PDB-7v4z: Structure of Horcolin native form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7v4z

タイトル

Structure of Horcolin native form

要素

Horcolin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Horcolin / mannose-binding lectin

機能・相同性

機能・相同性情報

apoplast / D-mannose binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Hordeum vulgare (オオムギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.16 Å

データ登録者

Bobbili, K.B. / Sivaji, N. / Jayaprakash, N.G. / Narayanan, V. / Sekhar, A. / Suguna, K. / Surolia, A.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: Structure and Carbohydrate Recognition by the Nonmitogenic Lectin Horcolin.
著者: Narayanan, V. / Bobbili, K.B. / Sivaji, N. / Jayaprakash, N.G. / Suguna, K. / Surolia, A. / Sekhar, A.

履歴

登録	2021年8月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7v4z.cif.gz	597.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7v4z.ent.gz	480.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7v4z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7v4z_validation.pdf.gz	550.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7v4z_full_validation.pdf.gz	563.3 KB	表示
XML形式データ	7v4z_validation.xml.gz	75.1 KB	表示
CIF形式データ	7v4z_validation.cif.gz	107.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/7v4z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/7v4z	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7v4sC 1x1vS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7v4z-5 7v4z-3 7v4z-6 5xe8-d 3qgy-1 7kmv-6 1sm2-2 7v4z-2 5p9l-d 6sj5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Horcolin

C: Horcolin

B: Horcolin

D: Horcolin

E: Horcolin

F: Horcolin

G: Horcolin

H: Horcolin

I: Horcolin

J: Horcolin

K: Horcolin

L: Horcolin

ヘテロ分子

184 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Horcolin

C: Horcolin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
30.9 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Horcolin

D: Horcolin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.6 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Horcolin

F: Horcolin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.5 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Horcolin

H: Horcolin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.9 kDa, 2 ポリマー
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5

I: Horcolin

J: Horcolin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.5 kDa, 2 ポリマー
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6

K: Horcolin

L: Horcolin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	69.179, 94.419, 238.359
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

#1: タンパク質	Horcolin / Agglutinin / Mannose-specific lectin 分子量: 15136.077 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hordeum vulgare (オオムギ) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q5U9T2
#2: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M TRIS hydrochloride pH 8.5, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.16→59.83 Å / Num. obs: 513816 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 5.1 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 1.16→1.23 Å / R_merge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 69425 / CC_1/2: 0.876

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1X1V

1x1v

解像度: 1.16→55.866 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 1.383 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.04 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1962	25278	4.921 %
R_work	0.1815	488415	-
all	0.182	-	-
obs	-	513693	96.663 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.413 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.228 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.246 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.475 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.16→55.866 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12444	0	179	1358	13981

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.013	12856
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	12018
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.974	1.645	17410
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.573	1.579	27789
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.071	5	1709
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.264	21.983	484
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.545	15	1879
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.971	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	1781
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	14481
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2688
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.162	0.2	1721
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	11308
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	6612
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.101	0.2	6755
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	803
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.138	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.28	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.231	0.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.731	0.599	6872
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.729	0.599	6871
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.083	0.902	8569
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.084	0.902	8570
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.302	0.752	5984
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.302	0.752	5985
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.927	1.067	8841
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.927	1.067	8842
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.432	8.435	13508
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.431	8.437	13509
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.099	0.05	4181
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.059	0.05	4284
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.106	0.05	4187
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.057	0.05	4310
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.098	0.05	4143
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.108	0.05	4179
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.072	0.05	4259
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.096	0.05	4181
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.073	0.05	4231
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.103	0.05	4154
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.06	0.05	4272
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.1	0.05	4122
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.062	0.05	4358
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.1	0.05	4164
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.067	0.05	4298
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_16	0.093	0.05	4290
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_17	0.101	0.05	4197
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_18	0.079	0.05	4262
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_19	0.094	0.05	4215
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_20	0.091	0.05	4248
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_21	0.094	0.05	4199
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_22	0.096	0.05	4153
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_23	0.058	0.05	4312
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_24	0.09	0.05	4170
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_25	0.1	0.05	4146
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_26	0.066	0.05	4269
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_27	0.088	0.05	4215
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_28	0.063	0.05	4200
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_29	0.097	0.05	4184
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_30	0.065	0.05	4263
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_31	0.107	0.05	4174
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_32	0.061	0.05	4313
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_33	0.078	0.05	4368
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_34	0.103	0.05	4217
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_35	0.071	0.05	4314
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_36	0.094	0.05	4242
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_37	0.081	0.05	4299
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_38	0.102	0.05	4211
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_39	0.098	0.05	4182
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_40	0.104	0.05	4171
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_41	0.074	0.05	4295
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_42	0.097	0.05	4238
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_43	0.074	0.05	4210
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_44	0.1	0.05	4207
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_45	0.061	0.05	4307
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_46	0.081	0.05	4278
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_47	0.098	0.05	4221
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_48	0.074	0.05	4310
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_49	0.09	0.05	4196
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_50	0.081	0.05	4299
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_51	0.096	0.05	4221
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_52	0.103	0.05	4204
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_53	0.065	0.05	4333
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_54	0.091	0.05	4250
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_55	0.048	0.05	4360
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_56	0.102	0.05	4212
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_57	0.097	0.05	4277
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_58	0.069	0.05	4261
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_59	0.105	0.05	4248
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_60	0.051	0.05	4414
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_61	0.09	0.05	4207
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_62	0.061	0.05	4380
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_63	0.093	0.05	4276
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_64	0.087	0.05	4209
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_65	0.055	0.05	4279
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_66	0.101	0.05	4249

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.21	0.235	1705	0.234	32845	X-RAY DIFFRACTION	88.3496
1.226-1.261	0.243	1682	0.24	33186	X-RAY DIFFRACTION	94.1742
1.261-1.3	0.242	1695	0.235	32480	X-RAY DIFFRACTION	95.015
1.3-1.343	0.239	1644	0.224	31703	X-RAY DIFFRACTION	95.6241
1.343-1.39	0.2	1600	0.193	30674	X-RAY DIFFRACTION	95.6749
1.39-1.442	0.222	1548	0.208	29975	X-RAY DIFFRACTION	96.5897
1.442-1.501	0.211	1468	0.195	29180	X-RAY DIFFRACTION	97.658
1.501-1.568	0.199	1434	0.187	28180	X-RAY DIFFRACTION	98.4737
1.568-1.645	0.18	1348	0.165	27059	X-RAY DIFFRACTION	98.5089
1.645-1.734	0.192	1379	0.181	25781	X-RAY DIFFRACTION	98.994
1.734-1.839	0.194	1253	0.173	24674	X-RAY DIFFRACTION	99.8844
1.839-1.966	0.185	1208	0.166	23262	X-RAY DIFFRACTION	99.9428
1.966-2.123	0.174	1065	0.16	21728	X-RAY DIFFRACTION	99.943
2.123-2.326	0.174	1089	0.164	19941	X-RAY DIFFRACTION	99.9572
2.326-2.6	0.187	926	0.171	18153	X-RAY DIFFRACTION	99.9948
2.6-3.002	0.185	876	0.174	16058	X-RAY DIFFRACTION	99.9882
3.002-3.676	0.189	775	0.168	13578	X-RAY DIFFRACTION	99.9652
3.676-5.196	0.18	528	0.166	10705	X-RAY DIFFRACTION	99.8134
5.196-55.86	0.265	323	0.226	6124	X-RAY DIFFRACTION	99.8142

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0381	0.1049	-0.245	0.8744	-0.045	1.4155	0.0176	0.0081	0.0651	0.0332	-0.0317	-0.053	-0.0469	0.1181	0.014	0.0298	-0.0095	-0.0017	0.0254	-0.0029	0.041	31.4273	15.5408	35.0863
2	1.1066	0.5762	-0.0728	1.6601	0.1949	1.833	-0.0138	0.1312	0.0668	-0.0787	-0.016	0.1064	0.0851	-0.0113	0.0298	0.0335	0.0035	-0.0064	0.0395	-0.002	0.0316	24.7893	3.0501	14.2464
3	0.7861	-0.0347	0.5681	1.2231	0.1806	3.5002	0.0582	0.046	-0.0969	-0.0059	0.0587	-0.1192	0.3372	0.4951	-0.1169	0.0798	0.0631	-0.0106	0.0996	-0.0309	0.0623	30.9125	-14.7725	44.6441
4	0.9828	-0.5528	0.3957	1.4459	-0.5663	2.6191	0.0052	-0.0864	-0.0557	0.096	0.0026	0.04	-0.067	0.1176	-0.0078	0.0238	-0.0103	0.0045	0.0427	0.0023	0.033	22.9362	-2.6003	65.1286
5	0.9457	-0.39	-0.0272	1.4188	-0.2961	2.1675	-0.0238	-0.0166	0.0209	-0.0026	0.0691	0.078	-0.0491	-0.2545	-0.0453	0.0303	0.0133	0.0041	0.0465	0.023	0.0442	40.2902	-31.8717	4.0439
6	1.0655	-0.5032	-0.1641	1.6688	-0.3959	2.1063	-0.0038	-0.1324	0.0587	0.0776	0.0633	-0.0877	0.0019	-0.1596	-0.0595	0.0303	0.0068	-0.0115	0.0643	0.0209	0.0444	46.9442	-43.3503	25.4642
7	0.8508	-0.1779	0.3434	1.2984	-0.2054	1.3783	0.0515	-0.005	-0.0172	0.0299	-0.0275	-0.0646	-0.1442	0.0185	-0.024	0.0485	0.0045	0.0029	0.0082	-0.015	0.0717	7.9824	-29.6956	18.9079
8	0.8656	0.2933	0.2646	2.2394	0.5882	1.6961	0.0096	0.0041	-0.0606	-0.0196	0.0791	-0.2866	0.0349	0.0973	-0.0888	0.0265	-0.0006	0.0012	0.007	-0.0099	0.092	15.2352	-53.4544	14.4676
9	1.0739	0.1834	-1.0546	1.5595	-0.4507	2.4386	-0.0057	-0.0003	0.0214	-0.0216	-0.0035	-0.006	0.1665	0.017	0.0092	0.0404	-0.0035	-0.002	0.0213	0.0259	0.0847	62.5493	-16.6402	60.0391
10	1.1099	0.1984	-0.3319	1.7928	-0.5287	1.9266	0.0292	-0.0059	0.0905	0.1394	0.1253	0.2527	-0.1787	-0.195	-0.1545	0.0931	0.0341	0.0444	0.0429	0.0445	0.114	55.1828	6.9487	55.6727
11	0.9727	0.1563	0.4014	1.4676	-0.0865	1.3939	0.0339	0.0168	-0.0352	0.0366	-0.0186	0.0689	-0.0676	0.0176	-0.0153	0.0225	-0.0046	0.0016	0.0052	0.013	0.0721	63.5536	17.5771	22.0854
12	0.9693	-0.4225	0.2726	1.8719	-0.4191	1.5534	0.0037	-0.0081	-0.0768	-0.0479	0.0558	0.2056	0.0469	-0.0839	-0.0595	0.05	-0.0031	0.0001	0.0055	0.0089	0.0783	56.1027	-6.1447	26.0836

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	3 - 204
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	C	3 - 304
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	B	4 - 301
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	3 - 303
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	E	4 - 302
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	F	4 - 301
7	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	G	3 - 305
8	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	H	4 - 302
9	X-RAY DIFFRACTION	9	ALL	I	4 - 302
10	X-RAY DIFFRACTION	10	ALL	J	3 - 301
11	X-RAY DIFFRACTION	11	ALL	K	4 - 305
12	X-RAY DIFFRACTION	12	ALL	L	4 - 301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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