PDB-7vcr: Crystal Structure of PitA fragment from pilus islet-2 of Streptoc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vcr

タイトル

Crystal Structure of PitA fragment from pilus islet-2 of Streptococcus oralis

要素

(von Willebrand factor type A domain protein) x 2

キーワード

CELL ADHESION / Tip pilin / adhesin / PitA / PI-2 pilus / Streptococcus oralis / isopeptide / CnaA fold / CnaB fold / dental plaque / biofilm

機能・相同性

Domain of unknown function DUF5979 / Domain of unknown function (DUF5979) / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / membrane / von Willebrand factor type A domain protein

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus oralis ATCC 35037 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Yadav, R.K. / Krishnan, V.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: New structural insights into the PI-2 pilus from Streptococcus oralis, an early dental plaque colonizer.
著者: Yadav, R.K. / Krishnan, V.

履歴

登録	2021年9月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月26日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vcr.cif.gz	368.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vcr.ent.gz	291.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vcr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vcr_validation.pdf.gz	434.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vcr_full_validation.pdf.gz	436.6 KB	表示
XML形式データ	7vcr_validation.xml.gz	36.5 KB	表示
CIF形式データ	7vcr_validation.cif.gz	53.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/7vcr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/7vcr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7f7yC 7vcnSC 7w6bC 7w7iC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (2)

登録構造単位

C: von Willebrand factor type A domain protein

A: von Willebrand factor type A domain protein

D: von Willebrand factor type A domain protein

B: von Willebrand factor type A domain protein

110 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: von Willebrand factor type A domain protein

A: von Willebrand factor type A domain protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
55 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: von Willebrand factor type A domain protein

B: von Willebrand factor type A domain protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.480, 70.875, 82.466
Angle α, β, γ (deg.)	80.087, 87.024, 87.700
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	A	40 - 821
2	2	1	B	40 - 821

#1: タンパク質・ペプチド	von Willebrand factor type A domain protein / PitA 分子量: 3376.763 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: residues 70-357 was removed during limited proteolysis treatment. 由来: (組換発現) Streptococcus oralis ATCC 35037 (バクテリア) 遺伝子: HMPREF8579_1184 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D4FSQ3
#2: タンパク質	von Willebrand factor type A domain protein / PitA 分子量: 51645.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: residues 70-357 was removed during limited proteolysis treatment. 由来: (組換発現) Streptococcus oralis ATCC 35037 (バクテリア) 遺伝子: HMPREF8579_1184 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D4FSQ3
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.79 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 0.2 M ammonium acetate 0.1 M HEPES pH 7.2, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97951 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→81.15 Å / Num. obs: 83573 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 3.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.052 / R_pim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 2→2.04 Å / R_merge(I) obs: 0.818 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4541 / CC_1/2: 0.727 / R_pim(I) all: 0.647 / % possible all: 92.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7VCN

7vcn

解像度: 2→69.879 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 11.006 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.156 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2339	4294	5.139 %
R_work	0.2009	79271	-
all	0.203	-	-
obs	-	83565	90.314 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.196 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.402 Å²	-1.455 Å²	0.52 Å²
2-	-	-0.696 Å²	0.411 Å²
3-	-	-	-2.472 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→69.879 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7586	0	0	384	7970

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	7711
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.925	1.651	10426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.078	5	965
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.5	24.684	380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.642	15	1399
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.342	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.139	0.2	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	5734
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	2697
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	5250
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	456
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.19	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.09	3.408	3881
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.766	5.078	4839
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.847	3.902	3830
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.553	5.584	5587
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.076	64.921	31030
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.084	0.05	14655

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08395	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08395	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.334	355	0.326	5966	X-RAY DIFFRACTION	92.3313
2.052-2.108	0.318	316	0.306	5812	X-RAY DIFFRACTION	91.7228
2.108-2.169	0.304	332	0.279	5616	X-RAY DIFFRACTION	91.7901
2.169-2.236	0.321	284	0.264	5429	X-RAY DIFFRACTION	90.4242
2.236-2.309	0.294	271	0.265	5147	X-RAY DIFFRACTION	88.9655
2.309-2.39	0.324	238	0.26	4760	X-RAY DIFFRACTION	84.8125
2.39-2.48	0.271	263	0.244	4931	X-RAY DIFFRACTION	90.6457
2.48-2.581	0.271	229	0.216	4878	X-RAY DIFFRACTION	92.939
2.581-2.696	0.253	234	0.204	4594	X-RAY DIFFRACTION	92.3312
2.696-2.828	0.255	235	0.201	4354	X-RAY DIFFRACTION	91.2507
2.828-2.98	0.276	200	0.2	4036	X-RAY DIFFRACTION	89.0852
2.98-3.161	0.253	218	0.212	3587	X-RAY DIFFRACTION	83.7
3.161-3.379	0.245	217	0.212	3775	X-RAY DIFFRACTION	94.0179
3.379-3.649	0.246	190	0.217	3461	X-RAY DIFFRACTION	92.571
3.649-3.996	0.229	158	0.193	3146	X-RAY DIFFRACTION	90.2732
3.996-4.467	0.183	158	0.146	2671	X-RAY DIFFRACTION	86.145
4.467-5.155	0.16	146	0.126	2439	X-RAY DIFFRACTION	88.8927
5.155-6.307	0.197	134	0.161	2149	X-RAY DIFFRACTION	93.2979
6.307-8.893	0.173	74	0.182	1569	X-RAY DIFFRACTION	86.4282
8.893-69.879	0.198	42	0.19	951	X-RAY DIFFRACTION	95.0239

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6298	0.5924	-0.1996	1.1526	0.5972	1.0991	-0.1817	-0.2756	-0.1837	-0.2455	-0.0851	-0.0119	-0.041	0.3147	0.2668	0.2066	0.0333	0.0928	0.2265	0.06	0.2204	-18.343	-20.856	-45.354
2	0.0898	0.1322	0.1657	0.9127	1.4671	2.4119	0.039	-0.0053	-0.0806	-0.037	-0.0003	-0.0541	-0.1254	-0.0556	-0.0387	0.213	-0.0868	-0.0496	0.3913	0.0231	0.0792	-21.9596	-0.6606	-25.2497
3	0.8096	0.1621	-0.0344	1.012	0.8327	0.8103	0.1197	0.1231	-0.0073	0.0304	0.0032	-0.1413	0.0009	-0.1942	-0.123	0.193	-0.0473	-0.0079	0.3563	0.0412	0.1176	-19.4262	12.9262	9.2529
4	0.0154	-0.1314	-0.1272	1.902	0.7639	1.6999	0.0136	0.0168	0.0056	0.2097	0.06	-0.2443	-0.4229	-0.4318	-0.0736	0.3306	0.029	-0.0059	0.3819	0.01	0.078	-25.0395	31.7609	41.2808
5	0.1558	-0.155	-0.2694	0.7322	0.1955	0.4962	0.0245	0.0034	0.0084	0.0512	0.0337	-0.0157	-0.0072	0.0211	-0.0582	0.2597	-0.0338	-0.0102	0.1843	-0.0552	0.2121	1.96	12.047	-1.113
6	0.1818	0.1003	0.0374	0.9378	1.3907	2.1747	0.0196	0.0272	0.0494	0.0152	-0.0039	-0.0244	0.0893	-0.072	-0.0157	0.3128	-0.0443	0.016	0.1935	-0.0709	0.1406	9.7058	-11.6195	-19.4064
7	0.39	-0.0267	-0.4729	0.8108	0.8404	1.4291	0.0724	-0.0724	0.0075	-0.0332	-0.0495	-0.037	-0.0288	-0.035	-0.0229	0.3111	-0.0254	0.0065	0.1792	-0.0705	0.1626	9.9318	-25.3947	-53.9478
8	0.0908	0.0428	-0.2123	1.818	-0.6017	0.6873	0.0269	0.0074	0.0576	-0.2067	0.0581	-0.0923	0.0889	-0.1118	-0.085	0.3322	-0.0508	0.0014	0.1834	-0.0465	0.1399	2.6362	-45.1108	-85.6454

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	C	40 - 69
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	B	358 - 499
3	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	500 - 604
4	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	B	605 - 710
5	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	B	711 - 821
6	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	D	40 - 69
7	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	A	358 - 499
8	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	A	500 - 604
9	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	A	605 - 710
10	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	A	711 - 823

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