PDB-7v3b: Crystal structure of NP exonuclease C409A-PCMPS complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7v3b

タイトル

Crystal structure of NP exonuclease C409A-PCMPS complex

要素

Nucleoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / DEDDh exonuclease / NP exonuclease / anti-viral drug / PCMPS / PCMB

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / helical viral capsid / 3'-5' exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / viral nucleocapsid / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Lassa virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Hsiao, Y.Y. / Huang, K.W.

資金援助

台湾, 2件

引用

ジャーナル: Jacs Au / 年: 2021
タイトル: Targeted Covalent Inhibitors Allosterically Deactivate the DEDDh Lassa Fever Virus NP Exonuclease from Alternative Distal Sites.
著者: Huang, K.W. / Chen, J.W. / Hua, T.Y. / Chu, Y.Y. / Chiu, T.Y. / Liu, J.Y. / Tu, C.I. / Hsu, K.C. / Kao, Y.T. / Chu, J.W. / Hsiao, Y.Y.

履歴

登録	2021年8月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7v3b.cif.gz	190.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7v3b.ent.gz	148.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7v3b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/7v3b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/7v3b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7v37C 7v38C 7v39C 7v3aC 7v3cC 4g9zS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7v39-2 3q7b-d 7v37-1 1axz-d 5lrp-2 3q7c-d 6t6l-2 1ax2-d 4fre-d 7l4x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleoprotein

B: Nucleoprotein

ヘテロ分子

55.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nucleoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, monomer
28.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Nucleoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.703, 58.897, 69.188
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / Protein N 分子量: 27661.574 Da / 分子数: 2 / 変異: C409A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lassa virus (strain Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976) (ウイルス) 株: Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P13699, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PMB / PARA-MERCURY-BENZENESULFONIC ACID 分子量: 357.757 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅HgO₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350, 2 mM Sodium p-chloromercuriphenylsulphonate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.99258 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.99258 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.795→30 Å / Num. obs: 47519 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.1 % / B_iso Wilson estimate: 25.39 Å² / R_merge(I) obs: 0.063 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.065 / Χ²: 1.011 / Net I/σ(I): 9.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.8-1.86	10.4	0.497	4654	0.937	0.159	0.522	0.376	99.8
1.86-1.94	10.8	0.365	4680	0.969	0.115	0.383	0.417	99.8
1.94-2.03	10.9	0.253	4687	0.985	0.079	0.265	0.475	99.9
2.03-2.13	11.1	0.189	4712	0.991	0.058	0.198	0.536	99.9
2.13-2.27	11.3	0.136	4702	0.995	0.042	0.143	0.645	100
2.27-2.44	11.5	0.101	4734	0.997	0.031	0.106	0.736	100
2.44-2.69	11.5	0.083	4756	0.998	0.025	0.087	0.928	100
2.69-3.08	11.5	0.071	4757	0.998	0.022	0.074	1.512	100
3.08-3.88	11.4	0.05	4817	0.999	0.015	0.053	1.978	99.8
3.88-30	11.1	0.04	5020	0.999	0.012	0.042	2.288	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: 4G9Z

4g9z

解像度: 1.8→29.829 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 21.19

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2184	3682	7.76 %
R_work	0.186	-	-
obs	0.1885	47464	99.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.22 Å² / B_iso mean: 34.2104 Å² / B_iso min: 13.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→29.829 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3246	0	15	291	3552
B_iso mean	-	-	30.13	39.68	-
残基数	-	-	-	-	414

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.8-1.8183	0.3015	141	0.2388	1541	94
1.8183-1.8433	0.2599	131	0.2286	1663	100
1.8433-1.8696	0.2584	120	0.2195	1687	100
1.8696-1.8975	0.2592	164	0.2067	1636	100
1.8975-1.9271	0.2316	133	0.207	1669	100
1.9271-1.9587	0.2696	139	0.194	1675	100
1.9587-1.9925	0.2244	139	0.193	1644	100
1.9925-2.0287	0.2218	161	0.1838	1679	100
2.0287-2.0677	0.208	129	0.1907	1665	100
2.0677-2.1099	0.2071	133	0.1845	1690	100
2.1099-2.1558	0.1962	109	0.1894	1698	100
2.1558-2.2059	0.2118	147	0.1845	1653	100
2.2059-2.2611	0.221	156	0.1863	1665	100
2.2611-2.3222	0.2061	150	0.1874	1667	100
2.3222-2.3905	0.2207	139	0.1912	1695	100
2.3905-2.4676	0.2453	134	0.1951	1690	100
2.4676-2.5557	0.2623	150	0.1975	1678	100
2.5557-2.658	0.2352	151	0.1955	1683	100
2.658-2.7789	0.2441	139	0.1991	1697	100
2.7789-2.9253	0.2538	144	0.2017	1690	100
2.9253-3.1084	0.231	114	0.2027	1715	100
3.1084-3.3481	0.2531	148	0.1933	1697	100
3.3481-3.6845	0.1841	161	0.1804	1701	100
3.6845-4.2164	0.1901	142	0.156	1729	100
4.2164-5.3073	0.1899	154	0.1652	1746	100
5.3073-29.829	0.2058	154	0.1825	1829	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 25.7411 Å / Origin y: 29.5448 Å / Origin z: 30.2572 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2069 Å²	0.0124 Å²	-0.0042 Å²	-	0.1476 Å²	-0.002 Å²	-	-	0.1272 Å²
L	2.2293 °²	0.7004 °²	-0.0333 °²	-	0.2406 °²	-0.0196 °²	-	-	0.0421 °²
S	0.0324 Å °	-0.0167 Å °	0.042 Å °	0.0128 Å °	-0.0044 Å °	0.0027 Å °	-0.0018 Å °	0.0073 Å °	-0.0285 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	363 - 569
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	363 - 569
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1 - 3
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	1
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1 - 2
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 357

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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