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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7v10 | ||||||
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Title | Factor XIa in Complex with Compound 2d | ||||||
![]() | Coagulation factor XIa light chain | ||||||
![]() | BLOOD CLOTTING / Hydrolase / SERINE PROTEASE / COAGULATION FACTOR | ||||||
Function / homology | ![]() coagulation factor XIa / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / blood coagulation / heparin binding / serine-type endopeptidase activity / extracellular space ...coagulation factor XIa / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / blood coagulation / heparin binding / serine-type endopeptidase activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shaffer, P.L. / Spurlino, J. / Milligan, C.M. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Discovery of Potent and Orally Bioavailable Pyridine N-Oxide-Based Factor XIa Inhibitors through Exploiting Nonclassical Interactions. Authors: Xu, G. / Liu, Z. / Wang, X. / Lu, T. / DesJarlais, R.L. / Thieu, T. / Zhang, J. / Devine, Z.H. / Du, F. / Li, Q. / Milligan, C.M. / Shaffer, P. / Cedervall, P.E. / Spurlino, J.C. / Stratton, ...Authors: Xu, G. / Liu, Z. / Wang, X. / Lu, T. / DesJarlais, R.L. / Thieu, T. / Zhang, J. / Devine, Z.H. / Du, F. / Li, Q. / Milligan, C.M. / Shaffer, P. / Cedervall, P.E. / Spurlino, J.C. / Stratton, C.F. / Pietrak, B. / Szewczuk, L.M. / Wong, V. / Steele, R.A. / Bruinzeel, W. / Chintala, M. / Silva, J. / Gaul, M.D. / Macielag, M.J. / Nargund, R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 12.3 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7v0zC ![]() 7v11C ![]() 7v12C ![]() 7v13C ![]() 7v14C ![]() 7v15C ![]() 7v16C ![]() 7v17C ![]() 7v18C ![]() 3sosS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
|
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Components
#1: Protein | Mass: 26856.496 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: C500S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-OQI / |
#3: Chemical | ChemComp-CIT / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.52 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 / Details: 24% PEG 4000, 100mM Na Citrate pH 5.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 200K / Detector: PIXEL / Date: Aug 29, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.798→50 Å / Num. obs: 20090 / % possible obs: 88 % / Redundancy: 4 % / Biso Wilson estimate: 17.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.161 / Χ2: 2.343 / Net I/σ(I): 7.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3SOS Resolution: 1.798→44.615 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.31 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 66.11 Å2 / Biso mean: 21.9915 Å2 / Biso min: 6.98 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.798→44.615 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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