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- PDB-7v8g: Crystal structure of HOIP RING1 domain bound to IpaH1.4 LRR domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v8g
タイトルCrystal structure of HOIP RING1 domain bound to IpaH1.4 LRR domain
要素
  • E3 ubiquitin-protein ligase RNF31
  • RING-type E3 ubiquitin transferase
キーワードLIGASE / E3 ligase / ubiquitin / innate immune
機能・相同性
機能・相同性情報


modulation of process of another organism / protein linear polyubiquitination / LUBAC complex / linear polyubiquitin binding / CD40 signaling pathway / RBR-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of xenophagy / CD40 receptor complex / negative regulation of necroptotic process / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding ...modulation of process of another organism / protein linear polyubiquitination / LUBAC complex / linear polyubiquitin binding / CD40 signaling pathway / RBR-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of xenophagy / CD40 receptor complex / negative regulation of necroptotic process / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / TNFR1-induced proapoptotic signaling / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / ubiquitin binding / Regulation of TNFR1 signaling / RING-type E3 ubiquitin transferase / cytoplasmic side of plasma membrane / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / T cell receptor signaling pathway / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / host cell cytoplasm / protein ubiquitination / defense response to bacterium / ubiquitin protein ligase binding / zinc ion binding / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Novel E3 ligase domain / C-terminal novel E3 ligase, LRR-interacting / LRR-containing bacterial E3 ligase, N-terminal / Type III secretion system leucine rich repeat protein / : / : / : / : / : / E3 ubiquitin-protein ligase RNF31-like ...Novel E3 ligase domain / C-terminal novel E3 ligase, LRR-interacting / LRR-containing bacterial E3 ligase, N-terminal / Type III secretion system leucine rich repeat protein / : / : / : / : / : / E3 ubiquitin-protein ligase RNF31-like / E3 ubiquitin-protein ligase RNF31, UBA-like domain / E3 ubiquitin-protein ligase RNF31, PUB domain / RNF31, C-terminal / HOIP UBA domain pair / E3 Ubiquitin Ligase RBR C-terminal domain / PNGase/UBA- or UBX-containing domain / PUB-like domain superfamily / PUB domain / PUB domain / IBR domain, a half RING-finger domain / IBR domain / In Between Ring fingers / TRIAD supradomain / TRIAD supradomain profile. / Zinc finger domain / Leucine-rich repeats, bacterial type / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase RNF31 / RING-type E3 ubiquitin transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri serotype 5a
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Liu, J. / Wang, Y. / Pan, L.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071297 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21822705 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91753113 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21621002 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071219 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Mechanistic insights into the subversion of the linear ubiquitin chain assembly complex by the E3 ligase IpaH1.4 of Shigella flexneri.
著者: Liu, J. / Wang, Y. / Wang, D. / Wang, Y. / Xu, X. / Zhang, Y. / Li, Y. / Zhang, M. / Gong, X. / Tang, Y. / Shen, L. / Li, M. / Pan, L.
履歴
登録2021年8月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月6日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / Item: _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RING-type E3 ubiquitin transferase
B: RING-type E3 ubiquitin transferase
D: E3 ubiquitin-protein ligase RNF31
C: E3 ubiquitin-protein ligase RNF31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,5208
ポリマ－77,2594
非ポリマー2624
水00
1
A: RING-type E3 ubiquitin transferase
C: E3 ubiquitin-protein ligase RNF31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7604
ポリマ－38,6292
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RING-type E3 ubiquitin transferase
D: E3 ubiquitin-protein ligase RNF31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7604
ポリマ－38,6292
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)136.896, 35.141, 145.871
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.687, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 38 through 41 or (resid 42...
d_2ens_1(chain "B" and ((resid 38 through 40 and (name N...
d_1ens_2(chain "C" and (resid 698 through 709 or (resid 710...
d_2ens_2(chain "D" and (resid 698 through 737 or (resid 738...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ASNMETA1 - 235
d_21ens_1ASNMETB1 - 235
d_11ens_2GLUGLUF4 - 93
d_12ens_2ZNZNG
d_21ens_2GLUGLUC1 - 90
d_22ens_2ZNZND

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.884705442802, -0.466139519923, 0.00319803728883), (-0.466149455628, -0.884668205264, 0.00817628358751), (-0.000982086997558, -0.00872436593302, -0.999961459729)23.1123205341, -18.14406048, 72.9340927344
2given(0.884243430136, -0.466702981804, -0.0173747816474), (-0.466759938387, -0.884383631536, 0.000867287269621), (-0.0157707380453, 0.00734295894102, -0.999848670938)23.0581201569, -17.6876849939, 73.3559168907

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要素

#1: タンパク質 RING-type E3 ubiquitin transferase


分子量: 26991.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri serotype 5a (strain M90T) (フレクスナー赤痢菌)
株: M90T / 遺伝子: ipaH1.4, S0283, pWR501_0283 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9AFJ5, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase RNF31 / HOIL-1-interacting protein / HOIP


分子量: 11637.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNF31 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96EP0, RBR-type E3 ubiquitin transferase
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.87 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8
詳細: 2%(v/v) 1,4-dioxane, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 15%(v/v) PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→72.78 Å / Num. obs: 18572 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 53.84 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 13.8 % / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique obs: 2667 / CC1/2: 0.963 / Rpim(I) all: 0.168 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDS20190606データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EDV

5edv


解像度: 2.75→60.36 Å / SU ML: 0.3307 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.2661
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2781 972 5.24 %
Rwork0.2201 17577 -
obs0.2233 18549 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 65.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→60.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4796 0 4 0 4800
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01374908
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.99536734
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1221815
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0143879
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.0969674
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.683834204686
ens_2d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.46056418511
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.90.34461410.26392461X-RAY DIFFRACTION99.43
2.9-3.080.33821370.25752473X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.320.34541350.26322484X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.650.31141300.22952475X-RAY DIFFRACTION99.88
3.65-4.180.25251490.19572506X-RAY DIFFRACTION99.89
4.18-5.270.24011390.18882539X-RAY DIFFRACTION99.93
5.27-60.360.26121410.22562639X-RAY DIFFRACTION99.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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