[日本語] English
万見
- PDB-7v3z: Structure of cannabinoid receptor type 1(CB1) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v3z
タイトルStructure of cannabinoid receptor type 1(CB1)
要素fusion protein of Cannabinoid receptor 1 and Flavodoxin
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Activation (活性化)
機能・相同性
機能・相同性情報


cannabinoid signaling pathway / regulation of penile erection / retrograde trans-synaptic signaling by endocannabinoid / cannabinoid receptor activity / negative regulation of mast cell activation / trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / negative regulation of fatty acid beta-oxidation / negative regulation of dopamine secretion / positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of feeding behavior ...cannabinoid signaling pathway / regulation of penile erection / retrograde trans-synaptic signaling by endocannabinoid / cannabinoid receptor activity / negative regulation of mast cell activation / trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / negative regulation of fatty acid beta-oxidation / negative regulation of dopamine secretion / positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of feeding behavior / negative regulation of serotonin secretion / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / negative regulation of action potential / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / positive regulation of blood pressure / regulation of metabolic process / positive regulation of fever generation / axonal fasciculation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / GABA-ergic synapse / maternal process involved in female pregnancy / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / negative regulation of blood pressure / response to nutrient / response to cocaine / G protein-coupled receptor activity / response to nicotine / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / 記憶 / positive regulation of neuron projection development / マイクロフィラメント / FMN binding / glucose homeostasis / presynaptic membrane / G alpha (i) signalling events / 成長円錐 / 精子形成 / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / electron transfer activity / 脂質ラフト / positive regulation of apoptotic process / glutamatergic synapse / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Cannabinoid receptor type 1 / Cannabinoid receptor family / Flavodoxin, short chain / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin-like / フラボドキシン / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx ...Cannabinoid receptor type 1 / Cannabinoid receptor family / Flavodoxin, short chain / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin-like / フラボドキシン / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Flavoprotein-like superfamily / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9GF / コレステロール / フラビンモノヌクレオチド / フラボドキシン / Cannabinoid receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Liu, Z.J. / Shen, L. / Hua, T. / Yao, D.Q. / Wu, L.J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91953202, 21837005, 31670733,31870744 中国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: A Genetically Encoded F-19 NMR Probe Reveals the Allosteric Modulation Mechanism of Cannabinoid Receptor 1.
著者: Wang, X. / Liu, D. / Shen, L. / Li, F. / Li, Y. / Yang, L. / Xu, T. / Tao, H. / Yao, D. / Wu, L. / Hirata, K. / Bohn, L.M. / Makriyannis, A. / Liu, X. / Hua, T. / Liu, Z.J. / Wang, J.
履歴
登録2021年8月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: fusion protein of Cannabinoid receptor 1 and Flavodoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8224
ポリマ－48,6031
非ポリマー1,2203
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area800 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area21500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.810, 75.350, 138.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

-
要素

#1: タンパク質 fusion protein of Cannabinoid receptor 1 and Flavodoxin / / CB-R / CB1 / CANN6


分子量: 48602.590 Da / 分子数: 1 / 変異: H154L,T210A,E273K,T283V,Y1098W,R340E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
遺伝子: CNR1, CNR, DVU_2680 / 株: Hildenborough
発現宿主: Mammalian expression vector Flag-EGFP-MCS-pcDNA3.1 (その他)
参照: UniProt: P21554, UniProt: P00323
#2: 化合物 ChemComp-9GF / 2-[(1R,2R,5R)-5-hydroxy-2-(3-hydroxypropyl)cyclohexyl]-5-(2-methyloctan-2-yl)phenol / CP-55940 / CP 55,940


分子量: 376.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN / フラビンモノヌクレオチド


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.8 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7.2
詳細: 30% PEG400, 100 mM HEPES sodium pH 7.2, 80-100mM sodium citrate tribasic dihydrate
PH範囲: 6.8-7.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.27→24.78 Å / Num. obs: 11228 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 74.9 % / Biso Wilson estimate: 151.06 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.54 / Rrim(I) all: 0.544 / Χ2: 1.219 / Net I/σ(I): 11.71
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible allRmerge(I) obs
3.27-3.4774.9250.9717920.58114.281100
3.47-3.7176.8952.1116600.844.0241003.998
3.71-482.2243.815300.9432.2791002.265
4-4.3980.5627.8614830.9771.1221001.115
4.39-4.976.49513.7412860.9910.6191000.615
4.9-5.6682.1516.1711850.9920.4891000.486
5.66-6.9476.16317.7210100.9940.4341000.431
6.94-9.8175.70237.767980.9980.2141000.213
9.81-24.7866.89949.414840.9990.16198.40.159

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XSCALEデータスケーリング
PHENIXモデル構築
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XRA

5xra


解像度: 3.29→24.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.497
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 539 4.92 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.218 10955 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 235.9 Å2 / Biso mean: 142.32 Å2 / Biso min: 99.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.9063 Å20 Å20 Å2
2--30.2755 Å20 Å2
3----27.3692 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.51 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.29→24.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3312 0 86 0 3398
Biso mean--120.04 --
残基数----431
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1137SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes563HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3479HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion466SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4211SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3479HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4747HARMONIC21.12
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.12
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.78
LS精密化 シェル解像度: 3.29→3.34 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3805 13 3.08 %
Rwork0.2295 409 -
all0.2339 422 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る