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- PDB-7v3q: Crystal structure of anti-MUC1 antibody 16A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v3q
タイトルCrystal structure of anti-MUC1 antibody 16A
要素
  • Fab 16A Heavy Chain
  • Fab 16A Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / anti-MUC1 / Cancer / ANTITUMOR PROTEIN
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Niu, J. / Xu, L. / Meng, B. / Han, Y.B. / Yang, B.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Site-specific GalNAc modification on a MUC1 neoantigen epitope forms a basis for high-affinity antibody binding
著者: Han, Y.B. / Xu, L.
履歴
登録2021年8月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab 16A Light Chain
B: Fab 16A Heavy Chain
C: Fab 16A Light Chain
D: Fab 16A Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,0594
ポリマ－95,0594
非ポリマー00
水00
1
A: Fab 16A Light Chain
B: Fab 16A Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5292
ポリマ－47,5292
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3740 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18900 Å2
手法PISA
2
C: Fab 16A Light Chain
D: Fab 16A Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5292
ポリマ－47,5292
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3740 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area18870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.632, 126.696, 158.201
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ALAALAARGARGchain 'A'AA2 - 2142 - 214
211ALAALAARGARG(chain 'C' and resid 2 through 215)CC2 - 2142 - 214
122GLUGLUGLUGLU(chain 'B' and resid 2 through 217)BB2 - 2162 - 216
222GLUGLUGLUGLUchain 'D'DD2 - 2162 - 216

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: 抗体 Fab 16A Light Chain


分子量: 23543.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Trichopalpus nigribasis (ハエ)
#2: 抗体 Fab 16A Heavy Chain


分子量: 23986.049 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Trichopalpus nigribasis (ハエ)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.52 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.0 M Lithium chloride 0.1 M Tris pH 8.5 20%(w/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→48.68 Å / Num. obs: 18236 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 42.91 Å2 / CC1/2: 0.97 / Rpim(I) all: 0.086 / Rrim(I) all: 0.184 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.98→3.09 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1686 / CC1/2: 0.707 / Rpim(I) all: 0.35 / Rrim(I) all: 0.728 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YHY

4yhy


解像度: 2.98→48.68 Å / SU ML: 0.2622 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.0908
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2637 888 4.87 %
Rwork0.2181 17335 -
obs0.2203 18223 97.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.98→48.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6556 0 0 0 6556
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00456710
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83759136
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05961045
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00551161
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8705917
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.98-3.170.31711430.27132732X-RAY DIFFRACTION94.67
3.17-3.420.31671530.26462845X-RAY DIFFRACTION98.65
3.42-3.760.27491360.22842878X-RAY DIFFRACTION98.66
3.76-4.30.28471520.21462926X-RAY DIFFRACTION99.13
4.3-5.420.21221520.17792907X-RAY DIFFRACTION98.36
5.42-48.680.23651520.20723047X-RAY DIFFRACTION97.23
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 56.2554536026 Å / Origin y: 36.6470574259 Å / Origin z: 195.849289822 Å
111213212223313233
T0.123442828377 Å20.0043239586765 Å2-0.0477807963506 Å2-0.229884195223 Å2-0.00373370985555 Å2--0.228444796441 Å2
L0.363819031168 °20.0203741241957 °2-0.335697949722 °2-0.378658333721 °20.22671391387 °2--0.727665772231 °2
S0.0301111232776 Å °-0.0140534276681 Å °-0.0286788206009 Å °-0.0251703125821 Å °-0.00955939969687 Å °-0.0227554021764 Å °-0.0238000232653 Å °0.0145152528115 Å °-0.0178675455739 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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