PDB-7vb4: A crystal structure of alphavirus nonstructural protein 4 (nsP4) ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vb4

タイトル

A crystal structure of alphavirus nonstructural protein 4 (nsP4) reveals an intrinsically dynamic RNA-dependent RNA polymerase

要素

RNA-directed RNA polymerase nsP4

キーワード

TRANSFERASE / RNA dependent RNA polymerase / RNA directed RNA polymerase / RdRp / Alphavirus / NSP4 / nonstructural protein 4

機能・相同性

機能・相同性情報

positive stranded viral RNA replication / host cell filopodium / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / mRNA modification ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Sindbis virus (シンドビスウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Tan, Y.B. / Luo, D.

資金援助

シンガポール, 2件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Crystal structures of alphavirus nonstructural protein 4 (nsP4) reveal an intrinsically dynamic RNA-dependent RNA polymerase fold.
著者: Tan, Y.B. / Lello, L.S. / Liu, X. / Law, Y.S. / Kang, C. / Lescar, J. / Zheng, J. / Merits, A. / Luo, D.

履歴

登録	2021年8月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年2月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vb4.cif.gz	461.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vb4.ent.gz	309.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vb4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vb4_validation.pdf.gz	3.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vb4_full_validation.pdf.gz	3.7 MB	表示
XML形式データ	7vb4_validation.xml.gz	43 KB	表示
CIF形式データ	7vb4_validation.cif.gz	64 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/7vb4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/7vb4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7f0sSC 7vw5C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7vw5-d 5kn0-1 4rnp-3 1sji-d 6znq-1 5kn3-1 6znq-2 3trq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA-directed RNA polymerase nsP4

B: RNA-directed RNA polymerase nsP4

ヘテロ分子

117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.000, 68.290, 71.070
Angle α, β, γ (deg.)	115.969, 106.713, 95.900
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	RNA-directed RNA polymerase nsP4 / Non-structural protein 4 / nsP4 分子量: 58392.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sindbis virus (シンドビスウイルス) プラスミド: pSUMO-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta T1R / 参照: UniProt: P03317, RNA-directed RNA polymerase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 876 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Magnesium Acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月14日

放射

モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.86→45.001 Å / Num. obs: 156684 / % possible obs: 88.4 % / 冗長度: 3.455 % / B_iso Wilson estimate: 38.036 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.062 / R_rim(I) all: 0.074 / Χ²: 0.95 / Net I/σ(I): 13.2 / Num. measured all: 541271

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.86-1.97	2.944	0.912	1.27	54073	28744	18366	0.542	1.128	63.9
1.97-2.11	3.357	0.471	2.72	76655	26762	22836	0.853	0.563	85.3
2.11-2.27	3.678	0.279	5.15	84150	25000	22879	0.954	0.327	91.5
2.27-2.49	3.521	0.174	7.87	77143	23020	21908	0.977	0.205	95.2
2.49-2.78	3.574	0.11	11.87	71515	20838	20008	0.99	0.13	96
2.78-3.21	3.643	0.064	18.57	64425	18444	17683	0.996	0.075	95.9
3.21-3.93	3.394	0.035	28.54	50679	15558	14933	0.998	0.042	96
3.93-5.53	3.513	0.029	38.03	40692	12064	11583	0.998	0.034	96
5.53-45.001	3.381	0.029	40.16	21939	6728	6488	0.998	0.034	96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7F0S

7f0s

解像度: 1.86→45 Å / SU ML: 0.2159 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.07 / 位相誤差: 24.0026
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2253	1927	2.44 %
R_work	0.1872	76935	-
obs	0.1881	78862	89.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7160	0	28	876	8064

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0033	7318
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6239	9933
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0425	1156
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0049	1281
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.7585	999

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.86-1.9	0.3701	76	0.3331	2999	X-RAY DIFFRACTION	48.9
1.9-1.96	0.3537	111	0.3072	4353	X-RAY DIFFRACTION	70.62
1.96-2.01	0.3092	126	0.2769	5121	X-RAY DIFFRACTION	82.97
2.01-2.08	0.275	137	0.2333	5373	X-RAY DIFFRACTION	88.01
2.08-2.15	0.2441	144	0.2031	5733	X-RAY DIFFRACTION	92.86
2.15-2.24	0.231	143	0.1841	5744	X-RAY DIFFRACTION	93.56
2.24-2.34	0.2288	145	0.1851	5794	X-RAY DIFFRACTION	94.42
2.34-2.46	0.2371	143	0.1847	5852	X-RAY DIFFRACTION	94.86
2.46-2.62	0.2487	149	0.1865	5910	X-RAY DIFFRACTION	95.95
2.62-2.82	0.2249	147	0.18	5901	X-RAY DIFFRACTION	96.21
2.82-3.1	0.207	149	0.1789	5965	X-RAY DIFFRACTION	97.23
3.1-3.55	0.2093	152	0.1644	6042	X-RAY DIFFRACTION	98.07
3.55-4.47	0.1836	152	0.1526	6054	X-RAY DIFFRACTION	98.65
4.48-45	0.2072	153	0.1791	6094	X-RAY DIFFRACTION	99.1

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.267764077557	-0.0206162494083	-0.0501623207082	0.0710005918361	-0.0208211112111	0.0625735535466	-0.0261555960197	-0.19085518822	-0.0612393795752	-0.0440539591193	0.0314607179456	0.107433924598	0.130945078382	0.103934276693	0.00588064905389	0.111728270558	0.0261074008669	-0.00792398778483	0.104447550334	-0.0154096827337	0.0998294401393	-0.199619900637	29.3951971538	-6.64084172905
2	0.117694997643	-0.0361116007226	-0.017979085556	0.0452763213825	0.0407937935624	0.240947202971	-0.16646068191	-0.10426340756	-0.050076485671	0.117158766474	0.0603092185597	-0.0684810595173	0.261906475184	0.13833963827	-0.141734850491	-0.0261180030868	0.0717373194126	-0.110988959842	0.233626821178	0.0988522659255	-0.00338032700263	12.5614513903	26.624516584	11.6691708027
3	0.331612063653	-0.302098953986	-0.099723403052	0.112621348143	-0.122670097222	0.236391082226	-0.186444855877	-0.121183498289	0.0520886993804	0.16526875807	0.132710285908	0.0434946817776	0.129350535391	0.113707743346	-0.0347848133007	0.0149109539542	-0.0154233231565	-0.0439010220612	0.0717213563853	-0.0601580465314	0.0525117345168	-1.76217572514	45.8071325059	8.1532091669
4	0.044343875361	0.0246865300216	0.026505043107	0.0398812583219	0.00836308220071	0.0159579855211	-0.0706323648831	-0.0891297773894	-0.127112574213	0.0514353279743	0.0356559891563	0.0753862320971	0.0796908906534	-0.101714075504	-0.00716506224151	-0.0599950188824	-0.108018180701	0.218063707926	0.0412839751941	0.0949196029342	-0.0698307495464	-28.9288777067	42.2494011888	10.3288875136
5	0.121128368936	-0.00761595311184	0.00180902270787	0.120710617014	0.0323892540983	0.0597093857401	0.0242622935235	-0.00689859720912	-0.0470449863816	-0.114846678078	-0.0276181744575	0.0595959331777	-0.0416724954402	-0.129424616351	0.0125063659798	0.119783015473	-0.00260818601923	0.0106821807319	0.0966201071834	0.00257815081156	0.0861737184724	-20.0077922824	48.5984034075	-7.31232166197
6	0.15190047526	-0.0584494282804	0.108902624526	0.21318769262	-0.0803561964289	0.246797660215	0.00277636115041	0.0587433679593	0.057802154803	0.0269436601353	0.0284020231675	0.0233182124384	-0.0229546562134	-0.0684940416122	-0.0041403632964	0.0878199675326	-0.00316278494565	0.00542666633689	0.0811059143415	0.0220825917684	0.0710743769787	-20.4078418522	54.8165665674	-26.9151108649
7	0.178684696634	-0.238789690827	0.0817217410997	0.210505005941	-0.0267147865444	0.2318942461	0.0678598053616	0.062712176126	-0.0324593712904	-0.068861611401	-0.0504216322615	0.00868637705806	-0.00198337543577	-0.0155168885043	0.000776411938337	0.0723977617393	-0.0082120989211	0.0240365339782	0.0286010406995	-0.0163371745379	0.0692282205492	-6.88083103596	39.0266137272	-22.8012944454

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 104 through 213 )	A	A	104 - 213	1 - 91
2	2	chain 'A' and (resid 214 through 336 )	A	A	214 - 336	92 - 190
3	3	chain 'A' and (resid 337 through 577 )	A	A	337 - 577	191 - 431
4	4	chain 'A' and (resid 578 through 602 )	A	A	578 - 602	432 - 456
5	5	chain 'B' and (resid 104 through 213 )	B	B	104 - 213	1 - 93
6	6	chain 'B' and (resid 214 through 396 )	B	B	214 - 396	94 - 256
7	7	chain 'B' and (resid 397 through 601 )	B	B	397 - 601	257 - 461

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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