PDB-7vbt: Crystal structure of RIOK2 in complex with CQ211

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vbt

タイトル

Crystal structure of RIOK2 in complex with CQ211

要素

Serine/threonine-protein kinase RIO2

キーワード

TRANSFERASE / RIOK2

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of ribosomal small subunit export from nucleus / positive regulation of rRNA processing / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / preribosome, small subunit precursor / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / maturation of SSU-rRNA / ribosomal small subunit biogenesis / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.54001480108 Å

データ登録者

Zhu, C. / Zhang, Z.M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of 8-(6-Methoxypyridin-3-yl)-1-(4-(piperazin-1-yl)-3-(trifluoromethyl)phenyl)-1,5-dihydro- 4H -[1,2,3]triazolo[4,5- c ]quinolin-4-one (CQ211) as a Highly Potent and Selective RIOK2 Inhibitor.
著者: Ouyang, Y. / Si, H. / Zhu, C. / Zhong, L. / Ma, H. / Li, Z. / Xiong, H. / Liu, T. / Liu, Z. / Zhang, Z. / Zhang, Z.M. / Cai, Q.

履歴

登録	2021年9月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vbt.cif.gz	292.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vbt.ent.gz	197.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vbt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7vbt_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vbt_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7vbt_validation.xml.gz	23.2 KB	表示
CIF形式データ	7vbt_validation.cif.gz	30.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/7vbt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/7vbt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6hk6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase RIO2

B: Serine/threonine-protein kinase RIO2

ヘテロ分子

75.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.517, 93.605, 110.965
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	SER	SER	chain 'A'	A	A	6 - 43	6 - 43
1	2	HIS	HIS	LEU	LEU	chain 'A'	A	A	46 - 127	46 - 127
1	3	HIS	HIS	ARG	ARG	chain 'A'	A	A	146 - 292	146 - 292
1	4	ASP	ASP	ASP	ASP	chain 'A'	A	A	297 - 312	297 - 312
2	5	VAL	VAL	SER	SER	chain 'B'	B	B	6 - 43	6 - 43
2	6	HIS	HIS	LEU	LEU	chain 'B'	B	B	46 - 127	46 - 127
2	7	HIS	HIS	ARG	ARG	chain 'B'	B	B	146 - 292	146 - 292
2	8	ASP	ASP	ASP	ASP	chain 'B'	B	B	297 - 312	297 - 312

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase RIO2 / RIO kinase 2 分子量: 37052.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RIOK2, RIO2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9BVS4, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-5ZH / 8-(6-methoxypyridin-3-yl)-1-[4-piperazin-1-yl-3-(trifluoromethyl)phenyl]-5H-[1,2,3]triazolo[4,5-c]quinolin-4-one 分子量: 521.494 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₂₂F₃N₇O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法, recrystallization / 詳細: 50 mM MES (pH 5.5), 3% isopropanol, 10 mM MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9897 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9897 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.54→50 Å / Num. obs: 26038 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.3 % / CC_1/2: 0.953 / Net I/σ(I): 19.8
反射シェル	解像度: 2.54→2.59 Å / Num. unique obs: 2539 / CC_1/2: 0.92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692+SVN	精密化
Coot		モデル構築
HKL-2000		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6HK6

6hk6

解像度: 2.54001480108→46.8025 Å / SU ML: 0.367422054854 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37325144812 / 位相誤差: 29.0636468347

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.259163702742	1906	7.68393469059 %
R_work	0.221363193536	22899	-
obs	0.224129822459	24805	99.7105760341 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.9266065378 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.54001480108→46.8025 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4570	0	76	23	4669

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0038573906731	4755
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.849569926783	6452
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0357514593963	705
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00495789248769	817
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.0161347261	1727

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.54002-2.6035	0.360901065349	135	0.330767756147	1622	X-RAY DIFFRACTION	99.7728563316
2.6035-2.6739	0.349715381377	132	0.328687762567	1587	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6739-2.7526	0.338535250367	135	0.30312897558	1603	X-RAY DIFFRACTION	99.8276852384
2.7526-2.8414	0.297141755192	134	0.284451295983	1621	X-RAY DIFFRACTION	99.8293515358
2.8414-2.943	0.369737780251	135	0.268019421773	1634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.943-3.0608	0.301759253827	134	0.26778780705	1612	X-RAY DIFFRACTION	99.885583524
3.0608-3.2	0.283963371306	135	0.266122271241	1619	X-RAY DIFFRACTION	99.943019943
3.2-3.3687	0.316211016347	136	0.256601932556	1641	X-RAY DIFFRACTION	99.9437570304
3.3687-3.5797	0.244684690388	136	0.229366671967	1620	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5797-3.856	0.223336354836	135	0.207847298784	1626	X-RAY DIFFRACTION	99.8865570051
3.856-4.2438	0.262074878426	138	0.199442953808	1656	X-RAY DIFFRACTION	99.8330550918
4.2438-4.8573	0.225795782584	138	0.189730998416	1655	X-RAY DIFFRACTION	99.9442586399
4.8573-6.1176	0.213704802637	139	0.208162863479	1665	X-RAY DIFFRACTION	99.6134732192
6.1176-46.8	0.234275757393	144	0.181232338264	1738	X-RAY DIFFRACTION	97.7662337662

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.61002489454	0.99103271398	-1.18812695303	5.7704512045	-1.39614899152	5.38998860235	0.263709849011	-1.20568425307	0.143439244449	0.909535810156	-0.236816210093	-0.807331538814	-0.606574754215	0.754822242882	-0.00429218418434	0.635826417009	-0.0665399972514	-0.0547766979671	0.964693541293	-0.0916805241282	0.528005829246	43.8301488992	-4.72720376174	22.284962101
2	3.52934852892	0.292667147426	-0.356082966195	6.85647945031	-1.35823094079	6.01546979446	0.389965181432	-0.978873468094	-0.333778447387	1.01172203278	0.0341777757687	-0.39109516267	0.269941206798	-0.214427768181	-0.436346094964	0.651233111063	-0.0657891245255	0.0199366965338	0.884883010039	0.0152671901286	0.458474155748	33.9525808969	-10.9082421745	26.7868759238
3	4.2541105041	0.973761382278	-1.16264773438	2.63050359186	-0.475091394643	1.61149596462	0.230872438473	-0.632943674536	0.0207956911415	0.384053448977	-0.0759932025072	-0.134948928236	0.0356019446694	-0.246742731723	-0.130257238755	0.625531163629	-0.087686973474	-0.0612560970885	0.742027885054	-0.0760811014296	0.420880398119	36.3376515819	-3.18638713137	19.6989213192
4	6.22217607097	-2.84087945805	1.3967094412	2.97815569829	-2.5369504855	3.55829575099	-0.118337655799	-0.65669469628	-0.150700912798	0.429201631681	0.0612745322026	0.119978845799	-0.336963321592	-0.31733606829	0.316238750397	0.62531282223	-0.106149949434	0.0557120669252	0.704510203487	-0.115885279872	0.517044246028	48.7560000061	7.3607114147	10.0352680713
5	1.97484913299	-0.262961252438	-0.56990833163	2.36500022161	-0.052205213805	4.44076587483	0.131572422428	-0.0937363059084	0.0265336131438	0.249342831434	-0.139305516329	-0.353729644938	-0.225238600145	0.25736999096	0.0134008802347	0.459589879689	-0.0506357131665	-0.0387521821785	0.455588988561	-0.0247474388556	0.448807421508	46.9181348805	-1.36045142052	4.10365138846
6	0.984396937257	1.23047599329	-1.35201848037	2.48514346416	-0.394317361861	2.70192533463	0.0939250053582	-0.119779405212	0.306344456334	0.167970566663	-0.0664437881823	-0.0605697331918	-0.519392188618	0.493332923293	-0.0440403881368	0.542245998589	-0.11298366888	-0.0388964667671	0.639013953677	-0.0291414126131	0.610168677084	53.2140281924	8.64732680863	0.124429086581
7	1.11713584157	-1.38628727581	-1.48507268746	3.40129723135	2.77412053814	3.93651598886	-0.232275636443	-0.0816635211738	0.465235495505	0.244701464015	0.214915256677	-0.140734815931	0.0962955337243	0.329920475296	0.0801157218278	0.500173292996	-0.0932678438779	0.00231063342536	0.719004124232	0.0127919490391	0.599869108672	49.3692188113	9.35088589359	-13.8208197895
8	2.41396849907	-0.110321101831	-0.680103728006	4.140311645	1.54618740726	3.56576735745	-0.0563503090109	0.0357749825809	0.295438651277	-0.240313898584	-0.0109583053352	-0.272872560986	-0.214831024506	0.369156646368	0.0783041359895	0.520929517091	-0.0438913088487	0.00787740044155	0.598096292802	0.0123184137579	0.595343588801	45.3958561797	10.5152955738	-12.6699870179
9	0.886164388426	-0.311267298717	-0.794080469184	8.24525429911	-0.140869779525	0.765564721705	0.126875843841	0.820410191067	0.0800639508436	1.0352725283	-0.743496657267	-1.7226696313	0.26864450298	0.252655666494	0.445823888845	1.08786877582	-0.191007679141	0.00109133462725	1.2333654984	-0.0907529952907	0.887964318602	49.3944933849	6.11431017395	-22.5832213692
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16	6.88847464763	-2.75116052288	3.14952390219	9.07448823081	-4.33661338728	6.64866084199	0.140331886876	-0.703582733406	-0.367405320654	0.290434291002	0.0298655042244	0.116198359623	0.000103655001793	-0.0818345107766	-0.184064151934	0.60714686908	-0.0190476749415	0.00401368755457	1.07113083413	-0.0734588213863	0.485736819775	21.1415986624	-4.79130502903	5.19712978853

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 28 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 29 through 58 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 59 through 91 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 92 through 113 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 114 through 171 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 172 through 204 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 205 through 233 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 234 through 277 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 278 through 297 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 298 through 319 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 6 through 58 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 59 through 106 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 107 through 188 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 189 through 276 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 277 through 297 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 298 through 313 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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