[日本語] English
万見
- PDB-7v6p: Crystal structure of human sNASP TPR domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v6p
タイトルCrystal structure of human sNASP TPR domain
要素Isoform 2 of Nuclear autoantigenic sperm protein
キーワードCHAPERONE / Histone chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


: / chromatin organization => GO:0006325 / CENP-A containing chromatin assembly / DNA replication-dependent chromatin assembly / response to testosterone / blastocyst development / G1/S transition of mitotic cell cycle / male gonad development / nucleosome assembly / protein transport ...: / chromatin organization => GO:0006325 / CENP-A containing chromatin assembly / DNA replication-dependent chromatin assembly / response to testosterone / blastocyst development / G1/S transition of mitotic cell cycle / male gonad development / nucleosome assembly / protein transport / histone binding / DNA replication / protein-containing complex binding / chromatin / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tetratricopeptide, SHNi-TPR domain / SHNi-TPR / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Nuclear autoantigenic sperm protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Liu, C.P. / Xu, R.M.
資金援助 中国, 6件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2019YFA0508900 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFE0203300 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0506600 中国
National Science Foundation (NSF, China)91853204 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37010100 中国
Chinese Academy of Sciences2018125 中国
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2021
タイトル: Distinct histone H3-H4 binding modes of sNASP reveal the basis for cooperation and competition of histone chaperones.
著者: Liu, C.P. / Jin, W. / Hu, J. / Wang, M. / Chen, J. / Li, G. / Xu, R.M.
履歴
登録2021年8月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of Nuclear autoantigenic sperm protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,67810
ポリマ－31,9251
非ポリマー7539
水54030
1
A: Isoform 2 of Nuclear autoantigenic sperm protein
ヘテロ分子

A: Isoform 2 of Nuclear autoantigenic sperm protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,35620
ポリマ－63,8502
非ポリマー1,50618
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_656-x+y+1,y,-z+11
Buried area7010 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area23410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.833, 96.833, 209.333
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

-
要素

#1: タンパク質 Isoform 2 of Nuclear autoantigenic sperm protein / NASP


分子量: 31924.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NASP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49321
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Sodium cacodylate, pH 6.5 32% (v/v) PEG 300 0.2 M calcium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 13286 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 31.1
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.876 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 2280

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→15 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2222 635 4.87 %
Rwork0.1866 --
obs0.1883 13042 97.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1748 0 46 30 1824
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091837
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9252460
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.927258
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043261
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006324
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.91-3.130.33391150.28442280X-RAY DIFFRACTION92
3.13-3.440.2741340.24042456X-RAY DIFFRACTION99
3.44-3.930.21591370.18522466X-RAY DIFFRACTION99
3.93-4.920.17441350.14762544X-RAY DIFFRACTION100
4.92-150.20761140.17072661X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 36.3599 Å / Origin y: 20.6422 Å / Origin z: 85.6868 Å
111213212223313233
T0.4671 Å20.0243 Å20.1514 Å2-0.2631 Å20.0431 Å2--0.4499 Å2
L0.3962 °20.4344 °20.7797 °2-1.0738 °2-0.5644 °2--3.3479 °2
S0.1084 Å °0.0195 Å °0.0016 Å °0.1002 Å °-0.0553 Å °0.2293 Å °0.4083 Å °0.026 Å °-0.1958 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る