307631	-0.0180550357193	0.30632123673	-0.0631493778244	0.282534393914	13.5385840605	1.27930281952	-6.6234017315
9	8.01410384728	2.4928127657	2.1260265642	6.82029445085	3.25036621612	2.13618314299	0.0449273786586	0.39637973287	0.115515393494	-0.358275094335	0.00332271285062	-0.270038970229	0.0186230556296	1.53189044967	0.0145653623899	0.383139071959	-0.081008366402	0.0305077978632	0.475949641045	-0.0491856994016	0.453222021009	29.6074684724	7.72566503315	-8.05344400768
10	1.91184621382	-3.11016703136	3.83376213045	5.6043323516	-7.02484520564	8.81122111864	-0.115378113547	0.148612641942	0.0095837032771	1.19543730861	0.479719190327	0.29021571276	-2.26103040513	-0.746698561112	-0.275078345994	0.695227692961	0.0643347368073	-0.0103367440992	0.483023790169	-0.0940991907595	0.416154220485	8.19083367301	-0.489419690436	-36.6967913217
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15	3.30400360941	-2.30724491023	3.83648400394	3.12765894563	-2.07267691286	8.22888094778	-0.0777156593626	-0.396017108953	-0.0295645105653	0.00703965364911	0.106678378496	-0.00414010475115	-0.417571850852	-0.31290135767	0.0532456616562	0.235726288145	-0.0122172253348	0.0343151172383	0.222002116224	-0.0623701884798	0.214328153198	10.9264748671	-12.6080687312	-28.970396923

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -12 through 3 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 4 through 10 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 11 through 24 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 25 through 56 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 57 through 67 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 68 through 90 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 91 through 98 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 99 through 110 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 111 through 116 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid -12 through 3 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 4 through 24 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 25 through 56 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 57 through 90 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 91 through 98 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 99 through 116 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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