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- PDB-7v8q: Crystal structure of antibody 14A in complex with MUC1 Glycopepti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v8q
タイトルCrystal structure of antibody 14A in complex with MUC1 Glycopeptide(GlycoT)
要素
  • 14A fab heavy chain
  • 14A fab light chain
  • Mucin-1 subunit alpha
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / anti-MUC1 / Cancer / Glycopeptide / PEPTIDE BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / Dectin-2 family / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator ...Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / Dectin-2 family / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / transcription coregulator activity / Golgi lumen / p53 binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / vesicle / apical plasma membrane / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Domain found in sea urchin sperm protein, enterokinase, agrin / SEA domain superfamily / SEA domain profile. / SEA domain / SEA domain
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / Mucin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Niu, J. / Xu, L. / Meng, B. / Han, Y.B. / Yang, B.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Site-specific GalNAc modification on a MUC1 neoantigen epitope forms a basis for high-affinity antibody binding
著者: Han, Y.B. / Xu, L.
履歴
登録2021年8月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14A fab light chain
B: 14A fab heavy chain
C: 14A fab light chain
D: 14A fab heavy chain
E: 14A fab light chain
F: 14A fab heavy chain
G: Mucin-1 subunit alpha
H: Mucin-1 subunit alpha
I: Mucin-1 subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,55812
ポリマ－147,8949
非ポリマー6643
水00
1
A: 14A fab light chain
B: 14A fab heavy chain
G: Mucin-1 subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5194
ポリマ－49,2983
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5020 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area19390 Å2
手法PISA
2
C: 14A fab light chain
D: 14A fab heavy chain
H: Mucin-1 subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5194
ポリマ－49,2983
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5300 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area19250 Å2
手法PISA
3
E: 14A fab light chain
F: 14A fab heavy chain
I: Mucin-1 subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5194
ポリマ－49,2983
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5130 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.890, 207.373, 224.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
12
22
32
13
23
33

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLNGLNARGARG(chain 'A' and resid 1 through 215)AA1 - 2141 - 214
211GLNGLNARGARG(chain 'C' and resid 1 through 215)CC1 - 2141 - 214
311GLNGLNARGARGchain 'E'EE1 - 2141 - 214
112GLUGLUALAALA(chain 'B' and (resid 2 through 132 or resid 135 through 218))BB2 - 1292 - 129
122THRTHRPROPRO(chain 'B' and (resid 2 through 132 or resid 135 through 218))BB135 - 217135 - 217
212GLUGLUALAALA(chain 'D' and (resid 2 through 131 or resid 135 through 218))DD2 - 1292 - 129
222THRTHRPROPRO(chain 'D' and (resid 2 through 131 or resid 135 through 218))DD135 - 217135 - 217
312GLUGLUALAALA(chain 'F' and resid 2 through 218)FF2 - 1292 - 129
322THRTHRPROPRO(chain 'F' and resid 2 through 218)FF135 - 217135 - 217
113SERSERHISHISchain 'G'GG6 - 126 - 12
123NGANGANGANGAchain 'G'GJ101
213SERSERHISHIS(chain 'H' and resid 6 through 101)HH6 - 126 - 12
223NGANGANGANGA(chain 'H' and resid 6 through 101)HK101
313SERSERHISHISchain 'I'II6 - 126 - 12
323NGANGANGANGAchain 'I'IL101

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: 抗体 14A fab light chain


分子量: 23512.129 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Trichopalpus nigribasis (ハエ)
#2: 抗体 14A fab heavy chain


分子量: 24568.670 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Trichopalpus nigribasis (ハエ)
#3: タンパク質・ペプチド Mucin-1 subunit alpha / MUC1 peptide


分子量: 1217.334 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15941
#4: 糖 ChemComp-NGA / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / N-acetyl-beta-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE / 2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGalpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.59 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Crystal screen D4=JCSG F7, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 20% v/v 2-Propanol, 20% w/v Polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→39.63 Å / Num. obs: 33766 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 72.24 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rpim(I) all: 0.091 / Rrim(I) all: 0.315 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 3.2→3.32 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3260 / CC1/2: 0.766 / Rpim(I) all: 0.249 / Rrim(I) all: 0.754

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YHY

4yhy


解像度: 3.2→39.63 Å / SU ML: 0.4128 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.6692
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2442 1669 4.95 %
Rwork0.2004 32055 -
obs0.2026 33724 98.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 65.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→39.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10028 0 0 0 10028
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004310257
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.859613971
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05041613
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00511770
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.73281426
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.30.33631400.29142583X-RAY DIFFRACTION95.61
3.3-3.410.33531320.28532568X-RAY DIFFRACTION98.76
3.41-3.530.33951480.25822646X-RAY DIFFRACTION98.87
3.53-3.670.30171250.25092622X-RAY DIFFRACTION99.67
3.67-3.840.33681180.24762697X-RAY DIFFRACTION99.51
3.84-4.040.25331470.22652649X-RAY DIFFRACTION99.75
4.04-4.290.22181510.18352727X-RAY DIFFRACTION99.69
4.29-4.620.20091260.15982652X-RAY DIFFRACTION99.61
4.62-5.080.19061460.15112694X-RAY DIFFRACTION99.68
5.08-5.820.21021630.17772677X-RAY DIFFRACTION98.95
5.82-7.320.27421460.19382765X-RAY DIFFRACTION98.68
7.32-39.630.19081270.17592775X-RAY DIFFRACTION93.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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