PDB-7v18: Factor XIa in Complex with Compound 3f

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7v18

タイトル

Factor XIa in Complex with Compound 3f

要素

Coagulation factor XIa light chain

キーワード

BLOOD CLOTTING / Hydrolase / SERINE PROTEASE / COAGULATION FACTOR

機能・相同性

機能・相同性情報

coagulation factor XIa / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / blood coagulation / heparin binding / serine-type endopeptidase activity / extracellular space ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.732 Å

データ登録者

Shaffer, P.L. / Milligan, C.M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of Potent and Orally Bioavailable Pyridine N-Oxide-Based Factor XIa Inhibitors through Exploiting Nonclassical Interactions.
著者: Xu, G. / Liu, Z. / Wang, X. / Lu, T. / DesJarlais, R.L. / Thieu, T. / Zhang, J. / Devine, Z.H. / Du, F. / Li, Q. / Milligan, C.M. / Shaffer, P. / Cedervall, P.E. / Spurlino, J.C. / Stratton, ...

履歴

登録	2022年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7v18.cif.gz	116.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7v18.ent.gz	87.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7v18.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7v18_validation.pdf.gz	814.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7v18_full_validation.pdf.gz	815.9 KB	表示
XML形式データ	7v18_validation.xml.gz	11.9 KB	表示
CIF形式データ	7v18_validation.cif.gz	15.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/7v18 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/7v18	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7v0zC 7v10C 7v11C 7v12C 7v13C 7v14C 7v15C 7v16C 7v17C 3sosS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#25 - 2002年1月トロンビン (Thrombin) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Coagulation factor XIa light chain

ヘテロ分子

27.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.500, 59.790, 66.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Coagulation factor XIa light chain / FXI / Plasma thromboplastin antecedent / PTA 分子量: 26856.496 Da / 分子数: 1 / 変異: C500S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F11 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P03951, coagulation factor XIa
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-OTX / 2-[(1~{R})-3-[bis(fluoranyl)methoxy]-1-[4-(3-methyl-1,2,3-triazol-4-yl)pyrazol-1-yl]propyl]-5-[3-chloranyl-6-(4-chloranyl-1,2,3-triazol-1-yl)-2-fluoranyl-phenyl]-1-oxidanyl-pyridine 分子量: 580.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₁₈Cl₂F₃N₉O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 24% PEG 4000, 100mM Na Citrate pH 5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.732→35.42 Å / Num. obs: 22924 / % possible obs: 91.87 % / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 33.01 Å² / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 17.8
反射シェル	解像度: 1.732→1.794 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2447 / CC_1/2: 0.87 / R_pim(I) all: 0.309 / R_rim(I) all: 0.801 / % possible all: 99.84

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.1	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
autoPROC	1.1.7	データ削減
autoPROC	1.1.7	データスケーリング
PHENIX	1.1	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3SOS

3sos

解像度: 1.732→35.418 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2069	1097	4.79 %
R_work	0.1707	21820	-
obs	0.1726	22917	91.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 112.67 Å² / B_iso mean: 43.5588 Å² / B_iso min: 22.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.732→35.418 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1863	0	52	71	1986
B_iso mean	-	-	49.34	44.46	-
残基数	-	-	-	-	236

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2001
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.851	2731
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	286
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	359
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.411	1163

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.7322-1.811	0.2464	130	0.2301	2932	100
1.811-1.9065	0.2458	129	0.2181	2692	92
1.9065-2.0259	0.2368	126	0.1831	2514	86
2.0259-2.1823	0.2016	123	0.1856	2514	86
2.1823-2.4019	0.2273	124	0.1833	2301	78
2.4019-2.7493	0.2461	161	0.1911	2880	98
2.7493-3.4634	0.2047	149	0.1774	2963	99
3.4634-35.418	0.1867	155	0.1506	3024	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1006	-2.3329	-0.862	2.7095	-0.0652	2.673	-0.2973	-1.2054	0.3828	0.6936	0.2755	0.0988	-0.018	0.0023	-0.0323	0.3878	0.0574	0.031	0.5043	0.0319	0.2706	75.0608	67.3495	25.7518
2	2.6691	0.2036	0.0526	3.7677	0.6389	2.74	-0.1559	-0.1953	0.4619	0.233	0.0791	-0.2026	-0.2587	-0.0853	0.1134	0.2271	0.0116	-0.0349	0.223	-0.0255	0.2335	81.7377	77.847	13.9214
3	4.4371	0.5266	0.7921	4.1282	0.1677	5.2275	-0.135	0.0402	0.2917	-0.098	0.0926	-0.2503	-0.3037	0.1315	-0.0603	0.2535	0.0286	0.0096	0.1841	0.0476	0.3292	83.946	76.9511	9.3963
4	5.3729	-0.6969	0.4039	5.8161	-0.3233	4.0463	0.0888	-0.0064	0.165	-0.0208	-0.0535	-0.543	0.0382	0.1828	-0.0366	0.2678	-0.0334	-0.0016	0.2038	0.0273	0.1996	82.5009	71.2596	6.9729
5	7.1122	-0.3765	-2.0229	3.9617	-1.1961	3.12	-0.2239	0.1981	-0.8136	-0.0238	0.2071	0.0839	0.6106	-0.1559	-0.0433	0.3834	0.0063	-0.0557	0.2968	0.0326	0.2976	78.1065	58.4263	15.94
6	3.1325	0.87	1.3868	5.9527	0.2257	3.5124	-0.2471	-0.6383	0.5075	0.4499	0.2142	1.0524	-0.4937	-0.3954	0.0824	0.3693	0.092	0.0486	0.4803	0.0165	0.429	66.8556	72.5815	21.638
7	7.7516	-1.4443	-0.9101	5.9694	0.1937	6.3704	0.3601	0.106	-0.7654	-0.1855	0.0172	0.4808	0.4111	-0.6705	-0.3515	0.3174	-0.054	-0.1011	0.3077	0.0671	0.4082	59.3487	63.2917	2.5686
8	3.4123	0.6055	-0.9458	1.9698	0.0143	1.6987	0.0096	-0.4039	0.1804	0.1694	0.0455	0.688	0.0762	-0.436	-0.0772	0.3501	0.0091	-0.0061	0.4033	0.0689	0.4103	62.6989	67.1856	15.549
9	4.4906	-2.0147	0.3728	6.1293	-1.2319	3.8848	-0.1015	-0.3971	-0.5455	0.0393	0.4305	0.2832	0.5509	-0.2817	-0.2714	0.2753	-0.0142	-0.04	0.2596	0.0587	0.2599	74.1857	59.83	15.1318
10	8.9857	3.265	0.7866	1.7437	2.1176	9.028	-0.2873	-0.341	0.3745	-0.1631	-0.3947	1.314	-0.5471	-1.2914	0.2846	0.3342	0.0479	-0.0159	0.5052	-0.0316	0.6403	55.9985	69.7608	13.0449
11	2.3352	-1.5732	-1.3296	4.3744	0.8807	4.7328	0.1187	0.3972	-0.3248	-0.4177	0.0019	-0.0692	0.2879	0.25	-0.1348	0.3144	-0.0104	-0.024	0.2932	-0.0257	0.1987	78.7584	62.6636	3.2177

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 388 through 401 )	A	388 - 401
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 402 through 453 )	A	402 - 453
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 454 through 474 )	A	454 - 474
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 475 through 491 )	A	475 - 491
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 492 through 518 )	A	492 - 518
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 519 through 541 )	A	519 - 541
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 542 through 557 )	A	542 - 557
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 558 through 577 )	A	558 - 577
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 578 through 595 )	A	578 - 595
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 596 through 605 )	A	596 - 605
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 606 through 623 )	A	606 - 623

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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