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万見
- PDB-7v25: Crystal Structure of phthalate dioxygenase in complex with phthalate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v25
タイトルCrystal Structure of phthalate dioxygenase in complex with phthalate
要素Rieske (2Fe-2S) domain protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / dioxygenase / bacterial protein / metalloprotein / Rieske domain
機能・相同性
機能・相同性情報


2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
LigXa-like, C-terminal domain / LigXa C-terminal domain like / : / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PHTHALIC ACID / Rieske (2Fe-2S) domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Comamonas testosteroni (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Mahto, J.K. / Kumar, P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/HRD/NBA/37/01/2015 (VIII) インド
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Molecular insights into substrate recognition and catalysis by phthalate dioxygenase from Comamonas testosteroni.
著者: Mahto, J.K. / Neetu, N. / Waghmode, B. / Kuatsjah, E. / Sharma, M. / Sircar, D. / Sharma, A.K. / Tomar, S. / Eltis, L.D. / Kumar, P.
履歴
登録2021年8月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Rieske (2Fe-2S) domain protein
A: Rieske (2Fe-2S) domain protein
C: Rieske (2Fe-2S) domain protein
D: Rieske (2Fe-2S) domain protein
E: Rieske (2Fe-2S) domain protein
F: Rieske (2Fe-2S) domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)296,56619
ポリマ－295,0106
非ポリマー1,55613
水22,0861226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22000 Å2
ΔGint-258 kcal/mol
Surface area91210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.030, 122.180, 162.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.130, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-752-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Rieske (2Fe-2S) domain protein


分子量: 49168.383 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Comamonas testosteroni (strain DSM 14576 / KF-1) (バクテリア)
株: DSM 14576 / KF-1 / 遺伝子: CtesDRAFT_PD2022 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7WQT1
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PHT / PHTHALIC ACID / フタル酸


分子量: 166.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H6O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG4000, calcium chloride, magnesium chloride, sodium potassium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月6日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→159.88 Å / Num. obs: 88962 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.74→2.79 Å / Num. unique obs: 4664 / CC1/2: 0.805

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7FHR

7fhr


解像度: 2.74→159.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.883 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.825 / SU B: 15.653 / SU ML: 0.307 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.548 / ESU R Free: 0.39 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2826 4388 4.9 %RANDOM
Rwork0.2067 ---
obs0.2104 84574 98.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 224.68 Å2 / Biso mean: 50.688 Å2 / Biso min: 12.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20 Å2-0.03 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.74→159.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19274 0 42 1229 20545
Biso mean--47.51 46.15 -
残基数----2446
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01219837
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4091.64527010
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.12452429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.3921.31108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.315153091
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.98215167
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.22521
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215481
LS精密化 シェル解像度: 2.74→2.809 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 346 -
Rwork0.252 6330 -
obs--99.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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