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- PDB-7vds: The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vds
タイトルThe structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with p25 and Compound 24
要素
  • Cyclin-dependent kinase 5 activator 1
  • Cyclin-dependent-like kinase 5, p25
キーワードTRANSFERASE / CDK5 / p25
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of presynaptic cytosolic calcium concentration / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / superior olivary nucleus maturation / acetylcholine receptor activator activity / protein kinase 5 complex / G1 to G0 transition involved in cell differentiation / ErbB-2 class receptor binding / negative regulation of synaptic plasticity / contractile muscle fiber / regulation of cell cycle phase transition ...positive regulation of presynaptic cytosolic calcium concentration / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / superior olivary nucleus maturation / acetylcholine receptor activator activity / protein kinase 5 complex / G1 to G0 transition involved in cell differentiation / ErbB-2 class receptor binding / negative regulation of synaptic plasticity / contractile muscle fiber / regulation of cell cycle phase transition / Activated NTRK2 signals through CDK5 / negative regulation of axon extension / layer formation in cerebral cortex / neuron cell-cell adhesion / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / corpus callosum development / receptor catabolic process / cerebellar cortex formation / protein localization to synapse / CRMPs in Sema3A signaling / regulation of dendritic spine morphogenesis / NGF-stimulated transcription / ErbB-3 class receptor binding / synaptic transmission, dopaminergic / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of protein export from nucleus / motor neuron axon guidance / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / axonal fasciculation / axon extension / calcium ion import / regulation of neuron differentiation / regulation of synaptic vesicle recycling / tau-protein kinase activity / dendrite morphogenesis / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / receptor clustering / synaptic vesicle transport / central nervous system neuron development / negative regulation of cell cycle / oligodendrocyte differentiation / peptidyl-threonine phosphorylation / synaptic vesicle exocytosis / DARPP-32 events / positive regulation of protein targeting to membrane / synaptic vesicle endocytosis / regulation of macroautophagy / protein kinase activator activity / ephrin receptor signaling pathway / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / alpha-tubulin binding / Schwann cell development / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / beta-tubulin binding / skeletal muscle tissue development / regulation of protein localization to plasma membrane / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / synapse assembly / behavioral response to cocaine / negative regulation of proteolysis / NPAS4 regulates expression of target genes / positive regulation of microtubule polymerization / ionotropic glutamate receptor binding / sensory perception of pain / negative regulation of protein ubiquitination / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / axonogenesis / axon guidance / regulation of cell migration / cerebellum development / cell-matrix adhesion / protein serine/threonine kinase activator activity / regulation of actin cytoskeleton organization / excitatory postsynaptic potential / synaptic transmission, glutamatergic / filopodium / hippocampus development / neuromuscular junction / intracellular protein transport / Hsp90 protein binding / brain development / peptidyl-serine phosphorylation / visual learning / regulation of synaptic plasticity / microtubule cytoskeleton organization / tau protein binding / neuron migration / cellular response to amyloid-beta / neuron projection development / neuron differentiation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / actin filament binding / p53 binding / kinase activity / cell junction / rhythmic process / positive regulation of neuron apoptotic process / presynapse / lamellipodium / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production
類似検索 - 分子機能
Cyclin-dependent kinase 5 activator protein / Cyclin-dependent kinase 5 activator / Cyclin-like superfamily / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Cyclin-dependent kinase 5 activator protein / Cyclin-dependent kinase 5 activator / Cyclin-like superfamily / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-61U / Cyclin-dependent kinase 5 / Cyclin-dependent kinase 5 activator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Malojcic, G. / Clugston, S.L. / Daniels, M. / Harmange, J.C. / Ledeborer, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery and Optimization of Highly Selective Inhibitors of CDK5.
著者: Daniels, M.H. / Malojcic, G. / Clugston, S.L. / Williams, B. / Coeffet-Le Gal, M. / Pan-Zhou, X.R. / Venkatachalan, S. / Harmange, J.C. / Ledeboer, M.
履歴
登録2021年9月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent-like kinase 5, p25
B: Cyclin-dependent-like kinase 5, p25
C: Cyclin-dependent kinase 5 activator 1
D: Cyclin-dependent kinase 5 activator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,41952
ポリマ－113,2764
非ポリマー3,14248
水1,24369
1
A: Cyclin-dependent-like kinase 5, p25
C: Cyclin-dependent kinase 5 activator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,59447
ポリマ－56,6382
非ポリマー2,95645
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8610 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area20600 Å2
手法PISA
2
B: Cyclin-dependent-like kinase 5, p25
D: Cyclin-dependent kinase 5 activator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8245
ポリマ－56,6382
非ポリマー1863
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area20110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.060, 118.060, 153.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYSERSERAA11 - 28711 - 287
21TYRTYRSERSERBB4 - 2874 - 287
12SERSERGLUGLUCC147 - 29249 - 194
22SERSERGLUGLUDD147 - 29249 - 194

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Cyclin-dependent-like kinase 5, p25 / Cell division protein kinase 5


分子量: 33306.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK5, CDKN5 / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q00535, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 5 activator 1


分子量: 23331.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK5R1, CDK5R, NCK5A / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q15078

-
非ポリマー , 5種, 117分子

#3: 化合物 ChemComp-61U / 5-fluoranyl-4-[[2-[(1R)-1-(1-methylpiperidin-4-yl)-1-oxidanyl-ethyl]-1,6-naphthyridin-7-yl]amino]-2-morpholin-4-yl-benzenecarbonitrile


分子量: 490.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H31FN6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12713 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月29日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12713 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→48.51 Å / Num. obs: 24161 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.149 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 437075 / Scaling rejects: 4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.05-3.2618.62.5658002943080.5650.6052.6361.4100
8.63-48.5116.70.0541966811770.9990.0130.05544.799.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3O0G

3o0g


解像度: 3.05→48.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 23.569 / SU ML: 0.408 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.473 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2715 1207 5 %RANDOM
Rwork0.2254 ---
obs0.2279 22918 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 373.64 Å2 / Biso mean: 133.419 Å2 / Biso min: 54.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å2-0.07 Å2-0 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---0.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.05→48.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6954 0 183 69 7206
Biso mean--125.04 86.75 -
残基数----863
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0137268
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176994
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2441.6539795
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0481.58616125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0435860
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.24621.936377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.435151263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.621549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0470.2890
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.027979
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021654
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A82750.13
12B82750.13
21C43950.14
22D43950.14
LS精密化 シェル解像度: 3.05→3.129 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 81 -
Rwork0.36 1692 -
all-1773 -
obs--99.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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