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万見
- PDB-7v13: Factor XIa in Complex with Compound 2g -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v13
タイトルFactor XIa in Complex with Compound 2g
要素Coagulation factor XIa light chain
キーワードBLOOD CLOTTING / Hydrolase / SERINE PROTEASE / COAGULATION FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


coagulation factor XIa / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / blood coagulation / heparin binding / serine-type endopeptidase activity / extracellular space ...coagulation factor XIa / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / blood coagulation / heparin binding / serine-type endopeptidase activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Apple domain. / Apple domain / APPLE domain / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family ...Apple domain. / Apple domain / APPLE domain / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Chem-ORF / Coagulation factor XI
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.589 Å
データ登録者Shaffer, P.L. / Milligan, C.M. / Cedervall, P.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of Potent and Orally Bioavailable Pyridine N-Oxide-Based Factor XIa Inhibitors through Exploiting Nonclassical Interactions.
著者: Xu, G. / Liu, Z. / Wang, X. / Lu, T. / DesJarlais, R.L. / Thieu, T. / Zhang, J. / Devine, Z.H. / Du, F. / Li, Q. / Milligan, C.M. / Shaffer, P. / Cedervall, P.E. / Spurlino, J.C. / Stratton, ...著者: Xu, G. / Liu, Z. / Wang, X. / Lu, T. / DesJarlais, R.L. / Thieu, T. / Zhang, J. / Devine, Z.H. / Du, F. / Li, Q. / Milligan, C.M. / Shaffer, P. / Cedervall, P.E. / Spurlino, J.C. / Stratton, C.F. / Pietrak, B. / Szewczuk, L.M. / Wong, V. / Steele, R.A. / Bruinzeel, W. / Chintala, M. / Silva, J. / Gaul, M.D. / Macielag, M.J. / Nargund, R.
履歴
登録2022年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coagulation factor XIa light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6043
ポリマ－26,8561
非ポリマー7472
水2,540141
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.250, 59.510, 66.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Coagulation factor XIa light chain / FXI / Plasma thromboplastin antecedent / PTA


分子量: 26856.496 Da / 分子数: 1 / 変異: C500S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F11 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P03951, coagulation factor XIa
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-ORF / 3-chloranyl-4-[1-[(1~{R})-1-[5-[3-chloranyl-2-fluoranyl-6-(1,2,3,4-tetrazol-1-yl)phenyl]-1-oxidanyl-pyridin-2-yl]-2-cyclopropyl-ethyl]pyrazol-4-yl]-5-fluoranyl-pyridine


分子量: 555.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H18Cl2F2N8O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 24% PEG 4000, 100mM Na Citrate pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.589→33.38 Å / Num. obs: 32390 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 22.41 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 1.143 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.589→1.646 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.728 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3197 / CC1/2: 0.8 / Rpim(I) all: 0.328 / Rrim(I) all: 0.861 / % possible all: 99.35

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20180409データ削減
XSCALE20180409データスケーリング
PHENIX1.13精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIX1.13位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SOS

3sos


解像度: 1.589→33.38 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1886 1527 4.72 %
Rwork0.1639 30865 -
obs0.165 32390 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.64 Å2 / Biso mean: 30.5363 Å2 / Biso min: 15.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.589→33.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1875 0 51 141 2067
Biso mean--28.84 39.08 -
残基数----236
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82729
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005357
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057285
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2531168
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.589-1.64020.27361380.24622757100
1.6402-1.69890.23211460.2202275599
1.6989-1.76690.22821440.1962757100
1.7669-1.84730.22351220.17892793100
1.8473-1.94470.18751370.16422776100
1.9447-2.06650.17961490.15782773100
2.0665-2.2260.20351470.1642784100
2.226-2.450.18661310.17192806100
2.45-2.80440.21511550.17252819100
2.8044-3.53270.15991160.15722871100
3.5327-33.380.17161430.1483297499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8247-0.2403-0.09842.12160.24841.6011-0.01250.05810.1407-0.0573-0.0180.1382-0.159-0.03470.03290.1832-0.0074-0.00810.17430.00250.1817-23.121315.3773-13.1768
25.13650.1717-1.04922.71250.73741.2686-0.1056-0.1479-0.63220.1930.11720.02470.31930.1242-0.06640.27880.0153-0.03120.19380.0040.22-19.9867-1.624-15.7483
32.2009-0.18781.59060.89820.56822.87850.01060.23460.0449-0.04590.0642-0.1819-0.05030.3185-0.08280.1838-0.01640.04040.2289-0.01780.2193-5.59828.8755-13.4143
42.66220.1684-0.27171.8657-0.04322.27130.03230.0285-0.0643-0.04390.0419-0.20160.11940.2513-0.06410.19030.0134-0.01990.1757-0.01670.1722-11.76484.3429-11.2186
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 388 through 491 )A388 - 491
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 492 through 518 )A492 - 518
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 519 through 557 )A519 - 557
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 558 through 623 )A558 - 623

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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