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万見
- PDB-5exp: AAA+ domain of FleQ from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5exp
タイトルAAA+ domain of FleQ from Pseudomonas aeruginosa
要素Transcriptional regulator FleQ
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor / AAA+ / ATPase / c-di-GMP
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cilium-dependent cell motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / cyclic-di-GMP binding / positive regulation of cell-substrate adhesion / negative regulation of extracellular matrix assembly / DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding ...positive regulation of cilium-dependent cell motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / cyclic-di-GMP binding / positive regulation of cell-substrate adhesion / negative regulation of extracellular matrix assembly / DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Flagellar regulatory FleQ / Flagellar regulatory protein FleQ / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain ...Flagellar regulatory FleQ / Flagellar regulatory protein FleQ / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / CheY-like superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Homeobox-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator FleQ
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Navarro, M.V.A.S. / Sondermann, H. / Matsuyama, B.Y.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2009/13238-0 ブラジル
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Mechanistic insights into c-di-GMP-dependent control of the biofilm regulator FleQ from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Matsuyama, B.Y. / Krasteva, P.V. / Baraquet, C. / Harwood, C.S. / Sondermann, H. / Navarro, M.V.
履歴
登録2015年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references
改定 1.22019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator FleQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7417
ポリマ－29,3011
非ポリマー4406
水4,828268
1
A: Transcriptional regulator FleQ
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator FleQ
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator FleQ
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator FleQ
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator FleQ
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator FleQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,44642
ポリマ－175,8046
非ポリマー2,64236
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z+2/31
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z+1/31
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z+1/21
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z+1/61
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z+5/61
単位格子
Length a, b, c (Å)104.907, 104.907, 42.752
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
対称性らせん対称: (Num. of operations: 6 / Rise per n subunits: 0.2 Å / Rotation per n subunits: 60 °)

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator FleQ


分子量: 29300.684 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 137-394 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: fleQ, PA1097 / プラスミド: pET28-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G3XCV0
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 0.2 M ammonium sulfate and 25% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.4592 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4592 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→45.4 Å / Num. obs: 25124 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.97 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 4007 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→45.4 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 21.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 1281 5.1 %
Rwork0.168 --
obs0.1702 25118 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1973 0 26 268 2267
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072061
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0042778
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.934794
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041307
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005366
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.87020.27851500.2252575X-RAY DIFFRACTION98
1.8702-1.95530.24341380.1952631X-RAY DIFFRACTION99
1.9553-2.05840.23071350.18122635X-RAY DIFFRACTION99
2.0584-2.18740.21461290.17072640X-RAY DIFFRACTION100
2.1874-2.35630.22091410.16942639X-RAY DIFFRACTION100
2.3563-2.59340.22151640.16772623X-RAY DIFFRACTION100
2.5934-2.96860.22651360.16972667X-RAY DIFFRACTION100
2.9686-3.73980.20171550.15992664X-RAY DIFFRACTION100
3.7398-45.44050.17251330.15242763X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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