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- PDB-7vco: Frischella perrara beta-fructofuranosidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vco
タイトルFrischella perrara beta-fructofuranosidase
要素Sucrose-6-phosphate hydrolase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / GH32 / fructooligosaccharide
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-fructofuranosidase activity / sucrose metabolic process / スクラーゼ / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Sucrose-6-phosphate hydrolase / Glycosyl hydrolase family 32, C-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 C terminal / Glycoside hydrolase, family 32 / Glycosyl hydrolase family 32, N-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 32 / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Sucrose-6-phosphate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Frischella perrara (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Tonozuka, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20K05956 日本
引用ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2022
タイトル: Enzymatic and structural characterization of beta-fructofuranosidase from the honeybee gut bacterium Frischella perrara.
著者: Kubota, A. / Kawai, R. / Li, D. / Kozono, T. / Sasaki, N. / Nishikawa, A. / Fujii, T. / Tochio, T. / Tonozuka, T.
履歴
登録2021年9月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22022年3月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sucrose-6-phosphate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1493
ポリマ－55,8931
非ポリマー2562
水4,702261
1
A: Sucrose-6-phosphate hydrolase
ヘテロ分子

A: Sucrose-6-phosphate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,2996
ポリマ－111,7862
非ポリマー5134
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/61
単位格子
Length a, b, c (Å)66.402, 66.402, 465.263
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-644-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Sucrose-6-phosphate hydrolase / beta-fructofuranosidase / Invertase


分子量: 55892.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Frischella perrara (バクテリア) / 遺伝子: FPB0191_01269 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A7S0J1, スクラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
配列の詳細The sequence data was deposited in the DDBJ under accession number LC639952. The gene was directly ...The sequence data was deposited in the DDBJ under accession number LC639952. The gene was directly obtained from the gut of honeybees, and residues I107V, P259A, V352A were considered to be naturally occurred.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2-propanol, PEG 600, PEG 3350, ammonium acetate, HEPES-NaOH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→48.9 Å / Num. obs: 82441 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.587 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique obs: 11732 / Rpim(I) all: 0.143 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PIG

3pig


解像度: 1.6→48.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 1.884 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22559 3951 4.8 %RANDOM
Rwork0.20002 ---
obs0.20123 78311 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.224 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.6→48.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3941 0 17 261 4219
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0134081
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173752
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5591.6325545
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.361.588627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2335495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.65623.304224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.0315668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9051519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2512
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02988
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8782.6121965
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8752.6111963
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6323.9162456
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6293.9162456
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6362.8642116
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6362.8642117
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9114.1833087
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.86329.9714453
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.85829.8164412
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 267 -
Rwork0.26 5667 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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