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- PDB-7vb6: Crystal structure of hydroxynitrile lyase from Linum usitatissium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vb6
タイトルCrystal structure of hydroxynitrile lyase from Linum usitatissium complexed with (R)-2-hydroxy-2-methylbutanenitrile
要素Aliphatic (R)-hydroxynitrile lyase
キーワードLYASE / Hydroxynitrile lyase / ZN / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


aliphatic (R)-hydroxynitrile lyase / aliphatic (R)-hydroxynitrile lyase activity / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase [NAD(P)+] activity / formaldehyde catabolic process / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity, zinc-dependent / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2-methyl-2-oxidanyl-butanenitrile / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Aliphatic (R)-hydroxynitrile lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Linum usitatissimum (アマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Zheng, D. / Nakabayashi, M. / Asano, Y.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structural characterization of Linum usitatissimum hydroxynitrile lyase: A new cyanohydrin decomposition mechanism involving a cyano-zinc complex.
著者: Zheng, D. / Nakabayashi, M. / Asano, Y.
履歴
登録2021年8月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aliphatic (R)-hydroxynitrile lyase
B: Aliphatic (R)-hydroxynitrile lyase
C: Aliphatic (R)-hydroxynitrile lyase
D: Aliphatic (R)-hydroxynitrile lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,04140
ポリマ－192,6694
非ポリマー5,37336
水25,6171422
1
A: Aliphatic (R)-hydroxynitrile lyase
B: Aliphatic (R)-hydroxynitrile lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,60026
ポリマ－96,3342
非ポリマー3,26624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9400 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area30390 Å2
手法PISA
2
C: Aliphatic (R)-hydroxynitrile lyase
D: Aliphatic (R)-hydroxynitrile lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,44114
ポリマ－96,3342
非ポリマー2,10712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7030 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area29550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.178, 52.103, 169.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.800, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Aliphatic (R)-hydroxynitrile lyase / LuHNL


分子量: 48167.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Linum usitatissimum (アマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P93243, aliphatic (R)-hydroxynitrile lyase

-
非ポリマー , 8種, 1458分子

#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-5Z9 / (2R)-2-methyl-2-oxidanyl-butanenitrile / (R)-2-ヒドロキシ-2-メチルブタンニトリル


分子量: 99.131 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物
ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.93 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M BIS-TRIS, pH 6.5, 20% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 5000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.723→169.255 Å / Num. all: 168508 / Num. obs: 168508 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 6.2 % / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.123 / Rsym value: 0.113 / Net I/av σ(I): 5.2 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 1048056
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.723-1.826.20.6631.1206760.2840.7230.66384.7
1.82-1.936.50.4381.7235900.1840.4760.43898.3
1.93-2.066.50.2912.5221820.1220.3160.29198.9
2.06-2.226.50.2083.5208330.0870.2260.20899.3
2.22-2.446.30.1534.7193060.0650.1670.15399.7
2.44-2.7360.1195.9173660.0520.1310.11998.9
2.73-3.155.70.0877.8153220.0390.0960.08798.5
3.15-3.855.40.0817.9131300.0370.0890.08199.6
3.85-5.456.10.05411.6102900.0230.0590.054100
5.45-52.1036.50.0499.658130.020.0530.04999.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
Cootモデル構築
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7VB3

7vb3


解像度: 1.74→49.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 2.5 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2056 8653 5.1 %RANDOM
Rwork0.1633 ---
obs0.1654 159549 98.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 87.92 Å2 / Biso mean: 22.148 Å2 / Biso min: 8.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.76 Å2-0 Å20.15 Å2
2--0.38 Å20 Å2
3---1.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.74→49.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12454 0 328 1422 14204
Biso mean--27.07 29.12 -
残基数----1638
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01313028
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01712521
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6351.64817623
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.371.58128980
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.22951644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.38723.723564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.169152250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.1611553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21751
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214526
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022684
LS精密化 シェル解像度: 1.74→1.78 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 621 -
Rwork0.272 11322 -
obs--95.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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