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- PDB-7v6q: Crystal structure of sNASP-ASF1A-H3.1-H4 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v6q
タイトルCrystal structure of sNASP-ASF1A-H3.1-H4 complex
要素
  • Histone H3.1
  • Histone H4
  • Histone chaperone ASF1A
  • Isoform 2 of Nuclear autoantigenic sperm protein
キーワードCHAPERONE / Histone chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


: / chromatin organization => GO:0006325 / histone chaperone activity / CENP-A containing chromatin assembly / muscle cell differentiation / DNA replication-dependent chromatin assembly / DNA repair-dependent chromatin remodeling / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / response to testosterone / replication fork processing ...: / chromatin organization => GO:0006325 / histone chaperone activity / CENP-A containing chromatin assembly / muscle cell differentiation / DNA replication-dependent chromatin assembly / DNA repair-dependent chromatin remodeling / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / response to testosterone / replication fork processing / blastocyst development / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / epigenetic regulation of gene expression / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / G2/M DNA damage checkpoint / HDMs demethylate histones / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / RMTs methylate histone arginines / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / G1/S transition of mitotic cell cycle / Transcriptional regulation of granulopoiesis / osteoblast differentiation / structural constituent of chromatin / male gonad development / nucleosome / nucleosome assembly / protein transport / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / chromatin organization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / site of double-strand break / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / gene expression / Processing of DNA double-strand break ends / histone binding / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / DNA replication / Estrogen-dependent gene expression / chromosome, telomeric region / cadherin binding / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / DNA repair / chromatin binding / chromatin / protein-containing complex binding / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tetratricopeptide, SHNi-TPR domain / SHNi-TPR / Histone chaperone ASF1-like / Histone chaperone ASF1-like superfamily / ASF1 like histone chaperone / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat ...Tetratricopeptide, SHNi-TPR domain / SHNi-TPR / Histone chaperone ASF1-like / Histone chaperone ASF1-like superfamily / ASF1 like histone chaperone / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear autoantigenic sperm protein / Histone H4 / Histone H3.1 / Histone chaperone ASF1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Liu, C.P. / Xu, R.M.
資金援助 中国, 6件
組織認可番号
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2019YFA0508900 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFE0203300 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0506600 中国
National Science Foundation (NSF, China)91853204 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37010100 中国
Chinese Academy of Sciences2018125 中国
引用ジャーナル: Genes Dev. / : 2021
タイトル: Distinct histone H3-H4 binding modes of sNASP reveal the basis for cooperation and competition of histone chaperones.
著者: Liu, C.P. / Jin, W. / Hu, J. / Wang, M. / Chen, J. / Li, G. / Xu, R.M.
履歴
登録2021年8月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone chaperone ASF1A
B: Histone H3.1
C: Histone H4
D: Isoform 2 of Nuclear autoantigenic sperm protein
E: Histone chaperone ASF1A
F: Histone H3.1
G: Histone H4
H: Isoform 2 of Nuclear autoantigenic sperm protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,96816
ポリマ-152,9398
非ポリマー1,0298
79344
1
A: Histone chaperone ASF1A
B: Histone H3.1
C: Histone H4
D: Isoform 2 of Nuclear autoantigenic sperm protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0769
ポリマ-76,4694
非ポリマー6075
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12050 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area25030 Å2
手法PISA
2
E: Histone chaperone ASF1A
F: Histone H3.1
G: Histone H4
H: Isoform 2 of Nuclear autoantigenic sperm protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,8927
ポリマ-76,4694
非ポリマー4223
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11340 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area24470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.133, 71.004, 104.394
Angle α, β, γ (deg.)105.32, 101.99, 95.75
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH

#1: タンパク質 Histone chaperone ASF1A / Anti-silencing function protein 1 homolog A / hAsf1 / hAsf1a / CCG1-interacting factor A / CIA / hCIA


分子量: 17799.869 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASF1A, CGI-98, HSPC146 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y294
#2: タンパク質 Histone H3.1


分子量: 15437.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68431
#3: タンパク質 Histone H4


分子量: 11307.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: H4C1, H4/A, H4FA, HIST1H4A, H4C2, H4/I, H4FI, HIST1H4B, H4C3, H4/G, H4FG, HIST1H4C, H4C4, H4/B, H4FB, HIST1H4D, H4C5, H4/J, H4FJ, HIST1H4E, H4C6, H4/C, H4FC, HIST1H4F, H4C8, H4/H, H4FH, ...遺伝子: H4C1, H4/A, H4FA, HIST1H4A, H4C2, H4/I, H4FI, HIST1H4B, H4C3, H4/G, H4FG, HIST1H4C, H4C4, H4/B, H4FB, HIST1H4D, H4C5, H4/J, H4FJ, HIST1H4E, H4C6, H4/C, H4FC, HIST1H4F, H4C8, H4/H, H4FH, HIST1H4H, H4C9, H4/M, H4FM, HIST1H4I, H4C11, H4/E, H4FE, HIST1H4J, H4C12, H4/D, H4FD, HIST1H4K, H4C13, H4/K, H4FK, HIST1H4L, H4C14, H4/N, H4F2, H4FN, HIST2H4, HIST2H4A, H4C15, H4/O, H4FO, HIST2H4B, H4-16, HIST4H4
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62805
#4: タンパク質 Isoform 2 of Nuclear autoantigenic sperm protein / NASP


分子量: 31924.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NASP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49321

-
非ポリマー , 3種, 52分子

#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 18% (v/v) Tacsimate, pH 5.0 11% (v/v) PEG2000MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97913 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97913 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 33846 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.569 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1865

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX(1.19.2_4158)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IO5, 7V6P
解像度: 3→14.97 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 21.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2033 922 5.93 %
Rwork0.1651 --
obs0.1674 33326 88.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→14.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8482 0 68 44 8594
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038686
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5411725
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3533245
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041305
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041533
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.070.28631160.23451865X-RAY DIFFRACTION73
3.07-3.160.30731280.23732036X-RAY DIFFRACTION81
3.16-3.250.27231340.21162231X-RAY DIFFRACTION87
3.25-3.350.26281500.20792185X-RAY DIFFRACTION87
3.35-3.470.22211250.18872080X-RAY DIFFRACTION83
3.47-3.610.23931530.16992399X-RAY DIFFRACTION95
3.61-3.770.17551490.16542428X-RAY DIFFRACTION94
3.77-3.960.22371580.15892364X-RAY DIFFRACTION93
3.97-4.210.17531420.1492387X-RAY DIFFRACTION93
4.21-4.520.18571480.13792286X-RAY DIFFRACTION91
4.53-4.960.14791320.13632137X-RAY DIFFRACTION84
4.97-5.650.18391490.15522285X-RAY DIFFRACTION91
5.65-6.990.19761570.17932423X-RAY DIFFRACTION96
6.99-14.970.18851350.14512244X-RAY DIFFRACTION88
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3398-2.9675-4.37534.35812.67998.70050.0939-1.3852-0.39240.35140.14190.04440.44740.8281-0.23690.4317-0.0347-0.16880.5440.01840.489333.7236-10.39118.5202
24.7813-3.33931.77162.9054-1.97952.1563-0.7457-0.41770.19070.07470.2386-0.0802-0.9954-0.06170.39520.51030.0076-0.00130.4687-0.22470.569417.35665.695817.4977
36.1861-0.50770.59734.041-0.72334.53510.38390.28460.10470.1556-0.3724-0.3345-0.09420.6625-0.06640.2757-0.06660.07190.3203-0.00640.39732.0973-5.653211.32
42.4084-2.76161.69823.2597-1.87221.2263-0.08420.79530.37780.26420.00480.3307-0.30770.13620.05850.3491-0.01020.130.36430.00580.271125.753-1.08473.4347
58.8397-0.2355-0.78785.9566-0.23355.24390.2877-1.39140.63050.7948-0.5766-0.83620.03310.73170.08480.3605-0.1311-0.13510.61930.01090.754238.4588-2.310817.1429
61.4090.26190.67182.3011-0.52240.8520.3022-0.1043-0.099-0.1307-0.24460.0273-0.16530.4438-0.13220.22940.02990.08510.36710.0270.325420.6631-2.33656.6416
73.1753-1.92960.95044.29560.08940.69210.00160.3952-0.21390.4036-0.20460.07990.1065-0.37060.16290.36690.06010.11780.37430.03270.230520.7705-7.250811.955
82.7886-0.24520.29784.06124.35415.72460.3745-1.55150.65030.26440.30950.04630.1695-0.5370.27230.80760.10430.51481.12250.17010.7155-0.33395.460218.6937
96.0049-2.1123.5922.7756-1.56983.1246-0.4395-0.7757-0.02790.2370.5830.1142-0.521-0.342-0.06890.3820.04660.13890.4158-0.01610.44697.37255.259712.6814
102.54953.8495-0.88856.0268-0.81632.6428-0.421-0.7796-1.25280.0707-0.086-0.8650.65370.70020.51230.36870.0421-0.04420.54790.18920.415430.2287-15.491411.9921
110.75090.64390.76370.6731-0.7788.49050.5867-0.4015-0.15370.2675-0.1581-0.10381.5997-1.3423-0.17910.8956-0.2965-0.19920.76960.12420.59066.2768-32.932320.0277
123.40945.08890.40039.11711.61741.9458-0.10781.5312-1.8902-0.56130.3326-1.74210.54820.473-0.34620.71430.1208-0.06540.7558-0.20880.748716.65-34.795-7.6888
133.14320.5563-1.88460.3849-0.37632.23220.42480.4923-0.0252-0.03640.27470.076-0.45850.1514-0.26761.29070.4991-0.07560.8544-0.62931.217925.3881-38.3171-9.8361
145.24130.3601-1.03135.69212.15865.64310.2442-0.1423-0.06090.49590.181-0.127-0.00060.4827-0.30350.3019-0.0323-0.01310.2860.0430.471213.7111-20.58088.7253
155.89361.87752.49026.79891.41367.91750.4069-0.3975-0.65740.2409-0.17850.51-0.1220.0286-0.28850.275-0.00380.01920.2288-0.01740.62095.6815-27.65945.2399
161.5233-0.794-0.95913.87391.82933.79480.22990.335-0.7346-0.61910.2718-0.74190.19841.0792-0.36720.47680.02120.09660.5784-0.15980.724.2822-27.10080.6411
174.14942.0181-0.04693.3511-0.58045.69140.3686-0.36970.00050.3227-0.16210.27871.0165-0.7867-0.14410.6282-0.2038-0.01480.57460.02010.362515.5213-27.319532.831
183.26571.7450.5754.4465-0.8996.89290.2131-0.6768-0.43661.2520.2566-0.59540.69291.9342-0.53360.7220.2643-0.04891.32680.06180.761239.093-23.627236.2181
197.9695-3.8304-3.99095.69544.48145.8297-0.24811.2220.2801-0.38990.0444-0.2713-0.0336-0.44620.09840.5798-0.0836-0.02910.4030.110.3852-10.195729.3616-18.4535
201.8057-0.33851.92953.31332.35924.3659-0.20610.145-0.4058-0.7888-0.2249-0.5837-0.72591.00330.16130.467-0.0520.27340.60840.10510.68836.756215.22-16.9785
215.1017-3.1290.72992.98791.64065.9348-0.32790.2631.1436-0.40350.277-0.4537-1.28460.1216-0.07820.5968-0.1073-0.00070.30080.0580.7369-7.56734.8613-14.8307
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231.6735-2.03632.03342.522-2.77153.305-0.00990.1967-0.04270.9643-0.18090.0622-0.81430.11680.17320.49240.00580.09910.3877-0.16090.345-0.913822.9435-2.9614
242.035-1.54030.90798.6652-2.02613.2843-0.12810.23580.347-0.79950.0669-0.4074-0.11390.36790.07110.3226-0.07260.03230.3058-0.01820.43650.345523.7452-10.8926
253.7406-0.29110.9721.9209-1.70611.9009-0.4294-0.19780.3210.09560.22590.4643-0.42160.48540.11720.35710.0216-0.04640.29080.00710.2266-7.79524.5897-7.676
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272.1058-2.5988-1.33814.9662-0.32023.05110.89270.8082-0.6304-1.371-0.10690.31020.30540.18490.09820.96940.1194-0.11150.5729-0.38770.61417.8857-2.2356-18.2603
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296.786-0.8831-1.64772.22612.32497.8636-0.03980.00620.7613-0.5803-0.220.4944-0.5918-0.53850.3170.48370.0426-0.08940.30650.00830.3893-15.700325.8685-11.6357
301.4821-0.6241-1.68710.80530.80877.9246-0.2076-0.2959-0.030.0540.58240.4441.8264-0.9225-0.47850.6752-0.1788-0.11130.77410.12130.6914-30.64360.3377-19.4269
316.36761.3508-1.22622.969-0.83994.34870.07490.04170.31220.34540.26340.5755-0.3332-0.4565-0.16710.33480.05110.04170.27080.02390.5414-24.179410.3067-2.8024
327.59341.5478-2.45124.4894-2.81862.2452-0.27680.1635-0.459-0.35460.45410.49870.2476-0.3705-0.10640.22680.0579-0.02340.29330.05010.5996-25.13090.3789-4.1096
333.0679-0.9221.2057.93241.62473.6977-0.1333-1.62930.51830.78740.68760.0519-0.9893-0.1014-0.26560.56730.03220.25650.6061-0.09490.634-24.840714.2433.4002
340.9167-0.212-0.68920.04780.16030.5165-0.2429-0.26740.47760.1981-0.07660.104-0.0213-0.0816-0.21411.49611.15250.7561.0064-0.23062.0021-38.996125.68637.3192
358.80472.345-6.73352.0835-2.50435.93541.01290.33681.21220.0068-0.17710.7916-2.0248-0.6256-0.96190.68270.00850.00410.46870.00970.6848-25.441623.7028-8.0975
361.90751.8041.09894.94570.57086.0759-0.17940.324-0.0311-0.51450.21250.10610.2637-0.41850.01080.4647-0.0548-0.08640.4940.01260.3387-25.73979.8239-32.2878
372.80232.0641.45973.742-1.89554.93880.19610.74451.1223-1.4132-0.50730.3182-1.6781-0.76910.04221.61630.4371-0.05050.72330.09791.1103-27.437733.3163-32.0991
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 12 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 13 through 21 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 22 through 50 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 51 through 62 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 63 through 76 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 77 through 103 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 104 through 117 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 118 through 124 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 125 through 139 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 140 through 154 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 40 through 63 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 64 through 78 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 79 through 85 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 86 through 134 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 23 through 47 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 48 through 102 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 40 through 260 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 261 through 320 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 2 through 12 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 13 through 21 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 22 through 37 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 38 through 50 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 51 through 62 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 63 through 90 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 91 through 103 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 104 through 117 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 118 through 124 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 125 through 139 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 140 through 154 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 40 through 63 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 64 through 134 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'G' and (resid 23 through 47 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'G' and (resid 48 through 75 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'G' and (resid 76 through 82 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'G' and (resid 83 through 102 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'H' and (resid 40 through 260 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'H' and (resid 261 through 320 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る