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- PDB-7v7w: Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-3a:ARNT Complex with o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v7w
タイトルCrystal Structure of the Heterodimeric HIF-3a:ARNT Complex with oleoylethanolamide (OEA)
要素
  • Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
  • Hypoxia-inducible factor 3-alpha
キーワードTRANSCRIPTION / Hypoxia-inducible factor
機能・相同性
機能・相同性情報


Phase I - Functionalization of compounds / Xenobiotics / Aryl hydrocarbon receptor signalling / NPAS4 regulates expression of target genes / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / Endogenous sterols / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / positive regulation of hormone biosynthetic process / aryl hydrocarbon receptor complex ...Phase I - Functionalization of compounds / Xenobiotics / Aryl hydrocarbon receptor signalling / NPAS4 regulates expression of target genes / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / Endogenous sterols / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / positive regulation of hormone biosynthetic process / aryl hydrocarbon receptor complex / positive regulation of protein sumoylation / Neddylation / aryl hydrocarbon receptor binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / embryonic placenta development / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / response to toxic substance / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / angiogenesis / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / cell differentiation / nuclear body / protein dimerization activity / response to hypoxia / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-containing complex binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / Nuclear translocator / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain ...: / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / Nuclear translocator / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(Z)-N-(2-hydroxyethyl)octadec-9-enamide / Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator / Hypoxia-inducible factor 3-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.507 Å
データ登録者Diao, X. / Ren, X. / Li, F.W. / Zhang, M. / Sun, X. / Wu, D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22177063 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Identification of oleoylethanolamide as an endogenous ligand for HIF-3 alpha.
著者: Diao, X. / Ye, F. / Zhang, M. / Ren, X. / Tian, X. / Lu, J. / Sun, X. / Hou, Z. / Chen, X. / Li, F. / Zhuang, J. / Ding, H. / Peng, C. / Rastinejad, F. / Luo, C. / Wu, D.
履歴
登録2021年8月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
B: Hypoxia-inducible factor 3-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,7103
ポリマ－81,3842
非ポリマー3261
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8080 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area26370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.944, 86.787, 143.715
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator / ARNT protein


分子量: 40683.133 Da / 分子数: 1 / 断片: Hydrocarbon receptor nuclear translocator ARNT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Arnt / プラスミド: pMKH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P53762
#2: タンパク質 Hypoxia-inducible factor 3-alpha / HIF-3-alpha / HIF3-alpha


分子量: 40701.211 Da / 分子数: 1 / 断片: Hypoxia-inducible factor 3, HIF-3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Hif3a / プラスミド: pSJ2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q0VBL6
#3: 化合物 ChemComp-5YM / (Z)-N-(2-hydroxyethyl)octadec-9-enamide / N-オレオイルエタノ-ルアミン


分子量: 325.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H39NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: アゴニスト*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.4 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Sodium citrate tribasic dihydrate, 2-Propanol, PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 28966 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 0.996 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 313133
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.5410.81.23114380.7190.3881.2920.942100
2.54-2.59111.01713930.7810.3181.0660.943100
2.59-2.6410.70.92514460.7760.2930.9710.979100
2.64-2.6910.70.73714170.8440.2340.7740.97299.9
2.69-2.7510.20.64914270.8670.2120.6840.97100
2.75-2.829.90.48714250.9110.1620.5140.974100
2.82-2.8911.10.41114260.9570.1270.4310.978100
2.89-2.9611.40.33614240.9690.1030.3520.976100
2.96-3.0511.30.28314260.9780.0870.2961.005100
3.05-3.1511.20.20514400.9880.0630.2151.01499.9
3.15-3.2611.30.1814450.990.0560.1891.052100
3.26-3.3911.10.13914260.9940.0430.1461.035100
3.39-3.5510.70.10214490.9950.0330.1071.01100
3.55-3.73100.08514460.9960.0280.091.05299.6
3.73-3.9711.50.07714310.9970.0240.0811.058100
3.97-4.2711.30.06614710.9980.020.0691.061100
4.27-4.711.10.0614650.9980.0190.0631.07399.9
4.7-5.3810.10.05714820.9970.0190.060.96599.5
5.38-6.7810.90.05814970.9980.0180.0610.936100
6.78-509.80.04915920.9980.0160.0520.91899.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7V7L

7v7l


解像度: 2.507→35.929 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2601 1997 7.15 %
Rwork0.2178 25937 -
obs0.2208 27934 96.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 147.08 Å2 / Biso mean: 50.3906 Å2 / Biso min: 16.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.507→35.929 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4514 0 23 149 4686
Biso mean--51.02 47.35 -
残基数----567
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5075-2.57020.2921990.2753128368
2.5702-2.63960.29641260.2804163886
2.6396-2.71730.30191430.2695184197
2.7173-2.8050.30841430.2576185998
2.805-2.90520.26581460.24821896100
2.9052-3.02140.33041460.24871896100
3.0214-3.15890.29871480.24221915100
3.1589-3.32530.28091470.23241910100
3.3253-3.53350.27421470.21691909100
3.5335-3.8060.25551470.20051910100
3.806-4.18850.2421490.19271942100
4.1885-4.79340.17761500.1651947100
4.7934-6.03450.22261510.20441963100
6.0345-35.9290.28671550.226202898
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 30.3161 Å / Origin y: 2.7462 Å / Origin z: 17.5073 Å
111213212223313233
T0.1964 Å2-0.0308 Å2-0.0435 Å2-0.205 Å2-0.001 Å2--0.2711 Å2
L1.1772 °2-0.5795 °20.8027 °2-0.9921 °2-0.7274 °2--1.6761 °2
S0.0658 Å °0.1881 Å °-0.158 Å °0.0062 Å °0.069 Å °-0.0304 Å °0.1229 Å °0.1711 Å °-0.0973 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA99 - 464
2X-RAY DIFFRACTION1allB19 - 357
3X-RAY DIFFRACTION1allC1
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 158
5X-RAY DIFFRACTION1allS160 - 191

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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