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- PDB-7vbs: Structure of the AAA+ ATPase domain of the transcriptional regula... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vbs
タイトルStructure of the AAA+ ATPase domain of the transcriptional regulator GtrR in Burkholderia cenocepacia
要素Sigma-54 dependent trancsriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / Bacterial enhancer-binding protein / AAA+ ATPase / Quorum sensing / Transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type ...Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Homeobox-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.998 Å
データ登録者Yan, X.F. / Yong, Y. / Gao, Y.G.
資金援助 シンガポール, 2件
組織認可番号国
Ministry of Education (MoE, Singapore)MOE2019-T2-2-099 シンガポール
Ministry of Education (MoE, Singapore)RG108/20 シンガポール
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2022
タイトル: Structural analyses of the AAA+ ATPase domain of the transcriptional regulator GtrR in the BDSF quorum-sensing system in Burkholderia cenocepacia.
著者: Yan, X.F. / Yang, C. / Wang, M. / Yong, Y. / Deng, Y. / Gao, Y.G.
履歴
登録2021年9月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sigma-54 dependent trancsriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8432
ポリマ－51,7481
非ポリマー951
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area12150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.678, 108.678, 40.375
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Sigma-54 dependent trancsriptional regulator / Sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator


分子量: 51747.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
遺伝子: ntrC_2, A3203_18285, A8E72_13470, NCTC13227_05325
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1V2W4X9
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 7.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 11% (w/v) Polyethylene glycol 6000, 100 mM Tris-HCl pH 8.1, 100 mM Ammonium phosphate dibasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.998→37.105 Å / Num. obs: 18704 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 41.27 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 18.33
反射 シェル解像度: 1.998→2.07 Å / Num. unique obs: 1818 / CC1/2: 0.791

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5exs

5exs


解像度: 1.998→37.105 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2175 2037 10.9 %
Rwork0.1982 16650 -
obs0.2004 18687 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 132.7 Å2 / Biso mean: 55.6864 Å2 / Biso min: 28.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.998→37.105 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1857 0 5 149 2011
Biso mean--46.41 60.82 -
残基数----238
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031919
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6752599
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.023291
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005337
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.214695
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9981-2.04460.37021380.3665105497
2.0446-2.09570.39251260.33151103100
2.0957-2.15240.32361080.3041137100
2.1524-2.21570.3091070.3061146100
2.2157-2.28720.39841440.33631071100
2.2872-2.36890.31081390.25161122100
2.3689-2.46380.29181340.23681099100
2.4638-2.57590.28111490.2321093100
2.5759-2.71160.21351380.22251101100
2.7116-2.88150.2571320.2281111100
2.8815-3.10390.26731360.22181113100
3.1039-3.4160.22651380.20881119100
3.416-3.90980.16921540.1721087100
3.9098-4.92420.1621390.13491132100
4.9242-37.1050.17381550.16451162100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.9191-0.06512.11434.419-0.06825.37610.12770.0702-1.226-0.088-0.01320.1930.8622-0.0332-0.11140.3721-0.01020.0170.2645-0.02490.4558-8.0075-40.36932.6682
26.04151.26820.85377.3814-0.44493.077-0.01620.39790.4304-0.80930.1388-0.0913-0.2177-0.2408-0.02510.38890.03040.06220.37490.01720.3119-8.2795-22.4837-7.684
34.8975-0.71291.49985.63880.11344.760.06890.3250.0818-0.48810.00930.0914-0.3633-0.1056-0.07790.2597-0.018-0.01730.2856-0.00730.2402-13.9735-20.5362-2.1355
46.4756-4.3368-0.68835.59160.25821.0493-0.5115-0.7773-0.35970.76970.45130.06140.00590.06490.04690.37160.00870.02140.36260.02810.2524-10.6259-29.55912.2739
56.66510.0176-3.45587.3521.80066.6729-0.17291.0666-0.94920.2252-0.2670.9370.4564-1.23040.22750.46410.0533-0.10460.3993-0.05950.640811.4157-46.9173.165
65.44190.0713.74358.9155-1.15927.83160.22720.1942-1.0445-1.15990.30850.33460.4009-0.9827-0.21250.82980.12210.12530.43350.12920.536221.0868-52.7802-3.2941
74.5996-2.014-1.07323.93941.31162.1451-0.74-1.8112-1.09040.74670.78480.1540.32070.4727-0.0730.49460.14030.06090.48130.15810.453615.5311-44.675213.2041
85.8728-6.0749-6.59368.23576.2828.04270.3501-0.610.4592-0.49440.2463-0.4327-0.10760.318-0.27690.40650.034-0.06240.25560.06110.421717.0838-39.20721.5927
93.8789-1.07790.52866.88995.61936.870.07360.14960.3436-0.7026-0.205-0.4022-0.63150.8390.28870.47490.0321-0.07390.43180.08210.585226.6813-42.72615.9872
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 139 through 180 )A139 - 180
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 181 through 231 )A181 - 231
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 232 through 277 )A232 - 277
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 278 through 312 )A278 - 312
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 313 through 328 )A313 - 328
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 329 through 340 )A329 - 340
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 341 through 354 )A341 - 354
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 355 through 373 )A355 - 373
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 374 through 385 )A374 - 385

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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