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- PDB-7vaz: Crystal structure of antibody 14A in complex with MUC1 glycopepti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vaz
タイトルCrystal structure of antibody 14A in complex with MUC1 glycopeptide(GlycoS)
要素
  • 14A fab heavy chain
  • 14A fab light chain
  • Mucin-1 subunit alpha
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / anti-MUC1 / Glycopeptide / PEPTIDE BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / Dectin-2 family / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling ...Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / Dectin-2 family / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / transcription coregulator activity / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / Golgi lumen / p53 binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / vesicle / apical plasma membrane / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Domain found in sea urchin sperm protein, enterokinase, agrin / SEA domain superfamily / SEA domain profile. / SEA domain / SEA domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / Mucin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Niu, J. / Xu, L. / Meng, B. / Han, Y.B. / Yang, B.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Site-specific GalNAc modification on a MUC1 neoantigen epitope forms a basis for high-affinity antibody binding
著者: Han, Y.B. / Xu, L.
履歴
登録2021年8月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 14A fab light chain
D: 14A fab heavy chain
G: Mucin-1 subunit alpha
A: 14A fab light chain
B: 14A fab heavy chain
E: Mucin-1 subunit alpha
F: 14A fab light chain
H: 14A fab heavy chain
I: Mucin-1 subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,11610
ポリマ－147,8949
非ポリマー2211
水1086
1
C: 14A fab light chain
D: 14A fab heavy chain
G: Mucin-1 subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5194
ポリマ－49,2983
非ポリマー2211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: 14A fab light chain
B: 14A fab heavy chain
E: Mucin-1 subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2983
ポリマ－49,2983
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
F: 14A fab light chain
H: 14A fab heavy chain
I: Mucin-1 subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2983
ポリマ－49,2983
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.558, 226.620, 71.071
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.690, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 144 or resid 146 through 214))
21(chain C and (resid 2 through 144 or resid 146 through 214))
31(chain F and (resid 2 through 144 or resid 146 through 214))
12(chain B and (resid 3 through 128 or resid 135 through 214))
22(chain D and (resid 3 through 128 or resid 135 through 214))
32(chain H and (resid 3 through 128 or resid 135 through 214))
13chain E
23(chain G and resid 4 through 13)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ALAALAPROPRO(chain A and (resid 2 through 144 or resid 146 through 214))AD2 - 1442 - 144
121GLUGLUARGARG(chain A and (resid 2 through 144 or resid 146 through 214))AD146 - 214146 - 214
211ALAALAPROPRO(chain C and (resid 2 through 144 or resid 146 through 214))CA2 - 1442 - 144
221GLUGLUARGARG(chain C and (resid 2 through 144 or resid 146 through 214))CA146 - 214146 - 214
311ALAALAPROPRO(chain F and (resid 2 through 144 or resid 146 through 214))FG2 - 1442 - 144
321GLUGLUARGARG(chain F and (resid 2 through 144 or resid 146 through 214))FG146 - 214146 - 214
112VALVALLEULEU(chain B and (resid 3 through 128 or resid 135 through 214))BE3 - 1283 - 128
122THRTHRLYSLYS(chain B and (resid 3 through 128 or resid 135 through 214))BE135 - 214135 - 214
212VALVALLEULEU(chain D and (resid 3 through 128 or resid 135 through 214))DB3 - 1283 - 128
222THRTHRLYSLYS(chain D and (resid 3 through 128 or resid 135 through 214))DB135 - 214135 - 214
312VALVALLEULEU(chain H and (resid 3 through 128 or resid 135 through 214))HH3 - 1283 - 128
322THRTHRLYSLYS(chain H and (resid 3 through 128 or resid 135 through 214))HH135 - 214135 - 214
113PROPROGLYGLYchain EEF4 - 134 - 13
213PROPROGLYGLY(chain G and resid 4 through 13)GC4 - 134 - 13

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: 抗体 14A fab light chain


分子量: 23512.129 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Trichopalpus nigribasis (ハエ)
#2: 抗体 14A fab heavy chain


分子量: 24568.670 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Trichopalpus nigribasis (ハエ)
#3: タンパク質・ペプチド Mucin-1 subunit alpha / MUC1 peptide


分子量: 1217.334 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15941
#4: 糖 ChemComp-NGA / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / N-acetyl-beta-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGalpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Sodium citrate pH 5.5, Isopropanol 10%, PEG 4000 20%

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.73→44.36 Å / Num. obs: 36287 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 41.78 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.73→2.83 Å / Num. unique obs: 3078 / CC1/2: 0.846 / Rpim(I) all: 0.208 / Rrim(I) all: 0.485

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YHY

4yhy


解像度: 2.73→44.36 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 27.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2635 2005 5.53 %
Rwork0.2094 34272 -
obs0.2124 36277 98.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 97.73 Å2 / Biso mean: 42.8099 Å2 / Biso min: 13.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.73→44.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9864 0 28 6 9898
Biso mean--39.27 22.3 -
残基数----1306
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1908X-RAY DIFFRACTION7.938TORSIONAL
12C1908X-RAY DIFFRACTION7.938TORSIONAL
13F1908X-RAY DIFFRACTION7.938TORSIONAL
21B1848X-RAY DIFFRACTION7.938TORSIONAL
22D1848X-RAY DIFFRACTION7.938TORSIONAL
23H1848X-RAY DIFFRACTION7.938TORSIONAL
31E54X-RAY DIFFRACTION7.938TORSIONAL
32G54X-RAY DIFFRACTION7.938TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.73-2.80.38961160.29121911202779
2.8-2.880.32181420.26672485262799
2.88-2.960.27881510.253124852636100
2.96-3.060.31371480.252224452593100
3.06-3.170.3411400.251125102650100
3.17-3.30.30411540.236624812635100
3.3-3.450.2851440.235624692613100
3.45-3.630.29661410.220824872628100
3.63-3.850.30591460.217625052651100
3.85-4.150.26191460.197924842630100
4.15-4.570.2271380.16524912629100
4.57-5.230.20611440.162825102654100
5.23-6.580.20711500.195725042654100
6.59-44.360.22431450.194225052650100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.4401 Å / Origin y: 38.787 Å / Origin z: 10.0494 Å
111213212223313233
T0.1044 Å2-0.0038 Å20.0015 Å2-0.238 Å20.0056 Å2--0.1879 Å2
L0.2507 °2-0.0243 °20.0286 °2-0.8109 °20.1 °2--0.4659 °2
S0.0077 Å °-0.025 Å °0.0173 Å °-0.0014 Å °-0.0336 Å °-0.1017 Å °-0.0162 Å °-0.0651 Å °0.0219 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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