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Yorodumi- PDB-7vcr: Crystal Structure of PitA fragment from pilus islet-2 of Streptoc... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7vcr | ||||||
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Title | Crystal Structure of PitA fragment from pilus islet-2 of Streptococcus oralis | ||||||
Components | (von Willebrand factor type A domain protein) x 2 | ||||||
Keywords | CELL ADHESION / Tip pilin / adhesin / PitA / PI-2 pilus / Streptococcus oralis / isopeptide / CnaA fold / CnaB fold / dental plaque / biofilm | ||||||
Function / homology | Domain of unknown function DUF5979 / Domain of unknown function (DUF5979) / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / membrane / von Willebrand factor type A domain protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptococcus oralis ATCC 35037 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Yadav, R.K. / Krishnan, V. | ||||||
Funding support | India, 1items
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Citation | Journal: Febs J. / Year: 2022 Title: New structural insights into the PI-2 pilus from Streptococcus oralis, an early dental plaque colonizer. Authors: Yadav, R.K. / Krishnan, V. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7vcr.cif.gz | 368.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7vcr.ent.gz | 291.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7vcr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7vcr_validation.pdf.gz | 434.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7vcr_full_validation.pdf.gz | 436.6 KB | Display | |
Data in XML | 7vcr_validation.xml.gz | 36.5 KB | Display | |
Data in CIF | 7vcr_validation.cif.gz | 53.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/7vcr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/7vcr | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7f7yC 7vcnSC 7w6bC 7w7iC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein/peptide | Mass: 3376.763 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: residues 70-357 was removed during limited proteolysis treatment. Source: (gene. exp.) Streptococcus oralis ATCC 35037 (bacteria) Gene: HMPREF8579_1184 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: D4FSQ3 #2: Protein | Mass: 51645.129 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: residues 70-357 was removed during limited proteolysis treatment. Source: (gene. exp.) Streptococcus oralis ATCC 35037 (bacteria) Gene: HMPREF8579_1184 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: D4FSQ3 #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.22 Å3/Da / Density % sol: 61.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.2 Details: 0.2 M ammonium acetate 0.1 M HEPES pH 7.2, 20% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID30B / Wavelength: 0.97951 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 8, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97951 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→81.15 Å / Num. obs: 83573 / % possible obs: 90.3 % / Redundancy: 3.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 11.3 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.04 Å / Rmerge(I) obs: 0.818 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4541 / CC1/2: 0.727 / Rpim(I) all: 0.647 / % possible all: 92.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7VCN Resolution: 2→69.879 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 11.006 / SU ML: 0.135 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.156 / Details: Hydrogens have not been used
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 57.196 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→69.879 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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