PDB-7v3a: Crystal structure of apo-NP exonuclease C409A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7v3a

タイトル

Crystal structure of apo-NP exonuclease C409A

要素

Nucleoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / DEDDh exonuclease / NP exonuclease / anti-viral drug / PCMPS / PCMB

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / helical viral capsid / 3'-5' exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / viral nucleocapsid / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Lassa virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Hsiao, Y.Y. / Huang, K.W.

資金援助

台湾, 2件

引用

ジャーナル: Jacs Au / 年: 2021
タイトル: Targeted Covalent Inhibitors Allosterically Deactivate the DEDDh Lassa Fever Virus NP Exonuclease from Alternative Distal Sites.
著者: Huang, K.W. / Chen, J.W. / Hua, T.Y. / Chu, Y.Y. / Chiu, T.Y. / Liu, J.Y. / Tu, C.I. / Hsu, K.C. / Kao, Y.T. / Chu, J.W. / Hsiao, Y.Y.

履歴

登録	2021年8月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7v3a.cif.gz	189 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7v3a.ent.gz	146.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7v3a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7v3a_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7v3a_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	7v3a_validation.xml.gz	19.9 KB	表示
CIF形式データ	7v3a_validation.cif.gz	28.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/7v3a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/7v3a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7v37SC 7v38C 7v39C 7v3bC 7v3cC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ls4-d 3e25-d 5uus-2 5jt0-d 2gt5-d 4y6u-d 5cyp-1 1xq1-d 4y6n-d 7d8f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleoprotein

B: Nucleoprotein

ヘテロ分子

55.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nucleoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, monomer
27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Nucleoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.324, 59.431, 71.533
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / Protein N 分子量: 27661.574 Da / 分子数: 2 / 変異: C409A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lassa virus (strain Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976) (ウイルス) 株: Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P13699, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Magnesium formate dihydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 33231 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 31.19 Å² / R_merge(I) obs: 0.089 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.097 / Χ²: 1.593 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 215047

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.1-2.18	5.5	0.447	3255	0.889	0.202	0.492	0.665	99.5
2.18-2.26	5.9	0.385	3265	0.923	0.17	0.422	0.849	99.9
2.26-2.37	6.4	0.326	3269	0.959	0.139	0.355	0.975	100
2.37-2.49	6.8	0.255	3296	0.971	0.106	0.277	1.074	99.9
2.49-2.65	7	0.218	3298	0.978	0.089	0.236	1.273	99.9
2.65-2.85	7	0.154	3302	0.99	0.063	0.167	1.518	99.9
2.85-3.14	6.9	0.12	3309	0.992	0.049	0.13	1.868	99.8
3.14-3.59	6.6	0.079	3331	0.997	0.034	0.086	2.423	99.5
3.59-4.52	6.2	0.06	3366	0.997	0.026	0.065	2.658	99.7
4.52-30	6.5	0.047	3540	0.998	0.02	0.052	2.335	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7V37

7v37

解像度: 2.1→29.794 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.48

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2398	2447	7.57 %
R_work	0.2029	-	-
obs	0.2058	32330	99.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 122.07 Å² / B_iso mean: 41.1595 Å² / B_iso min: 20.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→29.794 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3204	0	4	323	3531
B_iso mean	-	-	31.53	44.12	-
残基数	-	-	-	-	409

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.1-2.1429	0.3194	126	0.2601	1717	99
2.1429-2.1894	0.2715	145	0.2485	1735	100
2.1894-2.2404	0.3124	130	0.2662	1744	100
2.2404-2.2964	0.3247	164	0.2784	1725	100
2.2964-2.3584	0.2617	139	0.2194	1743	100
2.3584-2.4278	0.2814	135	0.209	1738	100
2.4278-2.5061	0.2494	147	0.2092	1725	100
2.5061-2.5956	0.2935	156	0.214	1735	100
2.5956-2.6995	0.2639	118	0.2178	1769	100
2.6995-2.8223	0.2424	145	0.2231	1771	100
2.8223-2.9709	0.2362	154	0.2223	1735	100
2.9709-3.1569	0.2746	109	0.2279	1780	100
3.1569-3.4003	0.2445	146	0.2169	1754	100
3.4003-3.7419	0.2376	142	0.2017	1766	99
3.7419-4.282	0.2129	169	0.1736	1766	100
4.282-5.3897	0.1937	153	0.1598	1800	100
5.3897-29.794	0.2092	169	0.1752	1880	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 35.6944 Å / Origin y: -0.2893 Å / Origin z: 3.7086 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2531 Å²	-0.0086 Å²	-0.0001 Å²	-	0.2196 Å²	-0.0041 Å²	-	-	0.2161 Å²
L	1.133 °²	-0.0804 °²	-0.2731 °²	-	0.1479 °²	0.0373 °²	-	-	0.2836 °²
S	-0.0273 Å °	-0.07 Å °	-0.0112 Å °	0.0416 Å °	0.0264 Å °	0.0114 Å °	0.0129 Å °	0.011 Å °	0.0001 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	363 - 569
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	363 - 569
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1 - 2
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	3 - 4
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 337

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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