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- PDB-7vdq: The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vdq
タイトルThe structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with p25 and Compound 7
要素
  • Cyclin-dependent kinase 5 activator 1, p25
  • Cyclin-dependent-like kinase 5
キーワードTRANSFERASE / CDK5 / p25
機能・相同性
機能・相同性情報


superior olivary nucleus maturation / protein kinase 5 complex / acetylcholine receptor activator activity / G1 to G0 transition involved in cell differentiation / ErbB-2 class receptor binding / negative regulation of synaptic plasticity / contractile muscle fiber / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / neuron cell-cell adhesion / Activated NTRK2 signals through CDK5 ...superior olivary nucleus maturation / protein kinase 5 complex / acetylcholine receptor activator activity / G1 to G0 transition involved in cell differentiation / ErbB-2 class receptor binding / negative regulation of synaptic plasticity / contractile muscle fiber / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / neuron cell-cell adhesion / Activated NTRK2 signals through CDK5 / layer formation in cerebral cortex / negative regulation of axon extension / protein localization to synapse / receptor catabolic process / regulation of synaptic vesicle cycle / corpus callosum development / cerebellar cortex formation / regulation of dendritic spine morphogenesis / CRMPs in Sema3A signaling / NGF-stimulated transcription / synaptic transmission, dopaminergic / ErbB-3 class receptor binding / negative regulation of protein export from nucleus / axon extension / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / axonal fasciculation / motor neuron axon guidance / calcium ion import / regulation of synaptic vesicle recycling / embryo development ending in birth or egg hatching / dendrite morphogenesis / regulation of neuron differentiation / receptor clustering / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / synaptic vesicle transport / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / tau-protein kinase activity / protein kinase activator activity / beta-tubulin binding / central nervous system neuron development / oligodendrocyte differentiation / synaptic vesicle exocytosis / behavioral response to cocaine / negative regulation of cell cycle / synaptic vesicle endocytosis / DARPP-32 events / positive regulation of protein targeting to membrane / ephrin receptor signaling pathway / alpha-tubulin binding / regulation of protein localization to plasma membrane / regulation of macroautophagy / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Schwann cell development / phosphorylation / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / skeletal muscle tissue development / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / ionotropic glutamate receptor binding / negative regulation of protein ubiquitination / positive regulation of microtubule polymerization / synapse assembly / sensory perception of pain / NPAS4 regulates expression of target genes / ephrin receptor binding / regulation of cell migration / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / cell-matrix adhesion / axonogenesis / protein serine/threonine kinase activator activity / cerebellum development / excitatory postsynaptic potential / filopodium / axon guidance / synaptic transmission, glutamatergic / hippocampus development / negative regulation of proteolysis / regulation of actin cytoskeleton organization / peptidyl-threonine phosphorylation / intracellular protein transport / neuron migration / brain development / Hsp90 protein binding / neuromuscular junction / visual learning / tau protein binding / regulation of synaptic plasticity / neuron differentiation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / microtubule cytoskeleton organization / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to amyloid-beta / neuron projection development / actin filament binding / rhythmic process / p53 binding / cell junction / lamellipodium / kinase activity / presynapse / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production
類似検索 - 分子機能
Cyclin-dependent kinase 5 activator / Cyclin-dependent kinase 5 activator protein / Cyclin-like superfamily / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Cyclin-dependent kinase 5 activator / Cyclin-dependent kinase 5 activator protein / Cyclin-like superfamily / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-64V / Cyclin-dependent kinase 5 / Cyclin-dependent kinase 5 activator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Malojcic, G. / Clugston, S.L. / Daniels, M. / Harmange, J.C. / Ledeborer, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery and Optimization of Highly Selective Inhibitors of CDK5.
著者: Daniels, M.H. / Malojcic, G. / Clugston, S.L. / Williams, B. / Coeffet-Le Gal, M. / Pan-Zhou, X.R. / Venkatachalan, S. / Harmange, J.C. / Ledeboer, M.
履歴
登録2021年9月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent-like kinase 5
B: Cyclin-dependent-like kinase 5
C: Cyclin-dependent kinase 5 activator 1, p25
D: Cyclin-dependent kinase 5 activator 1, p25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,2886
ポリマ－113,2764
非ポリマー1,0112
水1267
1
A: Cyclin-dependent-like kinase 5
C: Cyclin-dependent kinase 5 activator 1, p25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1443
ポリマ－56,6382
非ポリマー5061
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19220 Å2
手法PISA
2
B: Cyclin-dependent-like kinase 5
D: Cyclin-dependent kinase 5 activator 1, p25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1443
ポリマ－56,6382
非ポリマー5061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.610, 117.610, 154.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSSERSERAA3 - 2873 - 287
21LYSLYSSERSERBB3 - 2873 - 287
12SERSERGLUGLUCC147 - 29249 - 194
22SERSERGLUGLUDD147 - 29249 - 194

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Cyclin-dependent-like kinase 5 / Cell division protein kinase 5


分子量: 33306.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK5, CDKN5 / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q00535, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 5 activator 1, p25 / p25 / Tau protein kinase II 23 kDa subunit / p23


分子量: 23331.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK5R1, CDK5R, NCK5A / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q15078
#3: 化合物 ChemComp-64V / 2-[[7-[[2-fluoranyl-4-[3-(hydroxymethyl)pyrazol-1-yl]phenyl]amino]-1,6-naphthyridin-2-yl]-(1-methylpiperidin-4-yl)amino]ethanoic acid


分子量: 505.544 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H28FN7O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.69 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12709 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月21日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12709 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.91→38.67 Å / Num. obs: 27572 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.173 / Net I/σ(I): 15.5 / Num. measured all: 548565
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.91-2.9921.11.7864212519950.690.3941.832.1100
13.01-38.6714.60.06449743400.9970.0160.06637.895.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3O0G

3o0g


解像度: 2.91→38.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 42.476 / SU ML: 0.376 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.433 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2839 1392 5.1 %RANDOM
Rwork0.2523 ---
obs0.2539 26146 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 221.21 Å2 / Biso mean: 89.173 Å2 / Biso min: 38.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å2-0.14 Å2-0 Å2
2---0.29 Å20 Å2
3---0.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.91→38.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6865 0 74 7 6946
Biso mean--80.39 54.89 -
残基数----851
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0137106
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176769
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3541.6569630
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0871.59115617
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5925844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.35422.135370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.647151244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9141546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.2877
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027903
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021631
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A83850.12
12B83850.12
21C38110.15
22D38110.15
LS精密化 シェル解像度: 2.91→2.985 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 95 -
Rwork0.31 1884 -
all-1979 -
obs--99.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9395-0.25131.86523.72683.56638.84950.1294-0.0196-0.17850.3183-0.1508-0.17220.20740.50210.02150.3175-0.0515-0.00980.3254-0.04990.319953.0183-46.394250.2545
24.5933-1.6736-2.56815.06542.09526.34350.0672-0.4441-0.54280.47060.1858-0.21970.47470.4482-0.25290.2148-0.1195-0.08230.2938-0.04510.189844.1264-43.517155.6474
31.69850.0103-1.65038.7984-2.48653.9028-0.14080.2284-0.4129-0.17420.0046-0.2880.1751-0.26910.13620.1966-0.0907-0.03040.2935-0.04960.217442.7977-40.003950.807
43.7169-0.2204-0.12463.56111.66521.161-0.20120.54220.0879-0.2630.2675-0.30990.02590.304-0.06630.2918-0.07070.01040.30350.06530.059555.4935-22.892349.1886
59.13080.6335-4.29184.98080.91745.40160.2902-0.0259-0.31770.0096-0.037-0.29380.36290.3261-0.25320.1998-0.0083-0.09430.09380.00860.092949.2886-27.543153.5615
63.13431.6063.24182.71281.81593.3660.1806-0.5661-0.14520.5878-0.06510.21530.2229-0.5703-0.11550.3309-0.04890.02680.29180.02510.205843.9355-24.125266.7556
73.3869-0.56231.73542.8097-0.12336.32730.1054-0.0211-0.27040.23730.1852-0.35950.18370.3734-0.29060.1871-0.0158-0.03190.1117-0.02160.091157.0825-17.025165.2746
88.23983.4239-1.66917.9417-1.66022.4816-0.1104-0.21930.41740.19550.03480.428-0.4285-0.30050.07560.3780.028-0.07090.2719-0.05710.057650.8438-7.50175.8649
96.79293.77361.07974.3794-3.79138.7669-0.29350.37850.0565-0.22210.0844-0.13570.01270.50630.20910.4038-0.0635-0.02830.3234-0.09990.212458.763-8.222155.366
104.32810.8608-0.61492.9902-1.80666.96260.00980.38070.3704-0.1340.18930.1174-0.4594-0.2577-0.19910.2760.0004-0.04430.1717-0.00230.273747.225-9.287953.9593
111.47141.3094-0.13756.6282-1.78990.5347-0.0028-0.51170.49161.0933-0.00250.4444-0.2575-0.08820.00520.81280.23850.12761.2942-0.01120.7560.9061-49.377872.8838
122.6432-2.44170.95875.40261.09841.69890.0297-0.17410.00840.696-0.12420.01870.23-0.26410.09450.76690.09060.02070.9624-0.10470.46973.0692-39.824269.8298
130.81990.1928-0.80163.0535-2.11215.4065-0.2708-0.2987-0.0950.39060.29260.09760.24460.295-0.02190.30460.09780.01710.5975-0.12520.514578.127-46.017156.2213
142.7836-3.8621-0.94815.38161.15573.84980.40040.15410.5095-0.5716-0.3348-0.7173-0.57340.1735-0.06550.5956-0.03060.05780.8193-0.03740.618381.3199-36.56743.3518
153.53811.2465-0.25611.33594.56792.06240.15330.20880.5549-0.0304-0.17540.3199-0.15310.05470.02210.6478-0.05930.03470.8658-0.12790.659788.7871-32.159458.6069
165.72365.4496.67089.92337.28718.0238-0.3124-0.60410.60320.7356-0.44811.507-0.1135-0.59980.76050.4141-0.07450.09030.4846-0.12880.469515.6815-37.935372.6571
177.342-2.3481-2.84215.12837.831512.38960.5821-0.6067-0.0579-0.1411-0.03960.0084-0.4114-0.1776-0.54250.3774-0.02880.34320.37050.12650.874712.0113-52.726468.965
188.90510.47433.21562.6930.87721.4570.0453-0.0837-0.04880.5148-0.07160.1470.02960.14920.02640.4361-0.10690.03080.44040.01350.063526.7192-43.034379.1981
1912.4071-7.98211.20396.57981.25023.12620.063-0.1160.47390.1760.2146-0.5374-0.00780.3839-0.27760.6281-0.26970.00420.58470.05540.176735.3896-36.597477.9286
200.3683-0.70980.02276.01292.09491.0605-0.0132-0.07380.05720.2545-0.35770.8107-0.018-0.25950.37090.2731-0.1080.11390.3491-0.04250.243521.302-39.69764.9999
216.02476.302-3.105212.6233-6.35174.7571-0.08940.1527-0.02930.25290.3846-0.07130.00410.0172-0.29520.1949-0.0205-0.04130.3008-0.04720.071427.9612-44.36767.7674
223.7816-0.00740.27896.0448-0.79130.553-0.27050.2525-0.38250.41420.3624-0.82910.050.3007-0.09190.3095-0.009-0.07740.5473-0.09280.288436.6263-45.528671.1311
234.51194.2997-0.59914.5393-2.01324.8185-0.32610.1456-0.2464-0.43990.0997-0.28430.38930.09640.22630.1965-0.0161-0.01330.2713-0.04520.043530.5647-41.461758.8883
246.67525.2054-4.86257.2163-4.10188.5828-0.00780.10160.3460.120.19820.4518-0.4456-0.4445-0.19040.33650.05750.06970.2561-0.04520.379517.1257-28.009565.1602
250.6025-1.77172.847610.5792-14.924921.5079-0.04110.00410.16280.22890.02810.2469-0.3434-0.16260.0130.60530.0051-0.03820.71190.03470.723780.635-79.564556.2344
262.49740.04161.19480.01440.01370.6797-0.01860.0259-0.31470.01240.0507-0.09710.3114-0.0545-0.03211.0253-0.12310.12950.5928-0.07390.938969.367-87.226866.4098
271.18310.89371.59330.85871.60323.04480.0527-0.1686-0.84340.2031-0.05-0.12830.5746-0.1534-0.00281.25990.04410.40950.90440.08762.08268.4586-71.27851.4579
281.94351.15141.99062.19884.651910.06980.2290.11030.1353-0.20310.1085-0.1031-0.38260.3508-0.33750.61280.07910.03890.55970.04920.612378.177-70.629763.3614
290.1349-0.2114-0.48193.35181.31992.3294-0.03310.0123-0.06290.9783-0.25341.54351.0080.09740.28651.26990.12230.16581.05240.44541.678567.6951-72.690666.0399
300.1126-0.5427-0.08194.68750.87274.0381-0.15-0.1539-0.27620.35350.63210.34630.4953-0.2843-0.48210.94650.18590.17841.09280.381.297672.5779-66.887866.0916
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 23
2X-RAY DIFFRACTION2A24 - 57
3X-RAY DIFFRACTION3A58 - 81
4X-RAY DIFFRACTION4A82 - 119
5X-RAY DIFFRACTION5A120 - 139
6X-RAY DIFFRACTION6A140 - 180
7X-RAY DIFFRACTION7A181 - 219
8X-RAY DIFFRACTION8A220 - 247
9X-RAY DIFFRACTION9A248 - 266
10X-RAY DIFFRACTION10A267 - 291
11X-RAY DIFFRACTION11B3 - 57
12X-RAY DIFFRACTION12B58 - 139
13X-RAY DIFFRACTION13B140 - 195
14X-RAY DIFFRACTION14B196 - 247
15X-RAY DIFFRACTION15B248 - 288
16X-RAY DIFFRACTION16C146 - 162
17X-RAY DIFFRACTION17C163 - 170
18X-RAY DIFFRACTION18C171 - 187
19X-RAY DIFFRACTION19C188 - 197
20X-RAY DIFFRACTION20C198 - 218
21X-RAY DIFFRACTION21C219 - 237
22X-RAY DIFFRACTION22C238 - 253
23X-RAY DIFFRACTION23C254 - 277
24X-RAY DIFFRACTION24C278 - 293
25X-RAY DIFFRACTION25D147 - 154
26X-RAY DIFFRACTION26D155 - 173
27X-RAY DIFFRACTION27D174 - 197
28X-RAY DIFFRACTION28D198 - 208
29X-RAY DIFFRACTION29D209 - 237
30X-RAY DIFFRACTION30D238 - 293

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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